"Dan Ferro has taught some of the most
important singers of the 20th Century"
Brian Zeger - The Juilliard School
The Metropolitan Opera

"Intensive study of vocal technique as applied to the literature for active singers"

La fidaxomicine préserve le microbiome intestinal pendant et après le traitement de l’infection CDI par Clostridium difficile et réduit à la fois la réexpression de la toxine et la récurrence de l’ICD

Les propriétés d’économie de la microflore de la fidaxomicine ont été examinées au cours d’un essai clinique randomisé comparant mg ​​de vancomycine par jour versus fidaxomicine mg deux fois par jour pendant plusieurs jours pour traiter une infection à Clostridium difficile CDI. Des échantillons fécaux ont été obtenus chez des patients recevant de la fidaxomicine et recevant de la vancomycine En outre, des échantillons provenant de patients recevant chacun de la vancomycine ou de la fidaxomicine et des échantillons de témoins sains ont été analysés par une chaîne de polymérase quantitative en temps réel. réaction avec de multiples amorces spécifiques au groupe pour évaluer l’impact du traitement antibiotique sur le microbiome Comparés aux témoins, les patients avec CDI à l’entrée de l’étude avaient des comptes de composants majeurs du microbiome qui étaient –log unités formant des colonies CFU / g inférieur chez les patients avec CDI , la fidaxomicine a permis aux principaux composants de persister, tandis que n a été associé à une nouvelle réduction du nombre d’organismes Bacteroides / Prevotella, qui a persisté jusqu’au jour de l’étude, et à une suppression à plus court terme et temporaire des Clostridium coccoides et des organismes du groupe Clostridium leptum En post-traitement, le C difficile compte de la même manière persistait dans les deux populations de l’étude, mais la réapparition de la toxine dans les filtrats fécaux a été observée dans% des échantillons de patients traités à la vancomycine, comparé à% des échantillons de patients traités par la fidaxomicine; Alors que la vancomycine et la fidaxomicine sont tout aussi efficaces pour la résolution des symptômes de l’ICD, la conservation de la microflore par la fidaxomicine est associée à une moindre probabilité de récurrence de l’ICD chez les patients traités par vancomycine. Essais d’inscription NTC

Au cours de la dernière décennie, les taux de réponse clinique pour le traitement de l’infection CDI par Clostridium difficile avec le métronidazole ont diminué d’un taux élevé antérieur d’environ [%] à des taux dans le pourcentage La vancomycine a maintenu son taux de guérison élevé pendant des décennies. traitement des CDI Les deux traitements sont sous-optimaux en raison des taux de récidive de% -% et sélectionnés pour l’acquisition d’entérocoques résistants à la vancomycine Des taux plus élevés de récidive sont observés chez les patients ayant des récurrences multiples , certains La transplantation de la flore pour arrêter plusieurs récidives Ces défis cliniques ont été la force motrice pour découvrir et évaluer de nouveaux traitements pour CDIFidaxomicin, un nouvel antibiotique de macrocycle à spectre étroit, récemment approuvé pour le traitement de CDI par la Food and Drug Administration des États-Unis après Des essais cliniques randomisés parallèles ont montré que les taux de guérison clinique de l’ICD étaient comparables à ceux du comparateur, vanc l’omycine, mais la récurrence de l’ICD chez les répondants au traitement a été réduite de près de% dans l’intervalle d’observation post-traitement On suppose que la réduction biologique des récidives est due à la réduction des formes végétatives et / ou sporulées. traitement et / ou diminution de l’impact sur le microbiote protecteur normal, c.-à-d. moins d’altération de la résistance à la colonisation Les propriétés d’épargne de la fidaxomicine sur la microflore ont été suggérées contre les anaérobies gram négatifs obligatoires et l’activité variable contre les organismes gram-positifs , un faible taux de récidive de CDI dans l’essai de dosage de phase II sur le traitement des ICD , épargnant l’espèce Bacteroides comme marqueur de la normale. flore , et persistance de Firmicutes avec des études d’hybridation fluorescente in situ impliquant des échantillons fécaux obtenus au cours de l’étude de phase II Dans ce rapport, un sous-ensemble de patien Dans le premier essai d’homologation, des échantillons fécaux supplémentaires ont été prélevés pour examiner les propriétés d’épargne des microflores des antibiotiques à l’étude et pour quantifier les concentrations de C difficile et les concentrations de cytotoxine B dans les matières fécales. filtrats pendant et après le traitement de l’ICD

Méthodes

Dans le cadre d’un essai clinique multicentrique, randomisé, en double aveugle et en double aveugle, les patients traités au Foothills Medical Center de Calgary, au Canada, reçoivent un traitement d’une journée par vancomycine mg fois par jour ou mg deux fois par jour de fidaxomicine par voie orale. les épisodes ou les premières récurrences des patients CDI soumis des échantillons fécaux, & gt; g / échantillon, à l’entrée de l’étude; les jours,,,, et; et jours-jours A l’exception des échantillons collectés les week-ends, qui ont été réfrigérés à ° C- ° C pour traitement le lundi suivant, -g aliquotes des échantillons ont été traités à la date de collecte pour les numérations quantitatives de C difficile par série dilution -, -, -, et – et plaqué sur gélose de cétositine céfoxitine fructose CCFA, modifiée en utilisant une base de gélose à base d’anaérobies Fastidious, Bury, Royaume-Uni Une aliquote -g supplémentaire a été soumise à un choc d’alcool éthylique: vol / vol × -heure La cytotoxine B C difficile dans les filtrats fécaux a été mesurée par cytotoxicité cellulaire, en utilisant des cellules Vero avec neutralisation de la cytotoxicité Techlab, Blacksburg, VA La fin du titre de la toxine le point était la concentration montrant% d’arrondissement des cellules; La plage de titration était / – / Pour éviter la confusion par un traitement antibiotique concomitant pour d’autres indications, les patients qui nécessitaient une telle thérapie n’étaient pas recrutés pour l’essai. Dix sujets en bonne santé n’utilisant pas d’antibiotiques ou de médicaments donnaient des échantillons de selles Des échantillons de patients traités par vancomycine et fidaxomicine qui n’avaient reçu aucun traitement antérieur avant l’inclusion dans l’étude, avaient suivi des traitements cliniques de CDI, c.-à-d. guérison avec récidive et tous les échantillons ont été sélectionnés pour la caractérisation du microbiome De plus, les patients ayant présenté une récurrence de CDI ont été testés de manière similaire. L’état du microbiome a été évalué par qPCR en temps réel, en utilisant des amorces précédemment publiées Tableau et méthodes L’ADN bactérien provenant de mg d’échantillon fécal a été extrait à l’aide du QIAamp Mini-selles d’ADN QIAGEN, Mississauga, Canada Suite à l’ajout de lyse b L’ADNg génomique purifié a été élué des colonnes avec un ul d’eau de qualité moléculaire. On a vérifié la pureté et la concentration de l’ADNg bactérien en utilisant le spectrophotomètre NanoDrop Thermo Scientific, Wilmington, DE Rendement en nanogrammes d’ADN par milligramme de selles a été calculé dans des échantillons, après quoi ils ont été conservés à-° C pour une analyse ultérieure qPCR a été réalisée en utilisant des systèmes de détection iQ et CFX Biorad, Mississauga, Canada avec SYBR Green × qPCR Master Mix BioRad Chaque échantillon a été exécuté en double dans un volume final de μL contenant une concentration finale de μM de chaque amorce et μL d’ADNg de gtN -ng / μL Les amplifications ont été effectuées en utilisant le à ° C pendant quelques minutes, suivi de cycles à ° C pendant quelques secondes, ° C- ° C pour les secondes et ° C pour les secondes

Tableau S Sondes d’ARN ribosomique utilisées pour la réaction quantitative en chaîne de la polymérase en temps réel pour quantifier les changements dans les principaux composants de la flore fécale pendant et après le traitement de l’infection à Clostridium difficile. al , Enterobacteriaceae EcoF CATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGC Bartosch et al , Enterobacteriaceae Eco CTCTACGAGACTCAAGCTTGC Bartosch et al , sous-groupe Clostridium leptum sg-clept-F GCACAAGCAGTGGAGT Matsuki et al , sous-groupe C leptum sg-clept-R CTTCCTCCGTTTGTCAA Matsuki et al [ ], Clostridium coccoides groupe ErecR GCTTCTTAGTCARGTACCG sonde Base pB-C coccoides groupe EubF ACTCCTACGGGAGGCAGC sondeBasepB- C difficile g-cdif-F TTGAGCGATTTACTTCGGTAAAGA Rinttila et al , C difficile g-cdif-R CCATCCTGTACTGGCTCACCT Rinttilä et al , Desulfovibrio desulfuricans groupe g- desulf-F GGTACCTTCAAAGGAAGCAC Rinttilä et al , D desulfuricans groupe g-désulf-R GGGATTTCACCCCTGACTTA Rinttilä et al , Enterococcus espèces g-enter-F CCCTTATTGTTAGTTGCCATCATT Rinttilä et al , Enterococcus espèces g-enter-R ACTCGTTGTACTTCCCATTGT Rinttilä et al , espèces Veillonella g-veill-F AC / TCAACCTGCCCTTCAGA Rinttilä et al , espèce Veillonella g-veill-R CGTCCCGATTAACAGAGCTT Rinttilä et al , Prevotella CFBF GTAGGGGTTCTGAGAGGA sondeBase pB- Prevotella CFBR AGCTGCCTTCGCAATCGG sondeBase pB- Lactobacillus UniF TCCTACGGGAGGCAGCAGT Nadkarni et al , Lactobacillus LactoR TGG AAG ATT CCC TAC TGC sondeBase pB- Bifidobacterium espèces BifF CGCGTCYGGTGTGAAAG Delroisse et al , Bifidobacterium espèces BifR CCCCACATCCAGCATCCA Delroisse et al , Nom de groupe Séquence Bacteroides BACF GAAGGTCCCCCACATTG Bernhard et al , Bacteroides BacR CAATCGGAGTTCTTCGTG Bernhard et al [ ], Enterobacteriaceae EcoF CATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGC Bartosch et al , Entérobactériacées Eco CTCTACGAGACTCAAGCTTGC Bartosch et al , sous-groupe Clostridium leptum sg-clept-F GCACAAGCAGTGGAGT Matsuki et al , sous-groupe C leptum sg-clept-R CTTCCTCCGTTTGTCAA Matsuki et al , groupe Clostridium coccoides ErecR GCTTCTTAGTCARGTACCG probeBase pB- C coccoides groupe EubF ACTCCTACGGGAGGCAGC sondeBasepB- C difficile g-cdif-F TTGAGCGATTTACTTCGGTAAAGA Rinttilä et al , C difficile g-cdif-R CCATCCTGTACTGGCTCACCT Rinttilä et al , Desulfovibrio desulfuricans groupe g-desulf-F GGTACCTTCAAAGGAAGCAC Rinttilä et al , D désulfuriques groupe g-désulf-R GGGATTTCACCCCTGACTTA Rinttilä et al , Enterococcus espèces g-enter-F CCCTTATTGTTAGTTGCCATCATT Rinttilä et al , Enterococcus espèces g-enter-R ACTCGTTGTACTTCCCATTGT Rinttilä et al , Veillonella espèces g-veill-F AC / TCAACCTGCCCTTCAGA Rinttilä et al , espèce Veillonella g-veill-R CGTCCCGATTAACAGAGCTT Rinttilä et al , Prevotella CFBF GTAGGG GTTCTGAGAGGA probeBase PB- Prevotella CFBR AGCTGCCTTCGCAATCGG probeBase PB- Lactobacillus unif TCCTACGGGAGGCAGCAGT Nadkarni et al , Lactobacillus LactoR TGG AAG ATT CCC TAC TGC probeBase PB- espèce Bifidobacterium Biff CGCGTCYGGTGTGAAAG Delroisse et al , espèce Bifidobacterium BIFR CCCCACATCCAGCATCCA Delroisse et al , Voir grand

Détermination de la spécificité et limite de détection

La spécificité des amorces a été déterminée en utilisant l’ADN matrice purifiée à partir de souches de référence, y compris Bacteroides fragilis American Type Culture Collection ATCC, Bacteroides thetaiotaomicron ATCC, Bacteroides distasonis ATCC, Bacteroides ovatus ATCC, Bacteroides vulgatus ATCC, Prevotella melaninogenica ATCC, Clostridium coccoides ATCC, Fusobacterium nucleatum sous-espèce nucleatum ATCC, Peptostreptococcus anaerobius ATCC, Bifidobacterium bifidum ATCC, et C difficile ATCC analyse de la courbe de fusion a été réalisée pour assurer la spécificité des ensembles d’amorces et des réactions d’amplification qPCR ultérieures contrôles positifs et négatifs ont été inclus dans chaque essai pour assurer la reproductibilité et l’uniformité le la limite de détection pour chaque test a été déterminée avec des concentrations d’ADN purifié des souches de référence allant de – ng Cette gamme a également été utilisée pour générer chaque courbe standard en utilisant des dilutions en série

Quantification de l’ADN bactérien cible dans les échantillons fécaux par qPCR en temps réel

Pour estimer les quantités d’ADN bactérien cible provenant des extractions d’ADN fécal, les valeurs Ct du cycle seuil ont d’abord été converties en copies d’ADNg en utilisant la courbe standard générée à partir de chaque cycle qPCR. ont été préparés et exécutés avec des échantillons Pour calculer les unités formant des colonies CFU par gramme de selles, les génomes cibles calculés à partir de ng d’ADNg la quantité utilisée par réaction qPCR ont été extrapolés en UFC par gramme de selles en multipliant le CFU par nanogramme d’ADNg par le rendement total nanogrammes d’ADNg extrait de g de selles La majorité des tests qPCR ont été conçus pour détecter un large éventail d’espèces bactériennes apparentées et diverses qui, très probablement, n’avaient pas la même taille de génome ou nombre de copies d’ADN ribosomique. des tailles pour chaque groupe bactérien ont été utilisées En plus de ce qui précède, les échantillons témoins normaux ont été analysés par paires par des cultures quantitatives et par qPCR pour Organismes du groupe Bacteroides, Enterobacteriaceae et espèces d’Enterococcus

Analyses statistiques

Les numérations bactériennes quantitatives de C difficile et de CFU calculées par gramme de groupe d’organismes cibles par qPCR en temps réel ont été transformées, après quoi les changements dans chaque période de collecte ont été comparés entre les traitements de fidaxomicine et de vancomycine, en utilisant des tests signés Wilcoxon pour les données non paramétriques. GraphPad Prism; GraphPad, San Diego, Californie

RÉSULTATS

Parmi les patients randomisés dans l’étude, les patients traités par la vancomycine et la fidaxomicine ont répondu au traitement. Le typage des souches de C difficile a montré que% des souches étaient ribotypées. La récurrence a été observée chez% des patients traités par vancomycine et chez% des patients traités par fidaxomicine. Les résultats de l’analyse qPCR des échantillons fécaux obtenus auprès de donneurs sains sont résumés dans le tableau Les tests appariés ont montré que les résultats qPCR étaient inférieurs d’environ log UFC / g aux résultats obtenus par culture quantitative

Tableau Résultats de la réaction quantitative en chaîne de la polymérase en temps réel Détection des composants de la microflore provenant d’un contrôle sain Donneurs de selles Journal moyen CFU / g ± SD Log moyen CFU / g ± SD Bactéroides ± Bifidobactérie ± Prevotella ± Veillonella ± Clostridium coccoides ± Desulfovibrio ± Clostridium leptum ± Enterobacteriaceae ± Lactobacillus ± espèces d’Enterococcus ± logarithme moyen CFU / g ± SD logarithme moyen UFC / g ± SD Bactéricides ± Bifidobactérie ± Prevotella ± Veillonella ± Clostridium coccoides ± Desulfovibrio ± Clostridium leptum ± Enterobacteriaceae ± Lactobacillus ± espèces d’Enterococcus ± Abréviations: UFC, unité formant une colonie; SD, écart-typeView LargeFigures – montre le nombre d’organismes cibles dans le temps après la réception de la vancomycine ou de la fidaxomicine, ainsi que les valeurs moyennes pour les témoins sains. Les numéros des sujets des essais cliniques ont été supprimés et les sujets sont classés par numéro pour préserver la confidentialité. La numération moyenne des espèces Bacteroides, Prevotella, C coccoides et Clostridium leptum était approximativement inférieure au nombre de logarithmes à l’entrée dans l’étude, comparée aux résultats des échantillons fécaux témoins sains. Pour les échantillons prélevés le jour, un effet de lessivage a été noté. en CFU par gramme pour les sujets traités à la fidaxomicine, probablement à la suite d’une diarrhée continue, alors que la diminution du nombre de microbes était nettement plus élevée chez les sujets traités par la vancomycine, vraisemblablement à cause d’un effet de lavage plus une suppression microbienne. , les différences entre les échantillons de jour et de jour à la fin du traitement semblent être les La vancomycine supprime de façon marquée les Bacteroides, les Prevotella, les C. coccoides et les organismes du groupe C leptum et supprime les espèces de Bifidobacteria dans une moindre mesure. La fidaxomicine semble épargner pour la plupart des groupes ou agir indifféremment sur les espèces Bifidobacteria de ces groupes. Des changements discernables ont été observés dans les dénombrements d’espèces de Desulfovibrio et de Lactobacillus entre les schémas thérapeutiques. Les numérations des espèces Veillonella ont augmenté pendant le traitement par vancomycine et diminué pendant la phase post-traitement, tandis que les dénombrements étaient inchangés chez les patients traités par fidaxomicine. La vancomycine a supprimé le nombre d’entérocoques résistants à la vancomycine pendant le traitement, après quoi il y a eu un rebond des numérations et une réduction graduelle des effectifs plus tard au cours de la période de suivi. La fidaxomicine n’a pas semblé influencer le nombre d’entérocoques. les iaceae étaient – des bûches plus hautes que celles des contrôles sains à l’entrée de l’étude et, pour les deux traitements, semblaient dériver vers le bas au cours de la période post-traitement

Figure Voir grandDownload slideBacteroides microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B et les boîtes de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeDownload slideBacteroides microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant vancomycine A, patients recevant la fidaxomicine B, et cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure View largeTélécharger slideClostridium coccoides microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant fidaxomicine B, et les contrôles en bonne santé Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger slideClostridium coccoides microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant fidaxomicine B et cases témoins saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure View largeTélécharger slideClostridium leptum microflore au cours du temps chez les patients recevant de la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B et les boîtes de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger DiapositiveClostridium leptum microflore dans le temps chez les patients recevant de la vancomycine B et cases témoins saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure View largeDownload slidePrevotella microflora niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B, et les boîtes de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger diapositivePrevotella microflore dans le temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant fidaxomicine B, et cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure vue grandDownload slideVeillonella microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant fidaxomicine B, et les contrôles sains des cellules Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger diapositivesVelillonella microflore dans le temps chez les patients recevant la vancomycine A, patients recevant la fidaxomicine B, et cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure Voir grandDownload slideBifidobacterium microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B, et les boîtes de contrôle en bonne santé Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger diapositivesBifidobacterium microflore au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine B, et cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure vue grandDownload slideLactobacillus microflore niveaux au fil du temps chez les patients recevant la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B, et les boîtes de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger la lameLactobacillus microflore dans le temps chez les patients recevant la vancomycine A, cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure View largeTélécharger la lameDesulfovibrio microflore au cours du temps chez les patients recevant de la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B et les boîtes de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger la lameDesulfovibrio microflore au cours du temps chez les patients recevant la vancomycine B, et cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure Vue largeTaille de téléchargementEnterobacteriaceae microflore au cours du temps chez les patients recevant de la vancomycine A, les patients recevant la fidaxomicine B et les boîtes de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesFigure View largeTélécharger la diapositiveInterobacteriaceae microflore dans le temps chez les patients recevant la vancomycine B, et cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des colonies

Figure View largeTaille de glissementInterococcaceae microflore au cours du temps chez les patients recevant de la vancomycine A, les patients recevant fidaxomicine B, et les contrôles sains cases de contrôle saines Abréviation: UFC, unités formant des coloniesLes figures A et C résument l’effet de la vancomycine par rapport à celui de la fidaxomicine pendant et après le traitement par CDI chez les patients ayant obtenu une guérison prolongée. Les comparaisons étant difficiles à réaliser à la fin de la période de suivi Comme la plupart des récurrences se sont produites dans les semaines suivant la fin du traitement, la comparaison des échantillons obtenus à l’entrée de l’étude montre probablement les différences entre les traitements. les comptes n’étaient pas différents entre Chez les bactéries Bacteroides / Prevotella, la vancomycine a significativement supprimé ce groupe pendant la thérapie. Même jour, des différences significatives ont été observées entre la vancomycine et la fidaxomicine. Des différences similaires ont été observées entre les groupes C coccoides et C leptum, mais la suppression par la vancomycine était transitoire. , avec récupération par jour

Figure View largeTélécharger les lames des principaux genres cultivables et non cultivables du microbiote fécal normal chez les patients atteints d’une infection à Clostridium difficile randomisés pour recevoir un traitement par fidaxomicine ou vancomycine. Tous les patients ont répondu au traitement sans récidive. Abréviations: FDX, fidaxomicine; VAN, vancomycineFigure View largeTélécharger slideLevées des principaux genres cultivables et non cultivables du microbiote fécal normal chez les patients atteints d’une infection à Clostridium difficile randomisés pour recevoir un traitement par fidaxomicine ou vancomycine bras / traitement Tous les patients répondaient au traitement sans récidive Abréviations: FDX, fidaxomicine ; VAN, vancomycine

Tableau Résultats de la réaction en chaîne de la polymérase quantitative en temps réel pour les groupes bactériens majeurs pour les patients recevant de la vancomycine ou de la fidaxomicine pendant des jours suivis par des semaines de bactéroïdes de suivi Prevotella Clostridium coccoides groupe Clostridium leptum groupe Bifidobactéries Enterobacteriaceae Lactobacillus Enterococcaceae Moyenne journal CFU ± SD Mean log CFU ± SD log moyen CFU ± SD log moyen CFU ± SD log moyen CFU ± SD log moyen CFU ± SD log moyen UFC ± SD log moyen UFC ± SD jour vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine vancomycine vancomycine Fidaxomicine ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± Bacteroides Groupe Prevotella Clostridium coccoides Groupe Clostridium leptum Bifidobactéries Enterobacteriaceae Lactobacillus Enterococcaceae Moyenne des logarithmes CFU ± SD Moyenne logicielle UFC ± SD Moyenne log UFC ± SD Moyenne log UFC ± SD Moyenne log UFC ± SD Moyenne log UFC ± SD Moyenne log UFC ± SD Moyenne log UFC ± SD Jour Vancomycine Fidaxomici n Vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine vancomycine Fidaxomicine ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± Les données sont en UFC par gramme de selles. Les comparaisons statistiques sont spécifiées à la Figure Données de support des résultats sur les figures – Abréviations: UFC, unité formant une colonie; SD, écart-typeView LargeTable résume les résultats des cultures quantitatives totales de C difficile à l’entrée, jour, jour et au cours de la période de suivi, ainsi que le nombre de spores et les titres de cytotoxine B C difficile. Similaire entre les bras de traitement À jours et, les deux traitements ont efficacement réduit les numérations de C difficile à la limite inférieure de quantification, après quoi il semblait y avoir un rebond de bas niveau similaire des comptes de C difficile Les comptes de spores étaient similaires entre les bras de traitement. Les patients traités par vancomycine étaient deux fois plus susceptibles de réexprimer la toxine au cours de la période de suivi P =, principalement au cours des premières semaines de traitement. le groupe de patients total, la récidive était deux fois plus fréquente dans le groupe vancomycine. La même souche a été observée lors de la récurrence chez les patients. Les patients traités par vancomycine ayant présenté une récidive de CDI présentaient des taux significativement plus faibles de Bacteroides et de Prevotella à la fin du traitement. Une tendance à la baisse du nombre de ces microorganismes a également été observée chez les patients traités par fidaxomicine. Au diagnostic de l’ICD récurrente, les titres de toxine, les comptes de pathogènes et les profils de microbiome étaient similaires aux résultats des données d’entrée de l’étude non montrés

Tableau Cultures quantitatives pour le nombre total de Clostridium difficile, le nombre de décharges post-alcooliques de spores et les titres de cytotoxine B du C difficile chez les patients assignés aléatoirement à un traitement par jour de la vancomycine ou de la fidaxomicine Jour Jour Jour Jour Jour Jour Log UFC / g ± SD spores ± SD VAN ± ± ± ± ± ± ± FDX ± ± ± ± ± ± ± Nombre moyen de spores logarithmiques ± SDa VAN ± ± b ± ± ± ± ± FDX ± ± b ± ± ± ± ± Titre moyen de toxine B ± SEM Jour Jour Jour Mise en commun des jours,,, c VAN ± Négatif Négatif ± FDX ± Négatif Négatif ± d Jour Jour Jour Jour Jour Jour Journal moyen CFU / g ± SD spore ± SD VAN ± ± ± ± ± ± ± ± FDX ± ± ± ± ± ± ± Nombre moyen de spores logarithmiques ± SDa VAN ± ± b ± ± ± ± ± FDX ± ± b ± ± ± ± ± Titre moyen de toxine B ± SEM Jour Jour Jour en jours,,, c VAN ± Négatif négatif ± FDX ± Négatif Négatif ± d Au total, les patients ont reçu le VAN et reçu les abréviations FDX: CFU, unités formant des colonies; FDX, la fidaxomicine; SD, écart-type; SEM, erreur type de la moyenne; VAN, vancomycina Plusieurs valeurs étaient plus élevées que les dénombrements totaux, reflétant plusieurs échantillons pour lesquels les comptes de spores semblaient supérieurs aux dénombrements totaux, ce qui pourrait représenter une variation près de la limite inférieure de détection et possiblement moins de compétition après les cultures de choc-choc. Titres seulement Pour le groupe VAN, des échantillons testés à partir du jour, du jour, du jour et du jour étaient positifs Pour le groupe FDX, des échantillons testés à partir du jour, du jour, du jour et du jour étaient positived La valeur était ± si le titre de la toxine aberrante de / était exclu

Tableau comparatif des changements dans la microflore chez les patients ayant obtenu une guérison durable de l’infection à Clostridium difficile avec des changements chez les patients ayant guéri mais ayant eu récidive ultérieure Log CFU / g Fèces ± SD Patients avec des traitements de guérison soutenue avec groupe de Bacteroides Day Jour Jour Vancomycine ± ± a ± ± Fidaxomicine ± b ± c ± ± espèces de Prevotella vancomycine ± ± d ± ± Fidaxomicine ± ± e ± ± groupe Clostridium coccoides vancomycine ± ± ± ± fidaxomicine ± ± ± log UFC / g excréments ± patients atteints de SD avec des traitements de longue durée avec Récurrence Jour Jour Jour Groupe de Bacteroides vancomycine ± ± a ± ± Fidaxomicine ± b ± c ± ± espèces de Prevotella vancomycine ± ± d ± ± Fidaxomicine ± ± e ± Groupe de Clostridium coccoides: vancomycine ± ± ± ± Fidaxomicine ± ± ± ± Dix patients du groupe vancomycine et de la fidaxomicine ont obtenu une guérison prolongée, alors que dans le groupe vancomycine et dans le groupe fidaxomicine, la récurrence a été déterminée sur la base de données quantitatives réelles. réaction en chaîne par polymérase à temps Les patients ayant présenté une récurrence présentaient des numérations plus faibles de Bacteroides et de Prevotella. Les patients traités par fidaxomicine avec récidive semblaient présenter des réductions plus importantes du nombre de Bacteroides au début de l’étude. Abréviation: UFC, unité formant colonie , par rapport aux valeurs journalières pour les patients avec recurrencepP =, comparées aux valeurs journalières pour les patients avec recurrencecP =, comparées aux valeurs journalières pour les patients avec recurrencedP =, comparées aux valeurs journalières pour les patients avec recurrenceeP =, comparées aux valeurs journalières pour patients avec recurrenceView Large

DISCUSSION

Les études ont montré une déplétion des espèces de Bacteroides et des Firmicutes chez plusieurs patients présentant des récurrences multiples , des changements floraux par électrophorèse sur gradient de gel dénaturant , et des changements dans les Bacteroidetes et Firmicutes, comme les infections stinales ont attendu de nouvelles technologies. Une étude systématique prospective et quantitative pour évaluer les déplacements du microbiome au cours du traitement par la fidaxomicine des CDI est rapportée iciL’étendue et la nature de l ‘altération du microbiome avant le début de l’ infection par le microarray. Les symptômes diarrhéiques CDI équivalents au concept de la période de latence sont inconnus Les échantillons fécaux pourraient également être considérés comme une mesure indirecte des processus biologiques car les événements sur l’interface mucosale sont probablement plus déterminants dans la pathogenèse Néanmoins, étant donné les défis techniques d’obtention et de séparation des microbes dans le flux fécal Comparaison des profils de microbiome dans les échantillons fécaux de témoins sains avec des échantillons au début de l’ICD sont une mesure du degré d’altération du microbiome Les résultats de cette étude étendent et étayent les résultats de l’étude clinique de phase II qui utilisait des méthodes conventionnelles. la culture et l’hybridation fluorescente in situ Bacteroides et Firmicutes groupes C coccoides plus C leptum, qui constituent la majeure partie de la microflore, semblent être réduits – fois au moment du diagnostic CDI sur la base des tests qPCR Sur la base de la culture appariée par rapport aux résultats de qPCR, en utilisant les Bacteroides comme groupe indicateur, la réduction moyenne pourrait être -log plus grande Il existe une variation substantielle du degré de suppression du microbiote normal, certains patients présentant des numérations de Bacteroides dans la fourchette -CFU / g les mouvements diarrhéiques peuvent avoir un effet délavé sur la flore normale, il est probable qu’un degré moindre de perturbation du microbiome puisse entraîner une La diminution des comptes à la journée semble être un autre effet d’élimination dû aux mouvements diarrhéiques avant la résolution de la maladie avec ou sans suppression antimicrobienne, les différences de numération à l’entrée et à la fin du traitement ont été utilisées pour quantifier l’effet du traitement médicamenteux. sur le microbiome résiduel Les résultats du profil microbiome documentent les «dommages collatéraux» à la microflore observés avec la vancomycine, une autre diminution du nombre de bactéries Bacteroides entraînant une diminution du nombre de témoins sains à la fin du traitement par la vancomycine. L’observation que les organismes Bacteroides sont plus nombreux sur la surface de la muqueuse que les fèces suggère un rôle important dans la résistance à la colonisation, peut-être par un processus d’interférence bactérienne contre les pathogènes intestinaux. La diminution marquée du nombre de bactéries Bacteroides persiste plusieurs semaines après la vancomycine traitement Cette diminution est associée à la réapparition du C difficile cytotoxine B dans les filtrats fécaux à une fréquence deux fois plus élevée qu’après le traitement par fidaxomicine et, dans la population étudiée, deux fois plus de récidives de CDI. Ces résultats sont cohérents avec les résultats des essais cliniques dans leur ensemble et soulignent observation importante que la majorité des récidives s’épanouir pendant l’intervalle – semaine après le traitement Une réduction P = dans le nombre de spores au jour du traitement par fidaxomicine, par rapport au jour de traitement par la vancomycine, n’a pas été maintenue après la thérapie. les patients limitent l’interprétation Les profils microbiologiques de C difficile ne sont pas différents entre les traitements et soutiennent donc l’hypothèse alternative que la récurrence réduite est liée à la “santé” de la microflore normale résiduelle Comparaison du modèle de suppression des membres du microbiome entre les traitements suggère que Bacteroides espèces, les espèces Prevotella, les Firmicutes et Bif Les espèces d’idobactéries jouent un rôle bénéfique dans le maintien d’un microbiome sain et un nombre élevé de coliformes et d’entérocoques est un marqueur d’un microbiome intestinal épuisé. L’observation selon laquelle les patients présentant une récidive de CDI ont un nombre inférieur d’organismes Bacteroides et Prevotella en fin de traitement. preuve en faveur d’un rôle protecteur de ces microbes En dernière analyse, on ne sait pas quels groupes, espèces ou combinaisons protègent Le rôle des lactobacilles dans la prévention des ICD n’est pas clair à l’heure actuelle Les chiffres inchangés observés dans cette étude ne soutiennent ni ne réfutent un rôle En raison de la grande efficacité de la transplantation de microbiomes fécaux dans l’arrêt de l’ICD récurrente, il est probable que les membres dominants du microbiome sont essentiels pour prévenir l’ICD. En résumé, les caractéristiques de la fidaxomicine rapport offre une thérapie sélective pour le CDI, un microbiome plus robuste et une k pour une maladie récurrente

Remarques

KC a réalisé les tests qPCR en temps réel et cultures quantitatives pour C difficile BB a servi de coordinateur d’étude JE a servi de technologue en microbiologie en culture de microflore fécale LW servait de technologue en microbiologie de contrôle des infections pour les cultures C difficile et les essais de toxine ME et WK Ce travail a été soutenu en partie par Optimer Pharmaceuticals et la subvention de recherche en innovation des petites entreprises des National Institutes of Health – parrainage de l’AS-AS Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé «Fidaxomicin and l’approche évolutive du traitement de l’infection à Clostridium difficile », commandité par Optimer Pharmaceuticals, IncPotential conflits d’intérêts TJL rapporte que son institution a reçu un financement par cas d’Optimer Pharmaceuticals TJL a également reçu le soutien d’Optimer Pharmaceuticals les rendez-vous pour la conduite de l’essai clinique ou la présentation des résultats de l’essai clinique; reçu des honoraires d’Optimer Pharmaceuticals pour des réunions supplémentaires et des études connexes sur la fidaxomicine, Merck, Cubist Pharmaceuticals, ViroPharma et Iroko Pharmaceuticals; et est inscrit sur un brevet de fidaxomicin Tous les autres auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de conflits d’intérêts que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués