"Dan Ferro has taught some of the most
important singers of the 20th Century"
Brian Zeger - The Juilliard School
The Metropolitan Opera

"Intensive study of vocal technique as applied to the literature for active singers"

Guide d’utilisation du Laboratoire de Microbiologie pour le Diagnostic des Maladies Infectieuses: Recommandations de la Société Américaine des Maladies Infectieuses IDSA et l’American Society for Microbiology ASMa

Le rôle crucial du laboratoire de microbiologie dans le diagnostic des maladies infectieuses exige une relation de travail étroite et positive entre le médecin et les microbiologistes qui apportent une valeur énorme à l’équipe soignante. Ce document, élaboré par des experts cliniques et de laboratoire, fournit des informations sont utiles et dans quels contextes, et sur des tests qui ajoutent peu ou pas de valeur aux décisions diagnostiques Les sections sont divisées en systèmes anatomiques, y compris Infections sanguines et infections du système cardiovasculaire, Infections du système nerveux central, Infections oculaires, Infections des tissus mous de la tête et le cou, les infections respiratoires supérieures, les infections des voies respiratoires inférieures, les infections du tractus gastro-intestinal, les infections intra-abdominales, les infections des os et des articulations, les infections urinaires, les infections génitales et les infections cutanées et des tissus mous; ou dans des groupes d’agents étiologiques, y compris les infections à tiques, les syndromes viraux et les infections parasitaires du sang et des tissus Chaque section contient des concepts d’introduction, un résumé des points clés et des tableaux détaillés énumérant les agents suspects; les tests les plus fiables à commander; les échantillons et les volumes à collecter par ordre de préférence; dispositifs de transport d’échantillons, procédures, durées et températures; et des notes détaillées sur des questions spécifiques concernant les méthodes d’essai, comme lorsque les tests sont susceptibles d’exiger un laboratoire spécialisé ou des délais d’exécution prolongés. Il y a redondance entre les tableaux et les sections, car de nombreux agents et choix d’essais se chevauchent. une référence pour guider les médecins dans le choix des tests qui les aideront à diagnostiquer les maladies infectieuses chez leurs patients

diagnostic de laboratoire, test de microbiologie, traitement des échantillons, communication médecin-laboratoire, laboratoires médicaux Abréviations communes utilisées dans tout le texte: liquide céphalo-rachidien, liquide céphalo-rachidien; DFA, anticorps fluorescent direct; EIA, immunodosage enzymatique; GI, gastro-intestinal; IFA, anticorps fluorescent indirect; IIF, immunofluorescence indirecte; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; PMN, neutrophile polymorphonucléaire; RPR, test rapide de la réabsorption plasmatique de la syphilis; RT, température ambiante; ERV, entérocoque résistant à la vancomycine; WBC, globule blanc

RÉSUMÉ

introduction

Contrairement à d’autres domaines du laboratoire de diagnostic, la microbiologie clinique est une science du jugement interprétatif qui devient de plus en plus complexe. Même avec l’avènement de l’automatisation des laboratoires et l’intégration de la génomique et de la protéomique en microbiologie, l’interprétation des résultats dépend toujours de les échantillons reçus pour analyse Les microorganismes procaryotes, bien que génétiquement moins complexes que les eucaryotes multicellulaires, sont particulièrement adaptés pour s’adapter aux environnements où les antibiotiques et les réponses de l’hôte appliquent des pressions qui favorisent leur survie. Un instrument de laboratoire peut ou non détecter ces mutations. De toute évidence, tous les microbes croissent, se multiplient et meurent très rapidement. Si l’un de ces événements se produit pendant la collecte, le transport ou le stockage des échantillons, les résultats de l’analyse seront compromis et l’interprétation pourrait être trompeuse. aux spécifications pré-analytiques Les médecins ont besoin de savoir que les résultats fournis par le laboratoire de microbiologie sont précis, significatifs et pertinents sur le plan clinique. Tout ce qui est inférieur à la norme de soins de la communauté. Pour atteindre ce niveau de qualité, le laboratoire exige Tous les échantillons de microbiologie doivent être correctement sélectionnés, collectés et transportés pour optimiser l’analyse et l’interprétation. L’interprétation des résultats en microbiologie dépend entièrement de la qualité du spécimen soumis à l’analyse, la gestion des spécimens ne doit pas être laissée au hasard. connaître les besoins du médecin et les besoins du laboratoire, notamment s’assurer que les échantillons arrivent au laboratoire pour analyse le plus rapidement possible après la collecte.

Tableau Introduction-Problèmes de transport Directives générales Type d’échantillon Spécimen requis Système de collecte, température et temps de transport idéal Culture bactérienne aérobie Tissu, liquide, biopsie par aspiration, etc. Conteneur stérile, RT, immédiatement Échantillon et choix – Des écouvillons floqués sont recommandés. Culture bactérienne aérobie et anaérobie Tissus, liquides, aspirés, biopsies, etc. Récipient anaérobie stérile, RT, immédiatement Échantillon sans choix – les tampons floqués sont efficaces Dispositif de transport anaérobie sur écouvillon, RT, h Culture fongique; AFB culture Tissus, liquides, aspirés, biopsies, etc. Conteneur stérile, RT, h Écouvillon et choix pour les levures et les infections mycobactériennes superficielles seulement Dispositif de transport des écouvillons, RT, h Culture de virus Tissus, liquides, aspirés, biopsies, etc. glace, immédiatement Écouvillons – écouvillons floconnés recommandés. Dispositif de transport des écouvillons viraux, RT, h Agent soupçonné de bioterrorisme Voir le site Web des Centres de prévention et de contrôle des maladies: http: // emergencycdcgov / documents / PPTResponse / tablespecimenselectionpdf Sérologie mL sérum Tube de coagulation, RT, h Test d’antigène Comme décrit dans le manuel de prélèvement d’échantillons de laboratoire Conteneur fermé, RT, h Tube NAAT mL de plasma EDTA, RT, h Autre spécimen Récipient fermé, RT, h Type d’échantillon Spécimen requis Dispositif de collecte, température et temps de transport idéal Culture bactérienne aérobie Tissu, liquide, biopsie d’aspiration, etc. Récipient stérile, RT, immédiatement Échantillon nd choix – les écouvillons floqués sont recommandés. Ce, RT, h Culture bactérienne aérobie et anaérobie Tissu, fluide, aspirer, biopsie, etc. Récipient stérile anaérobie, RT, immédiatement Écouvillon et choix – les tampons floqués sont efficaces Dispositif de transport anaérobie, RT, h Culture de champignons; AFB culture Tissus, liquides, aspirés, biopsies, etc. Conteneur stérile, RT, h Écouvillon et choix pour les levures et les infections mycobactériennes superficielles seulement Dispositif de transport des écouvillons, RT, h Culture de virus Tissus, liquides, aspirés, biopsies, etc. glace, immédiatement Écouvillons – écouvillons floconnés recommandés. Dispositif de transport des écouvillons viraux, RT, h Agent soupçonné de bioterrorisme Voir le site Web des Centres de prévention et de contrôle des maladies: http: // emergencycdcgov / documents / PPTResponse / tablespecimenselectionpdf Sérologie mL sérum Tube de coagulation, RT, h Test d’antigène Comme décrit dans le manuel de prélèvement d’échantillons de laboratoire Conteneur fermé, RT, h Tube NAAT mL de plasma EDTA, RT, h Autre spécimen Conteneur fermé, RT, h Abréviations: AFB, bacille acido-résistant; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, Room Temperaturea Contacter le laboratoire de microbiologie concernant les procédures et dispositifs appropriés de collecte et de transport, car les milieux de transport tels que Cary-Blair ou le transport de conservateurs pour les selles, l’acide borique pour les urines, les conteneurs spécialisés pour Mycobacterium tuberculosis sont souvent critiques pour un examen réussi. de la collecte au transport répertorié optimisera les résultats; des temps plus longs peuvent compromettre les résultats. Visualiser À un niveau élémentaire, le médecin a besoin de réponses aux questions très fondamentales du laboratoire: La maladie de mon patient est-elle causée par un microbe Si oui, quel est le profil de susceptibilité de l’organisme? répondre à ces besoins, le laboratoire nécessite des informations très différentes Le laboratoire de microbiologie a besoin d’un échantillon qui a été correctement sélectionné, collecté et transporté au laboratoire pour analyse. Pris au milieu, entre le médecin et le laboratoire, sont ceux qui sélectionnent et recueillent l’échantillon et qui ne savent pas ou ne comprennent pas ce que le médecin ou le laboratoire doit faire pour améliorer leur qualité de travail. La communication entre les médecins, les infirmières et le personnel de laboratoire doit être encouragée et ouverte sans motif ou conséquence punitive. le diagnostic de la maladie infectieuse est mieux réalisé en appliquant une connaissance approfondie à la fois médicale et de laboratoire La science oratoire ainsi que les principes de l’épidémiologie et de la pharmacocinétique des antibiotiques et en intégrant une vision stratégique des interactions hôte-parasite Les meilleurs résultats pour les patients sont clairement le résultat de partenariats solides entre le clinicien et le spécialiste laboratorien. L’un des partenaires de laboratoire les plus précieux dans le diagnostic des maladies infectieuses est le spécialiste certifié en microbiologie, en particulier un spécialiste certifié Diplomate par l’American Board of Medical Microbiology ABMM, l’American Board of Pathology ABP Les cliniciens devraient recommander et les établissements médicaux devraient fournir ce type de leadership pour le laboratoire de microbiologie ou fournir un accès formel à ce niveau d’expertise de laboratoire par l’intermédiaire de l’ABMLI. consultation

Impact de la gestion des échantillons

La sélection et la collecte des échantillons de microbiologie relèvent de la responsabilité du personnel médical, généralement du laboratoire, bien que le spécialiste agréé puisse être consulté ou assisté. L’impact de la gestion des échantillons sur les soins est énorme. Elle influe sur les décisions thérapeutiques, influe sur la durée de séjour des patients, les coûts hospitaliers et les coûts de laboratoire, et influe sur l’efficacité des laboratoires. Les cliniciens doivent consulter le laboratoire pour s’assurer que la sélection, la collecte, le transport et le stockage des échantillons de patients sont effectués correctement

Principes de gestion des échantillons

Tout au long du texte, il y aura des réserves concernant des spécimens spécifiques et des protocoles diagnostiques pour le diagnostic des maladies infectieuses. Cependant, certains principes stratégiques de gestion et de test des échantillons en microbiologie constituent des normes de soins communautaires et distinguent la microbiologie des autres laboratoires. Les microbiologistes agissent correctement et de manière responsable lorsqu’ils appellent les médecins pour clarifier et résoudre les problèmes liés aux présentations de spécimens. Les médecins ne devraient pas exiger que le laboratoire déclare «tout ce qui pousse», donc Le bruit de fond doit être évité autant que possible Beaucoup de sites corporels ont un microbiote normal qui peut facilement contaminer l’échantillon. Par conséquent, les spécimens provenant de sites tels que les expectorations des voies respiratoires inférieures, les sinus nasaux, les Les tissus, les aspirats et les liquides sont toujours des échantillons de choix, en particulier de la chirurgie Un écouvillon n’est pas le spécimen de choix pour de nombreux spécimens parce que les écouvillons ramasser les microbes étrangers, contenir des volumes extrêmement faibles de l’échantillon mL, rendre difficile l’élimination des bactéries ou des champignons des fibres de l’écouvillon et des milieux, et l’inoculum de l’écouvillon n’est souvent pas uniforme sur plusieurs géloses différentes. infections respiratoires nasopharyngées et virales Les écouvillons floconnés sont devenus un outil précieux pour la collecte des échantillons et se sont avérés plus efficaces que les écouvillons Dacron, rayonne et coton dans de nombreuses situations. La nature floquée de l’écouvillon permet une libération plus efficace du contenu. doit suivre son manuel de procédure ou faire face à des défis juridiques Ces manuels sont généralement pris en charge par la littérature. Les tests de sensibilité doivent être effectués sur des isolats cliniquement significatifs, et non sur tous les microorganismes récupérés en culture. Les résultats de laboratoire de microbiologie doivent être précis, significatifs, et doivent être recueillis avant l’administration des antibiotiques. et cliniquement pertinent Le laboratoire devrait être autorisé à définir une politique technique; ceci n’est pas du ressort du personnel médical. Une bonne communication et un respect mutuel mèneront à des politiques collaboratives. Les spécimens doivent être étiquetés correctement et complètement pour que l’interprétation des résultats soit fiable. Les étiquettes telles que «œil» et «blessure» ne sont pas utiles. Le manuel des politiques de laboratoire de microbiologie devrait être disponible en tout temps pour que tout le personnel médical puisse le consulter ou le consulter et il serait particulièrement utile d’encourager le personnel infirmier à examiner la collection de spécimens et les données cliniques. partie du manuel de gestion Cela peut faciliter la collaboration entre le laboratoire, avec l’expertise en microbiologie, et le personnel de prélèvement, qui peut en savoir très peu sur la microbiologie ou ce dont le laboratoire a besoin pour établir ou confirmer un diagnostic. une partie intégrante de l’équipe de soins de santé et enco demander à l’hôpital ou à l’établissement de laboratoire d’avoir à sa disposition des spécialistes de laboratoire accrédités ou disponibles pour optimiser le diagnostic en laboratoire des maladies infectieuses

Comment utiliser ce document

Le texte intégral de ce document, disponible en ligne, est organisé par système de corps, bien que beaucoup d’organismes soient capables de causer la maladie dans plus d’un système de corps Il peut y avoir une mention redondante de certains organismes en raison de leur propension à infecter plusieurs sites. Une caractéristique unique de ce document est sa capacité à aider les cliniciens qui ont des soupçons spécifiques concernant des agents étiologiques possibles causant un type spécifique de maladie Une autre caractéristique unique est que dans la plupart des sections, il y a des recommandations et précautions ciblées concernant la sélection et la collecte d’échantillons pour analyse. processus Dans chaque section, il y a un tableau décrivant les besoins d’échantillons concernant une variété d’agents étiologiques que l’on soupçonne causer la maladie. Les méthodes d’essai dans les tableaux sont classées par ordre de priorité selon les recommandations des auteurs et des examinateurs. est spécifié pour une certaine période de temps, comme les heures, il est prévu que l’échantillon doit être réfrigéré après cette période, sauf indication contraire dans cette section Presque tous les spécimens pour la détection du virus doivent être transportés sur de la glace mouillée et congelés à-° C si le test est retardé. heures, bien que les spécimens dans les milieux de transport viraux puissent être transportés à la température ambiante quand ils sont rapides; les heures de livraison au laboratoire sont assurées

Histoire et mise à jour

Le document a été approuvé par la Société américaine des maladies infectieuses IDSA et l’American Society for Microbiology ASM Des modifications futures sont à prévoir, car la microbiologie diagnostique est une discipline dynamique et en évolution rapide

I Infections et infections du système cardio-vasculaire

Infections de la circulation sanguine et endocardite infectieuse

Le diagnostic des bactériémies Les bactériémies sont l’une des fonctions les plus critiques des laboratoires de microbiologie clinique Pour la grande majorité des agents étiologiques des bactériémies, les méthodes conventionnelles d’hémocultures donnent des résultats en quelques heures; une incubation de plus de jours est rarement nécessaire lorsque des systèmes et des milieux d’hémoculture modernes surveillés en continu sont utilisés Cela inclut la récupération d’organismes historiquement exigeants tels que HACEK Haemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Eikenella et Kingella et Brucella spp. Certains micro-organismes, tels que les mycobactéries et les champignons dimorphes, nécessitent des périodes d’incubation plus longues; d’autres peuvent nécessiter des milieux de culture spéciaux ou des méthodes non culturales Bien que les champignons filamenteux nécessitent souvent des milieux de bouillon spéciaux ou des flacons de lyse-centrifugation pour la détection, Candida a tendance à pousser très bien dans les bouillons de culture sanguine standard. , les hémocultures de patients suspects de candidémie ne donnent pas de résultats positifs chez près de la moitié des patients. Le tableau I ci-dessous fournit un résumé des méthodes de diagnostic pour la plupart des bactériémies.

h de sang inoculation NAAT ml de plasma tube EDTA, RT, h Legionella spp ou plus de lyse-centrifugation Isolement hémoculture vialse mL de sang doit être inoculé directement dans chaque flacon de culture de lyse-centrifugation Les flacons de culture de lyse-centrifugation doivent être transportés à TA le laboratoire ASAP et traité dans h de sang inoculation test de l’antigène de l’urine Legionella pour le sérotype ml de mid-stream, capture propre urinef récipient fermé, RT, h Coxiella burnetii Coxiella IFA sérologie mL de sérum Tube de caillot, RT, h NAAT mL de plasma Tube de l’EDTA, RT, h Tropheryma whipplei NAAT mL de tube EDTA plasmatique, RT, h Levures adultes: – ensemencements sanguins voir ci-dessus – mL de sang par culture chez les adultes injectés dans au moins des flacons d’hémocultureg Les flacons de culture inoculés doivent être transportés dès que possible. RT au laboratoire pour une incubation précoce Nourrissons et enfants: ou plus ensembles d’hémocultures voir ci-dessus Autant de sang que l’on peut facilement obtenir chez l’enfant n; Le volume dépend du poids de l’enfant. Voir tableau suivant. Les organismes survivent habituellement dans des flacons de culture inoculés, même s’ils ne sont pas incubés immédiatement. Malassezia spp nécessite une supplémentation en lipides; La centrifugation par lyse est recommandée pour leur récupération. Fungih filamenteux et dimorphique ou plus de lyse-centrifugation Des flacons d’hémoculture d’isolateur doivent être inoculés directement dans chaque flacon de culture de lyse-centrifugation. Les flacons de culture de lyse-centrifugation doivent être transportés au laboratoire aussitôt que possible. h de sang inoculation cultures de mycobactéries en utilisant des flacons d’hémoculture spécifiques AFB ml de sang inoculé directement dans la bouteille d’hémoculture spécifique AFB flacons de culture inoculés doivent être transportés au laboratoire ASAP pour une incubation précoce Abréviations: AFB, bacille acide rapide; IFA, anticorps fluorescent indirect; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Typiquement, les échantillons sanguins sont répartis entre des flacons d’hémoculture aérobie et anaérobie. Il peut y avoir des circonstances dans lesquelles il est prudent d’omettre le flacon anaérobie et les échantillons de sang fêlé entre flacons aérobies. Les bactéries HACEK comprennent Haemophilus Aggregatibacter aphrophilus, Haemophilus parainfluenzae, Aggregatibacter anciennement Actinobacillus actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens et Kingella kingaed Le succès Le taux de récupération de Bartonella spp à partir du sang, même lorsque les méthodes optimales sont utilisées, est extrêmement bas. La bactériémie à Legelella est peu fréquente et l’organisme est rarement récupéré du sang même lorsque des techniques de culture optimales sont employées.Le spécimen urinaire optimal est le premier Lorsqu’on soupçonne une fongémie due à une levure, il peut être prudent, au sein d’une série d’hémocultures, d’inoculer au moins des échantillons de sang dans des flacons aérobies plutôt que dans la paire de flacons aérobie et anaérobie habituels. MycoF / Lytic [BD Diagnostics, Sparks, MD] ou la lyse-centrifugation peuvent être utilisés. Certains champignons dimorphes et levures, par exemple, Malassezia spp peuvent être visualisés sur des frottis sanguins périphériques chez certains patients en utilisant une variété de taches fongiques. La plupart des agents étiologiques de l’endocardite infectieuse, les méthodes conventionnelles d’hémoculture suffiront Cependant, certains agents étiologiques moins communs ne peuvent pas être détectés avec les méthodes actuelles d’hémoculture. Les agents étiologiques les plus courants de la culture. -endocardite négative, Bartonella spp et Coxiella burnetii, souvent peuvent être détectés par des tests sérologiques conventionnels Par exemple, Tropheryma whipplei Dans de rares cas d’endocardite à culture négative, la réaction en chaîne par polymérase S PCR et le séquençage d’ADN du tissu valvulaire peuvent aider à déterminer un agent étiologiqueLe volume de sang est obtenu pour chaque demande de culture sanguine également connu comme un ensemble de culture de sang, composé de toutes les bouteilles provenant d’une seule ponction veineuse ou lors d’un prélèvement de cathéter est la variable la plus importante dans la récupération des bactéries et des champignons des patients atteints d’infections sanguines [,,,] Pour les enfants, un volume de sang adapté à l’âge et au poids doit être cultivé. Voir Tableau Ia pour les volumes recommandés. Un deuxième déterminant important est le nombre d’hémocultures effectuées au cours d’un épisode septique donné Généralement chez les adultes En cas de suspicion de BSI, des tests de culture sanguine doivent être réalisés pour l’évaluation de chaque épisode septique

Tableau I-aTaux recommandés de sang pour la culture chez les patients pédiatriques L’ensemble de culture sanguine peut utiliser uniquement le poids de la bouteille du patient kg Volume sanguin total du patient mL Volume de sang recommandé pour la culture mL Volume total pour la culture Non ≤ – … – – – & gt; – & gt; & gt; & gt; – – – – Poids du patient kg Volume sanguin total du patient mL Volume de sang recommandé pour la culture mL Volume total pour la culture mL mL de l’ensemble de culture de volume sanguin total Aucun ensemble de culture n ° ≤ – … – – – & gt; – & gt; & gt; & gt; – Quand le mL de sang ou moins est recueilli, il devrait être inoculé dans une seule bouteille d’hémoculture aérobie. Voir grandLe chronométrage d’ordres de culture de sang devrait être dicté par l’acuité patiente Dans des situations urgentes, ou plus d’ensembles de culture de sang peuvent être obtenus séquentiellement. Dans des situations moins urgentes, l’obtention de cultures hématopoïétiques peut être espacée de plusieurs heures ou plus. Les flacons d’hémoculture contaminés sont courants, très coûteux pour le système de santé et souvent source de confusion pour les cliniciens. risque de contamination de l’hémoculture avec la flore cutanée commensale, des précautions minutieuses doivent être prises dans la préparation cutanée avant la ponction veineuse. Consensus guidelines et panels d’experts recommandent la ponction veineuse périphérique comme technique préférée pour obtenir du sang pour la culture. obtenu de cette manière est moins susceptible d’être contaminé que le sang obtenu Plusieurs études ont démontré que la teinture d’iode, le peroxyde de chlore et le gluconate de chlorhexidine CHG sont supérieurs aux préparations de povidone-iode comme désinfectants cutanés pour les hémocultures résumées et La teinture d’iode et le CHG nécessitent environ exercer un effet antiseptique par rapport à – minutes pour les préparations de povidone-iode Le CHG n’est pas recommandé chez les nourrissons âgés de moins de moisLes cultures de sang contaminées par la flore cutanée sont fréquentes, mais les taux de contamination ne doivent pas dépasser% procédures pour abréger le traitement et la déclaration des contaminants communs d’hémoculture, par exemple staphylocoques à coagulase négative, streptocoques du groupe des viridans, diphtéroïdes, espèces de Bacillus autres que B anthracis Ces procédures peuvent inclure l’identification abrégée de l’organisme, l’absence de tests de sensibilité et commentaire qui demande au clinicien de contacter le Si les résultats de la culture sont jugés cliniquement significatifs et nécessitent des résultats d’analyse et de susceptibilité supplémentaires, les médecins doivent s’attendre à être appelés et notifiés par le laboratoire chaque fois qu’une hémoculture devient positive parce que ces spécimens représentent souvent des infections potentiellement mortelles. Ne pas être averti pendant des périodes précises, le médecin doit prendre des dispositions pour qu’un professionnel de la santé délégué reçoive l’appel et relaie le rapport. Points clés pour le diagnostic de bactériémie / fongémie en laboratoire: • Le volume de sang prélevé est le plus important. • Désinfecter le site de ponction veineuse avec de la chlorhexidine ou de la teinture d’iode% chez les adultes et les enfants. mois de chlorhexidine NON recommandé pour les enfants & lt; mois • Prélever du sang pour la culture avant d’initier un traitement antimicrobien • Les hémocultures à cathéter présentent un risque plus élevé de contamination faux positifs • Ne pas soumettre les pointes de cathéter à culture sans hémoculture obtenue par ponction veineuse • Ne jamais réfrigérer le sang avant l’incubation • Utilisation a – ensemble de culture de sang pour adultes, au moins un aérobique et un anaérobique; Utilisation – Bouteilles aérobies pour les enfants • Streptococcus pneumoniae et certains autres organismes Gram positif peuvent se développer mieux dans la bouteille anaérobie

B Infections associées aux cathéters vasculaires

Le diagnostic des bactériémies associées aux cathéters est souvent celui de l’exclusion, et il n’existe pas de norme microbiologique pour le diagnostic. Bien qu’un certain nombre de méthodes microbiologiques différentes aient été décrites, les données disponibles ne permettent pas de tirer de conclusions définitives Ces différentes techniques de diagnostic Fondamental au diagnostic de BSI associé à un cathéter est la documentation de la bactériémie La signification clinique d’une culture positive d’un segment de cathéter à demeure ou d’un bout en l’absence de cultures sanguines positives est inconnue. que l’infection est causée par le cathéter Ceci nécessite habituellement l’exclusion d’autres foyers primaires potentiels pour le BSIN. De nombreuses techniques de diagnostic pour les cultures de cathéters ont été décrites et peuvent fournir une preuve supplémentaire de BSI associé au cathéter; Cependant, tous ont des pièges potentiels qui rendent l’interprétation des résultats problématique. La culture de routine des cathéters IV intraveineux au moment de l’ablation du cathéter n’a aucune valeur clinique et ne devrait pas être effectuée Bien que non réalisée dans la plupart des laboratoires, Temps de positivité non effectué systématiquement dans la plupart des laboratoires: hémocultures standard obtenues en même temps, une du cathéter ou du port et une de la ponction veineuse périphérique, traitées dans un système d’hémoculture continue. Si les deux BC développent le même organisme et le La CB obtenue à partir du dispositif devient positive plus de quelques heures avant le BC tiré par ponction veineuse, il y a une forte probabilité de BSI associé au cathéter Quantitative BCs non effectuée systématiquement dans la plupart des laboratoires: une par cathéter ou port et une par ponction veineuse périphérique en même temps en utilisant la méthode de lyse-centrifugation Isolator ou la méthode de la plaque de coulée Si les deux BC cultivent le même organisme et le BC tirée de l’appareil a -plus d’organismes que le BC tiré par ponction veineuse, il y a une forte probabilité de BSI cathéter-associé cathéter pointe ou cultures de segments: La méthode semi-quantitative de Maki et al est utilisée le plus souvent; l’interprétation nécessite une hémoculture périphérique. Cependant, une technique méticuleuse est nécessaire pour réduire la contamination et obtenir la bonne longueur cm de l’extrémité distale du cathéter. Cette méthode ne détecte que les organismes colonisant l’extérieur du cathéter, qui est enroulé sur une plaque d’agar. le nombre de colonies est compté; Les modifications de la méthode Maki ont été décrites comme ayant des méthodes qui utilisent le vortex de la pointe du cathéter ou une brosse endoluminale non effectuée régulièrement dans la plupart des laboratoires. La formation de biofilms sur les embouts de cathéter empêche la thérapie antimicrobienne des agents de nettoyage dans le biofilm, nécessitant ainsi l’élimination du cathéter pour éliminer les organismes

Anévrysmes mycotiques infectés et greffes vasculaires

Les anévrysmes mycotiques infectés et les infections des greffes vasculaires peuvent entraîner des hémocultures positives. Le diagnostic définitif nécessite une visualisation microscopique et / ou une récupération en culture des agents étiologiques à partir d’une biopsie ou d’une greffe représentative. Tableau I-

Tableau I – Méthodes de laboratoire pour le diagnostic des anévrismes infectés et des greffes vasculaires Agents étiologiques Procédures diagnostiques Échantillons optimaux Problèmes de transport Temps de transport optimal Bactéries Tache de Gram Biopsie de lésion ou matériau de greffe réséquéa Conteneur stérile, RT, immédiatement Culture bactérienne aérobieb Cultures de sang voir IA ci-dessus Champignons Calcofluor Taches de KOH Culture fongique Biopsie de lésion ou matériel de greffe réséqué Conteneur stérile, RT, h Cultures sanguines voir IA ci-dessus Agents étiologiques Procédures diagnostiques Échantillons optimaux Problèmes de transport Temps de transport optimal Bactéries Gram tache Biopsie de lésion ou matériau de greffe réséquéa Récipient stérile, RT, immédiatement Culture bactérienne aérobieb Cultures sanguines voir IA ci-dessus Champignon Calcofluor-KOH stème Culture fongique Biopsie de lésion ou matériel de greffe réséquéa Récipient stérile, RT, h Cultures de sang voir IA ci-dessus Abréviations: KOH, hydroxyde de potassium; RT, room temperaturea Les échantillons de tissus ou une partie du matériel de greffe sont toujours supérieurs aux échantillons des sites infectés, même s’ils sont recueillis en utilisant une technique stérile pendant la chirurgieb. Si des bactéries aérobies sont soupçonnées, les cultures doivent être aérobies. culture bactérienne anaérobie La teinture Calcofluor est une coloration fluorescente qui nécessite un équipement de microscopie spécial et peut ne pas être disponible dans toutes les installations.

D Péricardite et Myocardite

De nombreux virus, bactéries, rickettsies, champignons et parasites ont été impliqués comme agents étiologiques de la péricardite et de la myocardite. Chez de nombreux patients atteints de péricardite et chez l’écrasante majorité des patients atteints de myocardite, aucun diagnostic étiologique n’est posé et les patients sont traités empiriquement. Quand il est cliniquement important de définir la cause spécifique de l’infection, un diagnostic microbiologique doit être poursuivi agressivement Malheureusement, cependant, les ressources diagnostiques disponibles sont assez limitées, et il n’y a pas de directives de diagnostic fermes qui peuvent être données. Les pathogènes importants sont énumérés dans le tableau I ci-dessous. Lorsqu’un diagnostic microbiologique d’agents étiologiques moins courants est nécessaire, en particulier lorsque des techniques ou méthodes spécialisées sont nécessaires, une consultation avec le directeur du laboratoire doit être entreprise. agents étiologiques d manifestations de la maladie

Tableau I – Diagnostic en laboratoire de la péricardite et de la myocardite Agents étiologiques Procédures diagnostiques Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactéries Gram Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Récipient stérile ou flacon hématopoïétique Flacon péricardique seulement RT, immédiatement Culture bactérienne aérobieb Cultures sanguines voir Ia ci-dessus Champignon Calcofluor-KOH Coloration fongique Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Récipient stérile, RT, h Sang cultures voir IA ci-dessus Mycobactéries frottis rapide Acide liquide péricardique ou biopsie du péricarde Conteneur stérile, RT, h culture AFB hémocultures voir IA ci-dessus virus Coxsackie B virus Coxsackie A Sérologie spécifique au virus Sérums aigus et convalescents Caillot, RT, h virus de l’échovirus TAAN spécifique peut être le premier choix si le test est disponible Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Conteneur fermé, RT, h Poliovirus Adénovirus Culture de culture virale non productive pour tous les types de virus Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Transport du virus sur glace Immédiatement VIH Virus des oreillons Histopathologique examen Grippe péricardique id ou biopsie du péricarde Position dans le formol et le transport de laboratoire d’histopathologie pour le traitement du cytomégalovirus autres virus Parasitesd Trypanosoma cruzi sérologie Parasite spécifiques-aiguë et les sérums convalescents tube Clot, RT, h Trichinella spiralis sang smearse ml de tube EDTA de sang périphérique, RT Toxoplasma gondii histopathologique Examen Biopsie endomyocardique ou spécimen chirurgical Une consultation avec le laboratoire est recommandée Toxoplasme NAAT Pour l’histopathologie, placer dans du formol et le transporter au laboratoire d’histopathologie pour le traitement Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactéries Gram Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Récipient stérile ou flacon hématopoïétique Flacon péricardique seulement RT, immédiatement Culture bactérienne aérobieb Cultures sanguines voir Ia ci-dessus Champignon Calcofluor-KOH Coloration fongique Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Récipient stérile, RT, h Sang cultures voir IA ci-dessus Mycobactéries frottis rapide Acide liquide péricardique ou biopsie du péricarde Conteneur stérile, RT, h culture AFB hémocultures voir IA ci-dessus virus Coxsackie B virus Coxsackie A Sérologie spécifique au virus Sérums aigus et convalescents Caillot, RT, h virus de l’échovirus TAAN spécifique peut être le premier choix si le test est disponible Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Conteneur fermé, RT, h Poliovirus Adénovirus Culture de culture virale non productive pour tous les types de virus Liquide péricardique ou biopsie du péricarde Transport du virus sur glace Immédiatement VIH Virus des oreillons Histopathologique examen Grippe péricardique id ou biopsie du péricarde Position dans le formol et le transport de laboratoire d’histopathologie pour le traitement du cytomégalovirus autres virus Parasitesd Trypanosoma cruzi sérologie Parasite spécifiques-aiguë et les sérums convalescents tube Clot, RT, h Trichinella spiralis sang smearse ml de tube EDTA de sang périphérique, RT Toxoplasma gondii histopathologique Examen Biopsie endomyocardique ou spécimen chirurgical Consultation du laboratoire recommandée Toxoplasma NAAT Pour l’histopathologie, placer dans du formol et transporter au laboratoire d’histopathologie pour traitement Abréviations: BAAR, bacille acido-résistant; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, chambre Températurea autres causes infectieuses de la péricardite et la myocardite comprennent rickettsies R rickettsii, C burnetii, chlamydiae, B burgdorferi, T pallidum, Nocardia spp, T whipplei, L pneumophila, Actinomyces spp, E histolytica, Ehrlichia spp, T canis, Schistosoma, et Mycoplasma sppb Si des bactéries aérobies sont soupçonnées Si des bactéries anaérobies sont soupçonnées, la culture devrait être constituée à la fois d’une culture aérobie et anaérobie de routine. Le tissu péricardique est supérieur au liquide péricardique pour la culture de Mycobacterium sppd. ou T spiralis sont suspectés, consulter CDC Service de consultation parasitaire http: // dpdcdcgov / dpdx / HTML / Contactushtme Les frottis sanguins peuvent être utiles dans la détection d’une infection causée par Trypanosoma sppView Large

II SYSTÈME NERVEUX CENTRAL INFECTIONS DU SNC

Dans cette section, les infections sont classées comme suit: méningite, encéphalite, infections focales du parenchyme cérébral, infections du système nerveux central, empyème sous-dural, péridurale. abcès, et thrombophlébite intracrânienne suppurée. Les organismes pénètrent habituellement dans le système nerveux central en traversant une barrière muqueuse dans la circulation sanguine suivie de la pénétration de la barrière hémato-encéphalique. Autres voies d’infection: extension directe d’une structure contiguë, mouvement le long des nerfs Le premier tube présente le potentiel le plus élevé de contamination par la flore cutanée et ne doit pas être envoyé au laboratoire de microbiologie pour des frottis directs, des cultures ou des études moléculaires. CSF devrait être envoyé à le laboratoire de microbiologie dans un récipient stérile pour tests bactériens Des volumes plus importants – mL augmentent la sensibilité de la culture et sont nécessaires pour la récupération optimale des mycobactéries et des champignons Lorsque le volume de l’échantillon est inférieur à celui requis pour plusieurs demandes de test, Dans la mesure du possible, des échantillons de culture doivent être obtenus avant le début du traitement antimicrobien.CSF Les colorants de Gram doivent être préparés après la cytocentrifugation et les résultats positifs immédiatement signalés au soignant. La plupart des laboratoires de microbiologie clinique n’effectuent pas tous les tests énumérés dans les tableaux. Cela est particulièrement vrai pour les tests sérologiques et de nombreux tests de diagnostic moléculaire. Les TAAN de la plupart des agents ne sont pas disponibles dans le commerce. Sensibilité et spécificités Le diagnostic sérologique repose sur l’indice d’anticorps sérique du LCR, l’augmentation du titre IgG de l’immunoglobuline G aiguë ou convalescente ou une IgM immunoglobuline M positive simple. La détection d’anticorps dans le LCR peut indiquer une infection du SNC, une contamination sanguine ou un transfert de Anticorps à travers la barrière hémato-encéphalique La soumission des jours aigus après l’apparition des symptômes et des semaines de convalescence après les échantillons sériques aigus est recommandée. Le sérum doit être séparé des globules rouges dès que possible. Points clés pour le diagnostic de laboratoire des infections du système nerveux central: • Prévenir le laboratoire de microbiologie si des organismes inhabituels sont possibles tels que Nocardia, champignons, mycobactéries, etc., pour lesquels des procédures spéciales sont nécessaires. • Ne pas réfrigérer le liquide céphalo-rachidien • Tenter de ct autant d’échantillon que possible pour plusieurs études minimum recommandé est mL; prioriser plusieurs demandes de test sur des échantillons de petit volume

Une méningite

Les agents étiologiques les plus courants de la méningite aiguë sont les entérovirus, principalement les échovirus et les coxsackievirus, et les bactéries Streptococcus pneumoniae et Neisseria meningitidis; Tableau II – L’âge du patient et d’autres facteurs, tels que le statut immunitaire, la neurochirurgie post-traumatique et les traumatismes, sont associés à des pathogènes bactériens spécifiques

confirmation du test non validée pour le liquide céphalo-rachidien CSF Conteneur fermé, RT, h B burgdorferi TAAN faible sensibilité Liquide céphalo-rachidien Conteneur fermé, RT, h Espèces de Leptospira Milieu spécial de Leptospira requis; rarement disponible dans les laboratoires de routine st semaine de maladie: liquide céphalo-rachidien, ml de sang récipient stérile, héparine ou citrate tube de sang, RT, immédiatement après la semaine de maladie: ml urinaire neutralisé récipient stérile, RT, immédiatement anticorps Leptospira, test d’agglutination microscopique mL sérum Tube de caillot, RT, h Cryptococcus neoformans fongiques, Cryptococcus gattii Cryptococcus antigène test Liquide céphalo-rachidien Conteneur fermé, RT, h Gram tache Liquide céphalorachidien Conteneur stérile, RT, h Culture bactérienne aérobie croissance plus rapide sur gélose au sang Culture fongique Coccidioides speciesc Coccidioides anticorps, complément fixation et immunodiffusionc Liquide céphalorachidien et / ou mL de sérum Conteneur fermé ou tube de caillot sang, RT, h Calcofluor tache Liquide céphalorachidien Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Parasitic Acanthamoeba spp Voir Tableau II- – Encéphalite Naegleria fowleri Entérovirus viraux non polio Enterovirus NAAT Cerebros liquide pinal Conteneur fermé, RT, h Parechovirus Parechovirus NAAT Liquide céphalo-rachidien Conteneur fermé, RT, h Virus herpès simplex HSV HSV et NAAT Liquide céphalorachidien Conteneur fermé, RT, h Virus varicella zona VZV VZV NAAT Liquide céphalo-rachidien Conteneur fermé, RT, h Chorioméningite lymphocytaire virus LCM LCM anticorps, IgM et IgG, IFA liquide céphalo-rachidien et / ou mL sérum Conteneur fermé ou sang de caillot, RT, h virus des oreillons Anticorps virus des oreillons, IgM et IgG liquide céphalorachidien et / ou mL sérum Conteneur fermé ou sang de caillot, RT, h Culture d’oreillons et oreillons NAAT Liquide céphalo-rachidien, urine, écouvillon buccal Récipient stérile, sur glace, immédiatement Dispositif de transport viral, sur glace, immédiatement Virus de l’immunodéficience humaine VIH d Abréviations: BAAR, bacille acido-résistant; LCR, liquide céphalo-rachidien; EIA, immunodosage enzymatique; FTA, anticorps tréponémiques fluorescents; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; HSV, virus de l’herpès simplex; IFA, anticorps fluorescent indirect; IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; LCM, virus de la chorioméningite lymphocytaire; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RPR, rapid reagin de plasma; RT, température ambiante; TP-PA, T agglutination de particules pallidum; VDRL, Laboratoire de recherche sur les maladies vénériennes; VZV, varicella zoster virusa Des colorations de Gram peuvent être effectuées sur des échantillons non centrifugés lorsque le LCR est visiblement turbide. Un résultat négatif n’exclut pas M tuberculosisc La fixation du complément sur le LCR est un test optimal; Le diagnostic de méningite aiguë due au VIH, une affection qui survient souvent au cours des premiers stades du syndrome rétroviral du VIH, est mieux établi sur la base de résultats compatibles avec le LCR, à savoir une légère lymphocytose du LCR. avec un taux de protéine du LCR modérément élevé et un taux de glucose normal combiné avec une preuve définitive d’infection récente par le VIH, voir la section XIV – SYNDROMES VIRAUX; Diagnostic du VIHView LargeLe test moléculaire a remplacé la culture virale pour le diagnostic de méningite entérovirale, mais n’est pas systématiquement disponible pour la détection des bactéries dans le LCR. La sensibilité de la coloration de Gram pour le diagnostic de méningite bactérienne est de% -% chez les patients non antimicrobiens Le test d’antigène bactérien sur le LCR n’est pas recommandé mais peut avoir une certaine valeur chez les patients ayant reçu un traitement avant la collecte des échantillons avec une coloration de Gram négative et des résultats de culture négatifs chez les patients suspectés d’être méningite bactérienne, au moins – hémocultures doivent être effectuées, mais le traitement ne doit pas être retardéOrganismes susceptibles de provoquer des symptômes chroniques de méningite ≥ semaines comprennent Mycobacterium tuberculosis, champignons et spirochètes Tableau II- Parce que la sensibilité des tests d’amplification des acides nucléiques NAAT pour M tuberculose dans les spécimens non respiratoires peuvent être pauvres, la culture doit également être demandée [ La sensibilité déclarée de la culture pour le diagnostic de la méningite tuberculeuse est de% -% Les rendements les plus élevés pour le bacille acido-résistant et la culture de BAAR se produisent lorsque de grands volumes ≥ mL de LCR sont utilisés pour effectuer le test. Ce test est le plus sensible lorsqu’il est effectué sur le LCR plutôt que sur le sérum. La sensibilité et la spécificité des tests d’antigène cryptococcique sont de & gt;%, mais faussement négatifs. Le test de fixation du complément sur le LCR est recommandé pour le diagnostic de la méningite coccidioïde car le frottis et la culture fongiques directs sont souvent négatifs. La détection des anticorps Coccidioides dans le LCR par immunodiffusion a une spécificité plus faible. que la fixation du complément

B Encéphalite

L’encéphalite est une infection du parenchyme cérébral causant une altération de l’état mental, des troubles du comportement ou de la parole, des déficits sensoriels ou moteurs Malgré les progrès de la technologie moléculaire pour le diagnostic des infections du SNC, l’agent étiologique de l’encéphalite ne peut souvent pas être identifié. identifié un agent étiologique défini ou probable pour seulement% des patients immunocompétents enrôlés parmi% viraux,% bactériens,% prion,% parasitaires,% fongiques; une cause possible a été identifiée pour un% supplémentaire de patients Statut immunitaire, voyage et autres antécédents d’exposition insectes, animaux, eau, sexe devraient guider les tests Les guides de pratique IDSA fournissent une liste détaillée des facteurs de risque associés aux agents étiologiques spécifiques le diagnostic d’une cause virale spécifique est généralement basé sur des tests effectués sur le LCR, des tests sur des spécimens prélevés sur d’autres sites peuvent être utiles. Le virus le plus souvent identifié comme causant l’encéphalite est HSV- HSV- La sensibilité et la spécificité du TAAN pour L’encéphalite à HSV est de & gt;%; HSV est cultivé à partir du LCR dans <% des cas La sensibilité du TAAN sur le LCR pour l'encéphalite à entérovirus est>% et la sensibilité de la culture est de% -% de récupération de la gorge ou des selles est une preuve étiologique circonstancielle. les caractéristiques de performance des tests moléculaires pour d’autres causes d’encéphalite virale ne sont pas bien établies, la sérologie et les tests moléculaires répétés peuvent être nécessaires. Tableau II-

B burgdorferi, T pallidum, Leptospira spp Voir Tableau II- – Méningite fongique Cryptococcus neoformans, Cryptococcus gattii Cryptococcus antigène test Liquide céphalo-rachidien, mL sérum Conteneur fermé, sang de caillot, RT, h Gram tache liquide céphalorachidien Conteneur stérile, RT, h bactérie aérobie Culture Culture fongique Espèce de Coccidioides Anticorps de Coccidioides, immunodiffusion et fixation du complément Liquide céphalo-rachidien et / ou mL de sérum Conteneur fermé ou sang de caillot sanguin, RT, h Tache de Calcofluor Liquide céphalorachidien, autres sites Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Examen histologique Tissu ou formol Tissu fixe Récipient stérile, RT, h ou formaldéhyde, indéfini Acanthamoeba spp. Parasite microscopique Liquide céphalo-rachidien Récipient fermé, RT, Naegleria fowleri Coloration de Giemsa Histologie Trichrome tache Liquide céphalorachidien, tissu cérébral Conteneur fermé, RT, h Culture Liquide cérébrospinal, tissu cérébral Récipient stérile, RT, h Acanthamoeba anticorps IFAi mL sérum Tube du caillot, RT, h Acanthamoeba IIF coloration du tissu cérébral Conteneur fermé, RT, h Histologie trichrome tache Tissu du cerveau Conteneur fermé, RT, h Balamuthia mandrillaris Balamuthia anticorps, IFAi mL sérum Tube du clot, RT, h Balamuthia IIF stainingi Brain tissue Conteneur fermé, RT, h Baylisascaris procyonisj B anticorps procyonis Liquide céphalo-rachidien et / ou mL de sérum Conteneur fermé ou sang de caillot, RT, h Trypanosoma brucei spp Coloration de Giemsa Liquide céphalorachidien, tissu cérébral Conteneur fermé, RT, h Sang Tube EDTA, RT, h Toxoplasma gondii Toxoplasme NAAT Liquide céphalorachidien, mL de sérum, plasma Conteneur fermé, sang de caillot, sang de tube EDTA, RT, h Toxoplasme, IgM et IgGk Liquide céphalo-rachidien et / ou mL de sérum , RT, h Giemsa tache, histologie liquide céphalorachidien, tissu cérébral Conteneur fermé, RT, h Prion Creutzfeldt-Jakob Diseasel – protéine Cerebrospinal fluid Conteneur fermé, RT, h Enolase spécifique au neurone NSE Liquide céphalo-rachidien Conteneur fermé, RT, h Histologie systématique, immuno-coloration de la protéine prion Tissu cérébral fixé au formol Contact pathologiste chirurgical avant la collecte de Western blot pour la protéine prion congelée pathologie chirurgicale de contact avant la collecte de tissuem Séquençage du gène PrP Sang, autres tissus Tube EDTA, récipient fermé, RT, h Abréviations: CF, fixation du complément; CMV, cytomégalovirus; DFA, anticorps fluorescent direct; EBV, virus d’Epstein-Barr; HHV-, virus de l’herpès humain; HSV, virus de l’herpès simplex; IFA, anticorps fluorescent indirect; IHC, méthode de coloration immunohistochimique; IIF, anticorps immunofluorescent indirect; IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; LCM, virus de la chorioméningite lymphocytaire; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RMSF, fièvre pourprée des Rocheuses; RT, température ambiante; VCA, antigène de capside virale; VZV, virus varicelle-zona; Le virus WNV, l’anticorps anti-WNV du virus du Nil occidental peut persister pour & gt; mois Des faux positifs peuvent survenir avec une immunisation récente Encéphalite japonaise, fièvre jaune ou autre infection à flavivirus dengue, encéphalite de St Louis b La sensibilité du VNO au test de NAAT chez l’hôte immunocompétent est de ȁ La virémie persistante chez les hôtes immunodéprimés sans réponse sérologique peut améliorer la sensibilité au VNO-NAATc virus de l’encéphalite équine, équidés occidentaux, encéphalite de St Louis et Californie Détection de l’ADN du VZV dans le LCR environ% des cas, CSF IgM ou synthèse intrathécale d’anticorps distingue la méningoencéphalite du processus post-infectieux, à médiation immunitaire e TAE quantitatif EBAT peut aider à distinguer le virus vrai positif du virus latent f Maladie congénitale chez les nouveau-nés et réactivation chez les hôtes immunocompromis Faux positifs CSF CMV Résultats NAAT ont été rapportés chez des patients immunocompétents bactériens méningite g Chez les patients VIH, la détection de l’ADN du CMV dans le LCR a% -% sensibilité et% – spécificité pour le diagnostic de l’infection par le CMV CMV h Contacter le service de santé publique de l’État pour organiser les tests; Les questions concernant les techniques d’échantillonnage et d’expédition peuvent être adressées à la section sur la rage au CDC – disponible au Département des services de santé de l’État de Californie et aux centres de contrôle et de prévention des maladies. disponible au Département de Pathobiologie Vétérinaire, Université Purdue West Lafayette, IN; phone -k Renvoyer l’IgM positive au Laboratoire de sérologie Toxoplasma à Palo Alto, CA pour les tests de confirmation http: // wwwpamforg / sérologie / L’absence de sérum IgM ou IgG n’exclut pas l’infection Toxoplasma% des patients atteints du SIDA atteints d’encéphalite Toxoplasma manquent d’IgG; IgM est rarement détectée l Test disponible au Centre national de surveillance des pathologies des prions NPDPSC http: // wwwcjdsurveillancecom La – protéine a une spécificité limitée pour la maladie des prions La conformité aux protocoles appropriés de contrôle des infections est essentielle.

C Infections focales du parenchyme cérébral

Les infections focales du parenchyme cérébral commencent par une cérébrite, puis progressent vers une nécrose entourée d’une capsule fibreuse. Il existe de larges catégories de pathogénie: otite moyenne contiguë, sinusite, mastoïdite et infection dentaire, traumatisme, complication neurochirurgicale ou propagation hématogène d’un site distant d’infection peau, pulmonaire, pelvienne, intraabdominale, œsophagienne, endocardite Un abcès cérébral chez un hôte immunocompétent est habituellement causé par des bactéries Tableau II- Un éventail plus large d’organismes est rencontré chez les individus immunodéprimés

h M tuberculose NAATa Aspirat, tissu Conteneur fermé, RT, h Fungal Candida spp Calcofluor colorant Cryptococcus spp Culture fongique Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Récipient stérile, RT, h Aspergillus spp Histologie GMS tache Tissu Récipient fermé, RT, h Zygomycètes Rhizopus, Mucor sp Mucicarmine tache pour Cryptococcus Scedosporium apiospermum Trichosporon spp Trichoderma spp Moisissures dématiacées Cladophylophora bantiana, Bipolaris spp, Exophiala spp Champignons dimorphiques endémiques Parasitic Toxoplasma gondii Toxoplasme NAAT Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Toxoplasme anticorps, IgM et IgGb mL sérum Caillot tube, RT, h coloration de Giemsa Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Histologie Formaline, indéfini Taenia solium neurocysticercose T anticorps de solium, IgG, ELISA, confirmatoire Western blotc mL sérum Tube de clot, RT, h Histologyd Brain tissue Conteneur fermé , RT, h Formaline, indéfini e Acanthamoeba spp Support microscopique humide Aspiration du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Coloration de Giemsa Histologie trichrome tache Aspiration du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Culture Aspiration du contenu de l’abcès, tissu Conteneur stérile, RT, h Acanthamoeba anticorps , IFAe mL sérum Tube de caillot, RT, h Acanthamoeba IIF coloration Tissu de cerveau Conteneur fermé, RT, h Balamuthia mandrillaris Histologie trichrome tache Brain tissue Conteneur fermé, RT, h Formaline, anticorps indéfini de Balamuthia, IFAe mL sérum Tube de clot, RT, h Balamuthia IIF staininge Brain tissue Conteneur fermé, RT, h Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Aérobes bactériens: Streptococcus, Staphylococcus, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Haemophilus, Listeria spp Gram tache Aspiration du contenu de l’abcès, tissu Réservoir anaérobie stérile, RT, immédiatement Anaérobies: Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella, Actinomyces, Clostridium, Propionibacterium spp Aérobie et anaérobie culture bactérienne La culture de Propionibacterium devrait être maintenue jusqu’à d Nocardia spp Gram tache, tache rapide acide modifiée Aspirate de contenu d’abcès, tissu Conteneur stérile, RT, immédiatement culture bactérienne aérobie hold d; ajouter de l’extrait de levure de charbon de bois tamponné [BCYE] gélose Histologie Gomori Methenamine Silver [GMS], coloration de Gram Tissu Conteneur fermé, RT, h Mycobacterium tuberculosis AFB frottis Aspirate de l’abcès contenu sans écouvillons, tissu Conteneur stérile, RT, h culture AFB Histologie AFB tache Tissue Conteneur fermé, RT, h M tuberculose NAATa Aspirat, tissu Conteneur fermé, RT, h Fungal Candida spp Calcofluor colorant Cryptococcus spp Culture fongique Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Récipient stérile, RT, h Aspergillus spp Histologie GMS tache Tissu Récipient fermé, RT, Zygomycètes Rhizopus, Mucor sp Mucicarmine tache pour Cryptococcus Scedosporium apiospermum Trichosporon spp Trichoderma spp Demi-formes démyacées Cladiophialophora bantiana, Bipolaris spp, Exophiala spp Champignons dimorphiques endémiques Parasitic Toxoplasma gondii Toxoplasme NAAT Aspirate du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Toxoplasma anticorps, IgM et IgGb mL sérum Clot tube, RT, h coloration de Giemsa Aspiration du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Histologie Formaline, indéfini Taenia solium neurocysticercose T anticorps du solium, IgG, ELISA, confirmation Western blotc ml sérum Tube du caillot, RT, h Histologyd Tissu cérébral Conteneur fermé, RT , Forminal, indéfini Acanthamoeba spp Microscopic wet mount Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Giemsa tache Histologie trichrome tache Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Conteneur fermé, RT, h Culture Aspirat du contenu de l’abcès, tissu Conteneur stérile, RT Anticorps Acanthamoeba, IFAe mL sérum Tube de Clot, RT, h Acanthamoeba IIF coloration Tissu du cerveau Conteneur fermé, RT, h Balamuthia mandrillaris Histologie trichrome tache Tissu cérébral Conteneur fermé, RT, h Formaline, anticorps indéfini de Balamuthia, IFAe mL sérum Tube de caillot, RT, h Balamuthia IIF staininge Brain tissue Conteneur fermé, RT, h Abréviations: AFB, acid fast bac illus; IFA, anticorps fluorescent indirect; IIF, anticorps immunofluorescent indirect; IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Un résultat négatif n’exclut pas M tuberculosisb Renvoyer l’IgM positive au Toxoplasma Serology Laboratory à Palo Alto, CA, pour un test de confirmation http: // wwwpamforg / sérologie / L’absence d’IgM ou d’IgG n’exclut pas l’infection Toxoplasma c Seulement% de sensibilité si le patient a une lésion parenchymateuse isolée ; Potentiel de résultats ELISA faussement positifs en raison de la réactivité croisée avec Echinococcusd Diagnostic habituellement basé sur la présentation clinique, la neuroimagerie et la sérologie Les procédures invasives sont rarement demandées Biopsie cérébrale requisee Disponible au département de santé de l’État de Californie et aux Centers for Disease Control and Prevention ] Voir grand

D Infections par shunt du système nerveux central

Shunts sont placés pour détourner le liquide céphalo-rachidien pour le traitement de l’hydrocéphalie La partie proximale est placée dans un ventricule cérébral, kyste intracrânienne, ou la région lombaire espace sous-arachnoïdien La partie distale peut être intériorisé péritonéale, vasculaire, ou pleurale espace ou externalisé Au total,% – Le pourcentage de shunts est infecté. Tableau II – Les voies potentielles d’infection par shunt comprennent la contamination au moment de la mise en place, la contamination de la partie distale rétrograde, la rupture de la peau sur le shunt et l’ensemencement hématogène. shunt ventriculo-auriculaire vasculaire La plupart des infections shunt du système nerveux central sont causées par des bactéries Les champignons sont plus susceptibles de provoquer des infections shunt chez les patients immunodéprimés et ceux recevant une nutrition parentérale totale, des stéroïdes ou des antibiotiques à large spectre

Tableau II – Diagnostic en laboratoire des infections par shunt du système nerveux central Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Organisme bactérien ou mixte Aérobes: Staphylococcus, Streptococcus, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Acinetobacter, Corynebacterium spp Tache de Gram Liquide céphalorachidien Conteneur stérile, anaérobie, RT, immédiatement Anaérobies: Propionibacterium acnes Culture bactérienne aérobie et anaérobie pour P acnes Mycobacterium spp rare Frottis de BAAR Liquide céphalo-rachidien ≥ mL Récipient stérile, RT, h Culture de BAARF Candida Candida spp, autres champignons Tache de Calcofluor Liquide Cérébrospinal Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Organisme bactérien ou mixte Aérobes: Staphylococcus, Streptococcus, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Acinetobacter, Corynebacterium spp Tache de Gram Liquide céphalorachidien Conteneur stérile, anaérobie, RT, immédiatement Anaérobies: Propionibacterium acnes Culture bactérienne aérobie et anaérobie pour P acnes Mycobacterium spp rare Frottis AFB Liquide céphalo-rachidien ≥ mL Récipient stérile, RT, h Culture AFB Fongicide Candida spp, autres champignons Tache de Calcofluor Liquide Cérébrospinal Récipient stérile, RT, h Culture fongique Abréviation: RT, température ambianteVoir Grand

E Empyème sous-dural, Abcès épidural et Thrombophlébite intracrânienne suppurée

L’empyème sous-dural crânien et l’abcès épidural crânien sont des urgences neurochirurgicales qui sont habituellement causées par des bactéries streptocoques, staphylocoques, bacilles gram-négatifs aérobies, anaérobies, souvent polymicrobiens; Tableau II – Les mycobactéries et les champignons sont des causes rares Les conditions prédisposantes incluent la sinusite, l’otite moyenne, la mastoïdite, la neurochirurgie, le traumatisme crânien, l’hématome sous-dural et la méningite.

Tableau II – Diagnostic en laboratoire de l’empyème sous-dural, de l’abcès épidural et de la thrombophlébite suppurative intracrânienne Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Aérobes bactériens: Streptococcus, Enterococcus, Staphylococcus, Enterobacteriaceae, Haemophilus, Pseudomonas spp Gram tache Aspirate de matériel purulent ne jamais utiliser d’écouvillons Stériles, récipient anaérobie, RT, immédiatement Anaérobies: Peptostreptococcus, Veillonella, Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella spp, Propionibacterium acnes Culture bactérienne aérobie et anaérobie Nocardia spp Tache de Gram, colorant acide modifié modifié Aspiration de matière purulente Récipient stérile, RT, immédiatement Culture bactérienne aérobie d; ajouter gélose BCYE Mycobacterium spp AFB frottis Aspirat de matière purulente Conteneur stérile, RT, h Culture AFB M tuberculose NAATa rarement disponible Fongique Candida spp, autres champignons Calcofluor tache Aspirate de matière purulente Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Agents étiologiques Procédures de diagnostic Spécimens optimums Problèmes de transport; Temps de transport optimal Aérobes bactériens: Streptococcus, Enterococcus, Staphylococcus, Enterobacteriaceae, Haemophilus, Pseudomonas spp Gram tache Aspirate de matériel purulent ne jamais utiliser d’écouvillons Stériles, récipient anaérobie, RT, immédiatement Anaérobies: Peptostreptococcus, Veillonella, Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella spp, Propionibacterium acnes Culture bactérienne aérobie et anaérobie Nocardia spp Tache de Gram, colorant acide modifié modifié Aspiration de matière purulente Récipient stérile, RT, immédiatement Culture bactérienne aérobie d; ajouter gélose BCYE Mycobacterium spp AFB frottis Aspirat de matériau purulent Conteneur stérile, RT, h Culture AFB M tuberculose NAATa rarement disponible Fongique Candida spp, autres champignons Calcofluor tache Aspirat de matériau purulent Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Abréviations: AFB, acid fast bacille; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante NAAT négatif pour la tuberculose n’exclut pas M tuberculosisView LargeLa pathogenèse de l’abcès épidural rachidien comprend la peau étendue hématogène, voie urinaire, bouche, mastoïde, infection pulmonaire, ostéomyélite vertébrale à extension directe, discite, traumatisme, ou chirurgie post-opératoire de complication , biopsie, ponction lombaire, anesthésie L’abcès épidural rachidien est habituellement causé par les staphylocoques, les streptocoques, les bacilles gram-négatifs aérobies et les anaérobies. Nocardia spp, mycobactéries et champignons peuvent également causer un abcès épidural rachidien. L’abcès sous-dural est similaire à l’abcès épidural. L’IRM est la procédure diagnostique optimale pour la thrombophlébite suppurative intracrânienne L’agent étiologique peut être récupéré à partir du liquide céphalo-rachidien et des hémocultures Les organismes causaux sont similaires à l’abcès épidural crânien et l’empyème sous-dural crânien La thérapie antimicrobienne empirique est habituellement basée sur la état clinique prédisposant

III INFECTIONS OCULAIRES

Le spectre des infections oculaires peut aller du superficiel, qui peut être traité symptomatiquement ou avec un traitement antimicrobien topique empirique, aux infections menaçant la vue qui nécessitent une intervention chirurgicale agressive et une thérapie antimicrobienne topique et / ou parentérale. Des infections peuvent survenir dans les structures anatomiques environnantes. conjonctivite oculaire, blépharite, canniculite, dacryocystite, cellulite orbitaire et périorbitaire, sur la surface de l’oeil kératite, ou dans le globe oculaire endophtalmie et uvéite / rétinite Les recommandations pour le diagnostic en laboratoire des infections oculaires sont souvent basées sur des études où seulement Des études comparant plusieurs approches diagnostiques pour déterminer les meilleurs moyens de détecter l’étiologie infectieuse de la kératite et de l’endophtalmie sont encore entravées par la petite taille des échantillons. Enfin, un prétraitement fréquent avec les agents antibactériens topiques complique encore le diagnostic de laboratoire de la conjonctivite bactérienne et la kératite Points clés pour le diagnostic de laboratoire des infections oculaires: • Les échantillons doivent être étiquetés avec la source anatomique spécifique, à savoir la conjonctive ou la cornée; La coloration de Gram est utile dans le diagnostic de la conjonctivite, donc deux prélèvements par site peuvent être appropriés; un spécimen apparié de l’œil non infecté peut être utilisé comme «témoin» pour aider à la culture ou à l’interprétation de la coloration de Gram • Les échantillons sur écouvillon sont couramment utilisés mais fournissent un minimum de matériel Consulter le laboratoire concernant les agents suspects La flore cutanée normale n’est généralement pas impliquée dans la conjonctivite

Collecte, traitement et transport de spécimens

Parce que les infections oculaires peuvent impliquer un ou les deux yeux et les étiologies peuvent différer, les cliniciens doivent clairement marquer les échantillons de l’œil qui a été prélevé, en particulier chez les patients qui ont une maladie bilatérale.Collection des échantillons de structures anatomiques entourant l’œil est généralement réalisée – Les spécimens les plus communément collectés proviennent de la conjonctive. Cultures pour bactéries aérobies et détection de Chlamydia et de virus soit par culture, soit par amplification des acides nucléiques. Les TAAN sont les plus couramment pratiqués. L’examen microscopique direct peut être utile pour le diagnostic préliminaire de conjonctivite. Des frottis peuvent être faits pour la coloration de Gram, la coloration au calcofluor pour les champignons et Acanthamoeba, ou l’immunofluorescence directe pour l’infection à Chlamydia trachomatis. Les milieux de transport appropriés doivent être fournis par le laboratoire et disponibles sur le site de collecte. spécimens soumis pour Chlamydia et / ou culture virale ou TAAN Les spécimens destinés aux cultures virales doivent être soumis sur glace, en particulier si le transport des échantillons est prolongé

Tableau III – Diagnostic en laboratoire des infections de la structure péri-oculaire / Conjonctivite, cellulite orbitaire et péri-orbitaire, infections lacrymales et des paupières Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactéries Haemophilus influenzae Taches de Gram Écouvillon conjonctif Écouvillon, RT, Streptococcus pneumoniae Culture bactérienne aérobie Staphylococcus aureus Moraxella catarrhalis et autres espèces Streptococcus pyogenes Escherichia coli Autres entérobactéries Neisseria gonorrhoeae Actinomyces spp Culture bactérienne anaérobique Raclage conjonctival ou biopsie Récipient stérile anaérobie, RT, immédiatement Autres bactéries anaérobies rares cause de canaliculite Chlamydia trachomatis Tache d’anticorps fluorescente directe Ecouvillon conjonctival Écouvillon de virus, RT, h Culture de cellules de Chlamydia NAATa, b Virus Virus de l’herpès simplex HSV HSV NAAT Écouvillon conjonctival Dispositif de transport du virus, RT, h HSV virus de la varicelle et du zona VZV VZV NAAT Écouvillon conjonctival Dispositif de transport du virus, RT, h Culture VZV Adénovirus Adénovirus TAAN Écouvillon conjonctival Dispositif de transport du virus, RT, h Culture de l’adénovirus Virus de l’herpès B c Agents étiologiques Méthodes diagnostiques optimales Spécimens questions de transport; Temps de transport optimal Bactéries Haemophilus influenzae Taches de Gram Écouvillon conjonctif Écouvillon, RT, Streptococcus pneumoniae Culture bactérienne aérobie Staphylococcus aureus Moraxella catarrhalis et autres espèces Streptococcus pyogenes Escherichia coli Autres entérobactéries Neisseria gonorrhoeae Actinomyces spp Culture bactérienne anaérobie Raclage conjonctival ou biopsie Récipient stérile anaérobie, RT, immédiatement Autres bactéries anaérobies rares cause de canaliculite Chlamydia trachomatis Tache d’anticorps fluorescente directe Ecouvillon conjonctival Écouvillon de virus, RT, h Culture de cellules de Chlamydia NAATa, b Virus Virus de l’herpès simplex HSV HSV NAAT Écouvillon conjonctival Dispositif de transport du virus, RT, h HSV virus de la varicelle et du zona VZV VZV NAAT Écouvillon conjonctival Dispositif de transport du virus, RT, h Culture VZV Adénovirus Adénovirus TAAN Écouvillon conjonctival Dispositif de transport du virus, RT, h Culture de l’adénovirus Virus de l’herpès B c Abréviations: RATAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Les TAAN pour la détection de C trachomatis n’ont pas encore été approuvés aux États-Unis pour utilisation avec des échantillons conjonctivaux sur écouvillon. Cependant, certains laboratoires peuvent avoir des TAAN validés pour l’examen des spécimens provenant de patients atteints de conjonctivite. Sensibilité que les culturesb L’utilisation de NAAT pour la détection de C trachomatisis est considérée comme une utilisation «hors label» de ce test. Les laboratoires qui proposent un tel test doivent effectuer la validation interne de ces tests avant d’offrir le TAAN comme test de diagnostic. L’origine des primates nécessite l’utilisation de précautions de biosécurité en laboratoire et les tests sont presque toujours dirigés vers un laboratoire de référence spécialisé. Consulter le laboratoire en cas de suspicion de virus de l’herpès BVoir grandLes spécimens prélevés sur la surface ou le globe oculaire sont presque toujours collectés par des ophtalmologistes Les types d’échantillons comprennent des écouvillons d’ulcères, co La quantité de spécimens est toujours limitée Cette spécimen de limitation oblige le laboratoire à prioriser les procédures en fonction des organismes recherchés, et cela doit toujours être fait après discussion avec l’ophtalmologiste qui recueille des échantillons de sang. le spécimen et le consultant en maladies infectieuses le cas échéant Ceci est particulièrement important car tous les principaux groupes pathogènes – virus, parasites, bactéries, mycobactéries et champignons – peuvent causer une infection oculaire. L’épidémiologie et la présentation clinique sont utilisées pour affiner les organismes recherchés et les tests de laboratoire En raison de la taille limitée des spécimens avec des raclures et des biopsies, le laboratoire et l’ophtalmologiste peuvent accepter d’inoculer ces échantillons sur les supports et de préparer les frottis au chevet du patient. Dans ce cas, le laboratoire doit fournir les médias et les diapositives nécessaires à l’ophtalmologiste. sont stockés dans la clinique ou l’opéra Pour le laboratoire, il est de la responsabilité du laboratoire de s’assurer que ces matériaux ne sont pas périmés. Les aspirateurs de la chambre antérieure ou vitreuse sont les échantillons optimaux pour la détection des bactéries anaérobies et des agents viraux; Les seringues doivent être placées dans un récipient extérieur étanche pour le transport. L’injection du liquide dans un petit flacon stérile fourni par le laboratoire est préférable. Les mêmes principes pour la collecte et le transport des échantillons décrits pour les échantillons conjonctivaux s’appliquent à ces spécimens aussi bien

Une cellulite orbitaire et périorbitaire

La cellulite orbitaire est presque toujours une complication de la sinusite, et les organismes qui y sont associés comprennent Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae non typable, Streptococcus pyogenes, Moraxella spp, bactéries anaérobies, Aspergillus spp, et la zygomycète Periorbital cellulitis survient généralement à la suite de traumatismes localisés ou bactériémie le plus souvent causée par Staphylococcus aureus, S pyogenes, ou S pneumonie Le diagnostic de ces infections est soit basé sur des hémocultures positives ou dans le cas de cellulite orbitaire, culture de matériel de drainage aspiré de la région sous-périostée des sinus

B Infection des paupières et du système lacrymal

La blépharite, la canaliculite et la dacryocystite sont toutes des infections superficielles généralement spontanément résolues. Les organismes associés à ces infections sont principalement des bactéries gram-positives bien que diverses bactéries Gram-négatives, anaérobies et champignons aient toutes été récupérées . Les organismes couramment retrouvés font partie de la microflore cutanée indigène, comme les staphylocoques à coagulase négative et les diphtéroïdes. Il est donc difficile d’attribuer un rôle pathogène à ces organismes dans ces conditions. rarement soumis à un bilan diagnostique Si l’on considère les cultures pour la canaliculite, les concrétions récupérées lors de la compression canaliculaire ou de la canaliculotomie sont recommandées. Les stratégies de diagnostic de ces infections superficielles doivent être similaires à celles de la conjonctivite.

C Conjonctivite

La plupart des cas de conjonctivite sont causés par des bactéries ou des virus typiquement associés aux infections des voies respiratoires supérieures En raison de la présentation clinique distincte de la conjonctivite bactérienne et virale associée à la nature spontanée de ces infections, il est rare que son étiologie soit Lorsque les tests sont demandés, le diagnostic de la conjonctivite bactérienne est souvent compromis par l’utilisation antérieure de la thérapie antibactérienne empirique Les patients sexuellement actifs qui présentent une conjonctivite bactérienne devraient subir un diagnostic agressif avec la coloration de Gram et les cultures en raison de leur Risque de conjonctivite à Neisseria gonorrhoeae Cette infection menaçant la vue peut entraîner une perforation du globe Dans le monde en développement, le trachome, une forme de conjonctivite due à des souches spécifiques de Chlamydia trachomatis, est une cause majeure de cécité, en particulier chez les enfants [ ] L’utilisation hors étiquette de tests commerciaux TAAN est utilisée pour la détection o Certains organismes qui font partie de la microflore indigène de la peau et des muqueuses, comme les staphylocoques à coagulase négative, Corynebacterium spp et les streptocoques viridans, sont généralement considérés comme non pathogènes lorsqu’ils sont récupérés de la muqueuse conjonctivale et sont considérés comme «normaux». flore “Chez les spécimens prélevés à la surface ou à l’intérieur de l’œil, ces organismes et Propionibacterium acnes sont considérés comme pathogènes, en particulier chez les patients post-cataractes ou LASIK . L’adénovirus, agent étiologique de l’œil rose, est hautement transmissible. Il s’agit presque toujours d’un diagnostic clinique, bien qu’à des fins épidémiologiques, la culture ou TAAN puisse être pratiquée La plupart des cas de conjonctivite néonatale sont dus à Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis ou virus de l’herpès simplex NAAT pour N gonorrhoeae et C trachomatis ne sont pas approuvés par la FDA pour ce type d’échantillon, donc la culture ou dans le cas de C trachomatis, test d’immunofluorescence directe, si disponible, peut être utilisé

D Kératite

Les infections cornéennes surviennent généralement dans des populations de patients distinctes: celles ayant un traumatisme oculaire par des objets étrangers, celles présentant des complications postopératoires de la chirurgie cornéenne, et chez les patients qui ont une mauvaise hygiène associée à leurs lentilles de contact prolongées Les herpès virus, y compris le virus de l’herpès simplex et le virus varicelle-zona La kératite post-vaccinale est une complication bien connue de la vaccination vaccinale et doit être envisagée dans un contexte clinique approprié. Il est important de noter que l’utilisation de colorants et d’anesthésiques topiques peut inhiber les réactions de NAAT utilisées pour diagnostiquer la kératite La surface de l’œil doit être soigneusement rincée avec une solution saline non bactériostatique avant d’obtenir des échantillons pour les TAAN Tableau III-

diapositive préparée transportée directement au laboratoire, RT, immédiatement Pseudomonas aeruginosa culture bactérienne aérobie avec l’inoculation au chevet des plaques Propionobacterium acnes Streptococcus pneumoniae Culture anaérobie pour P acnes Raclures cornéennes Placer le deuxième échantillon dans un bouillon anaérobie au chevet fourni par le laboratoire Staphylococcus aureus Serratia marcescens Acinetobacter spp Escherichia coli Enterobacter cloacae Haemophilus influenzae Klebsiella pneumoniae Autres bactéries à Gram négatif Corynebacterium spp Neisseria gonorrhoeae Nocardia sppc Ajouter gélose BCYE pour Nocardia Mycobacterium sppd frottis rapide à l’acide Raclures cornéennes Conteneur stérile, RT, h Culture AFB Fungal Aspergillus spp Calcofluor-KOH staine Raclures cornéennes Plaques inoculées et diapositive préparée transportée directement au laboratoire, RT, immédiatement Fusarium spp Culture fongique avec inoculation au chevet de la plaque Champignons dématiés Virus viral de l’herpès simplex HSV HSV NAAT pour in Diagnostic hépatique Ecouvillon cornéen Dispositif de transport du virus, RT, h HSV Virus Varicelle-Zona VZV VZV NAAT Ecouvillon cornéen Dispositif de transport du virus, RT, h Culture VZV Adénovirus Adénovirus TAAN Ecouvillon cornéen Dispositif de transport viral, RT, h Culture d’adénovirus Parasites Acanthamoeba spp. Coloration de Giemsa Raclures cornéennes Récipient stérile, RT, immédiatement coloration Calcaflour-KOH Culture d’Acanthamoeba avec inoculation au chevet de la plaque de culture Ecouvillon cornéen Plaque inoculée transportée directement au laboratoire, RT, immédiatement Abréviations: AFB, bacille acide rapide; BCYE, extrait de levure de charbon de bois tamponné; KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, room temperaturea La probabilité relative d’une étiologie spécifique dépend de la raison sous-jacente du développement de la kératite. Les plaques de culture, y compris une plaque de gélose au sang de mouton et une gélose au chocolat, doivent être inoculées directement avec la spatule de Kimura au chevet du patient au moment des prélèvements cornéens sont généralement appliqués à la surface de la gélose comme un petit nombre de petits inoculums en forme de C. Si un échantillon suffisant est disponible, un frottis sur une lame de verre peut également être préparé au chevet du patient. Le laboratoire doit être informé lorsque Nocardia spp est suspecté afin que les plaques de culture puissent être incubées pendant des périodes plus longues que la normale, augmentant ainsi les chances de récupération de cet organisme à croissance lente. les médias, tels que l’extrait de levure de charbon de bois tamponné, peuvent améliorer la récupération de Nocardiad Acid fast s Mycobacterium chelonei est une découverte commune dans de tels cas. Au moins une plaque de culture ou une pente contenant un milieu de croissance fongique non sélectif doit être inoculée directement au chevet du patient au moment des raclages cornéens. sont obtenus Si un échantillon suffisant est disponible, un frottis sur une lame de verre peut également être préparé au chevet du patient. Ceci doit être tenté seulement après inoculation des plaques / pentes. Les plaques / pentes inoculées et les lames sont ensuite transportées directement dans la microbiologie. laboratoire Le frottis est coloré au Calcofluor-KOH en laboratoire et examiné pour les éléments fongiques. Un spécimen d’écouvillon cornéen est utilisé pour inoculer une plaque d’agar contenant un milieu non nutritif au chevet du patient puis transporté immédiatement au laboratoire. En laboratoire, la plaque est recouverte avec une pelouse de E coli viable ou un autre membre des Enterobacteriaceae c.-à-d., cocultivation avant l’incubation Alternativement, les plaques ensemencées avec les bactéries sont inoculées avec un peu de matériel de raclage cornéen ou une goutte d’une suspension de l’échantillon raclé dans du sérum stérileVoir les infections cornéennes les plus courantes chez les patients qui utilisent incorrectement leur système de lentilles Parce que ces patients sont généralement traités avec des agents antimicrobiens avant d’obtenir des spécimens pour des cultures bactériennes, certains ophtalmologistes préfèrent cultiver des solutions et des cas de lentilles de contact. Cependant, la culture de ces solutions et cas n’est pas recommandée. Pseudomonas aeruginosa est la cause la plus fréquente de kératite sporadique associée aux lentilles cornéennes, mais des cas de kératite due à la contamination des lentilles de contact ont récemment été rapportés avec Fusarium et Acanthamoeba. Les kératites post-chirurgicales sont souvent dues à la coagulase négative. staphylocoques et P acnes, donc dans ce la mise en place de ces organismes ne doit pas être considérée comme contaminant, mais comme pathogène potentiel La kératite à la suite d’un traumatisme dû à des corps étrangers est souvent causée par des organismes présents dans l’environnement, notamment les bactéries P aeruginosa, Nocardia spp, champignons dématériaux et mycobactéries environnementales

E endophtalmie

L’endophtalmie peut survenir soit par l’introduction exogène d’agents pathogènes dans l’œil à la suite d’un traumatisme ou d’une intervention chirurgicale, soit par l’introduction endogène d’agents pathogènes à travers la barrière hémato-encéphalique. Pour le diagnostic de l’endophtalmie peut être obtenue par aspiration de liquide aqueux ou vitreux ou par biopsie Les quantités de spécimens sont faibles, il faut donc faire preuve de discernement pour déterminer les agents à examiner. L’endophtalmie postopératoire est le plus souvent causée par des gram- organismes positifs avec des staphylocoques à coagulase négative prédominants; L’endophtalmie post-opératoire chronique peut être due à P acnes, donc cet organisme ne doit pas être rejeté comme contaminant Organismes environnementaux tels que les champignons dématiés, Fusarium spp, Bacillus cereus, Nocardia spp, Mycobacterium chelonae et le glucose fermentant gram négatif L’endophtalmie endogène, en raison de son association avec la bactériémie et la fongémie, est généralement causée par les organismes les plus responsables des infections sanguines, par exemple Candida albicans et les espèces apparentées, Aspergillus spp, S aureus, S pneumoniae, les Enterobacteriaceae, en particulier Klebsiella pneumoniae, et Pseudomonas aeruginosa [,,] Les virus et les parasites causent rarement une endophtalmie, comme en cas de traumatisme ou d’immunosuppression sévère, infection due à des agents tels que les virus de l’herpès, Toxoplasma gondii, Toxocara spp., Echinococcus spp et Onchocerca volvulus se produisent et impliquent généralement l’uv ea et rétine Pour plus d’informations sur le diagnostic des infections oculaires causées par Onchocerca volvulus, voir la section XV-C

Escherichia coli Culture anaérobie pour P acnes Placer le deuxième échantillon dans un bouillon anaérobie au chevet fourni par le laboratoire Conteneur anaérobie stérile, RT, immédiatement Enterobacter cloacae Haemophilus influenzae Serratia marcescens Klebsiella pneumoniae Neisseria meningitidis Enterococcus spp Listeria moncytogenes Propionobacterium acnes Corynebacterium spp Nocardia sppc Ajouter gélose BCYE pour Nocardia Mycobactéries Mycobacterium sppd Acid rapide smeare Vitreus aspirer ou biopsie Inoculés slants et frottis sont transportés directement au laboratoiree, RT, immédiatement culture AFB avec inoculation au chevet de l’intestin Fungalf Aspergillus spp Fusarium spp Calcofluor-KOH staing Aspect vitreux ou biopsie plaque inoculée et le frottis sont transportés directement au laboratoireg, RT, immédiatement Champignons dématiés Culture fongique avec inoculation au chevet de la culture Scategosporium spp Candida albicans Candida glabrata Autres Candida spp Agents étiologiques Dia procédures gnostiques Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bacteriala Staphylocoques à coagulase négative Gram stainb Aspect vitreux ou biopsie Plaques inoculées et lames préparées transportées directement au laboratoireb, RT, immédiatement Staphylococcus aureus Culture bactérienne aérobie avec inoculation au chevet des plaquesb Streptococcus agalactiae Viridans streptocoques Bacillus cereus et espèces apparentées Pseudomonas aeruginosa Acinetobacter spp Escherichia coli Culture anaérobie pour P acnes Placer le deuxième échantillon dans un bouillon anaérobie au chevet fourni par le laboratoire Conteneur anaérobie stérile, RT, immédiatement Enterobacter cloacae Haemophilus influenzae Serratia marcescens Klebsiella pneumoniae Neisseria meningitidis Enterococcus spp Listeria moncytogenes Propionobacterium acnes Corynebacterium spp Nocardia sppc Ajouter gélose BCYE pour Nocardia Mycobactéries Mycobacterium sppd Acid rapide smeare Vitreus aspirer ou biopsie Les souches et frottis inoculés sont transportés directement au laboratoire, RT, imme Culture de BAAR avec inoculation de chevauchements de Fungalf Aspergillus spp Fusarium spp Calcofluor-KOH staing Aspect vitreux ou biopsie Les plaques et frottis inoculés sont transportés directement au laboratoireg, RT, immédiatement Champignons dématiés Culture fongique avec inoculation au chevet de la culture Scategosporium spp Candida albicans Candida glabrata Autres Candida spp Abréviations: AFB, bacille acido-résistant; KOH, hydroxyde de potassium; RT, température ambiante Parmi la longue liste des causes bactériennes de l’endophtalmie, Streptococcus agalactiae; Listeria monocytogenes et Neisseria meningitidis surviennent presque exclusivement à la suite d’un ensemencement endogène de l’œil Les autres bactéries répertoriées peuvent causer une endophtalmie secondaire à un traumatisme ou à une intervention chirurgicale ou à un ensemencement hématogène. être inoculé directement au chevet du patient au moment de l’obtention des raclures cornéennes voir tableau. Si un échantillon suffisant est disponible, un frottis sur une lame de verre peut également être préparé au chevet du patient après inoculation des plaques. Le laboratoire doit être averti lorsque Nocardia spp est suspecté afin que des milieux spéciaux puissent être utilisés et que les plaques de culture de routine soient incubées pendant plusieurs jours. La bactérie Mycobacterium spp la plus fréquemment retrouvée dans les infections intraoculaires est M chelonae. presque exclusivement comme une complication de pr ocedurese Des frottis rapides d’acide et des cultures mycobactériennes doivent être effectuées dans toutes les infections post-chirurgicales de l’œil. Une gélose H-agar ou Lowenstein-Jensen doit être inoculée au chevet du patient. Si un échantillon clinique suffisant subsiste, un frottis doit être préparé. incliné et le frottis si préparé doit être transporté directement au laboratoire pour traitement ultérieur Si après l’inoculation d’une pente et la préparation d’un frottis au chevet, il reste encore l’échantillon inutilisé, il doit être transporté dans un récipient stérile immédiatement au laboratoire dans la chambre Parmi les champignons listés, Candida albicans, C glabrata et autres Candida spp provoquent une endophtalmie endogène à la suite d’un ensemencement hématogène de l’œil. Les autres champignons listés provoquent typiquement une infection suite à l’inoculation traumatique de l’œil. Au moins une plaque de culture ou une pente contenant un milieu de croissance fongique non sélectif m devrait être inoculé directement au chevet du patient au moment de l’obtention des raclures cornéennes Si un échantillon suffisant est disponible, un frottis sur une lame de verre peut également être préparé au chevet du patient après l’inoculation des plaques / pentes. si préparé sont ensuite transportés directement au laboratoire de microbiologie Le frottis est coloré au Calcofluor-KOH dans le laboratoire et examiné pour les éléments fongiques

F Uvéite / rétinite

L’inflammation caractéristique de l’uvéite / rétinite est généralement due à des maladies auto-immunes ou est idiopathique Il est rare que l’infection soit presque toujours causée par des microbes endogènes accédant à l’œil par une brèche dans la barrière hémato-encéphalique. comme l’endophtalmie endogène, sont des manifestations localisées d’infections systémiques, le diagnostic de l’étiologie des infections systémiques doit être associé à un examen oculaire attentif effectué de préférence par un ophtalmologiste ayant une expertise spécifique en infectiologie. Toxoplasma gondii, cytomégalovirus, HSV , VZV, Mycobacterium tuberculosis, et Treponema pallidum [, -] T gondii est la cause infectieuse la plus fréquente de la rétinite Le diagnostic est généralement fait sur des bases cliniques supportées par sérologie Dans le monde industrialisé, la présence de T gondii IgG manque de spécificité pour le diagnostic de la toxoplasmose oculaire; par conséquent, la sérologie n’est utile que dans le cas d’une infection aiguë ou lorsque le patient a un examen oculaire pathognomonique de la toxoplasmose, démontrant une rétinochoroïdite dans la majorité des cas. La comparaison des taux d’anticorps intraoculaires dans l’humeur aqueuse Des moyens utiles pour diagnostiquer la toxoplasmose oculaire mais comme l’échantillon nécessaire pour les tests ne peut être obtenu que par une procédure hautement invasive, il est peu probable que cette technique soit utilisée en dehors du cadre de recherche. Les sensibilités des TAAN allant de% à% ont été rapportées chez des patients atteints de rétinite T gondii en fonction de la séquence utilisée et de l’échantillon testé. Il convient de noter que les nombres totaux des échantillons testés dans ces études sont petites, de sorte que la valeur diagnostique de NAAT dans la rétinite T gondii n’est pas Depuis l’avènement du traitement antirétroviral hautement actif HAART, la rétinite à cytomégalovirus CMV est devenue beaucoup moins fréquente Néanmoins, des cas surviennent chez des patients VIH qui ont soit échoué le traitement anti-VIH, soit présenté un diagnostic de sida . la rétinite est une complication bien connue de la moelle osseuse et des transplantations d’organes solides, moins fréquente récemment grâce à l’amélioration de la détection préventive et de la thérapie. La rétinite à CMV est fréquemment diagnostiquée cliniquement en raison des lésions caractéristiques observées lors de l’examen ophtalmologique. un outil utile dans le diagnostic et la gestion de cette infection Les patients avec des charges virales CMV détectables ont une plus grande probabilité de progression rétinienne, et ceux avec des charges virales CMV élevées ont une mortalité accrue. Les patients avec des charges virales CMV indétectables ont une faible probabilité de est résistant aux agents antiviraux En raison d’inter-laborator Ce qui représente une charge virale CMV positive et une charge virale CMV élevée variera entre les laboratoires Les médecins doivent consulter le laboratoire effectuant la charge virale CMV pour l’interprétation des tests. Comme pour les charges virales CMV, l’antigénémie persistante prédispose à une augmentation de la progression de la maladie rétinienne et à la mort Les patients atteints d’uvéite syphilitique présentent fréquemment des anomalies du système nerveux central associées à une méningite syphilitique aiguë ou à une neurosyphilis. Le test VDRL du liquide céphalorachidien est recommandé dans les milieux cliniques suspectés d’uvéite syphilitique. -UNE

IV INFECTIONS TISSULAIRES MOUCHES DE LA TÊTE ET DU COU

Les infections des divers espaces et tissus de la tête et du cou peuvent être divisées en infections odontogènes, oropharyngées ou exogènes Les infections odontogènes sont généralement causées par la flore parodontale ou gingivale endogène. Ces infections incluent les abcès péri-amygdaliens et pharyngés, l’espace profond. abcès, tels que ceux des espaces rétropharyngiens, parapharyngiens, sous-mandibulaires et sublinguaux, et lymphadénite cervicale Les complications de l’infection odontogène peuvent se produire par diffusion hématogène ou par extension directe entraînant une thrombophlébite de la veine jugulaire septique, syndrome de Lemierre, endocardite bactérienne, abcès intracrânien ou médiastinite aiguë diagnostic étiologique précis dépend de la collecte d’un aspirat ou biopsie du matériel inflammatoire des tissus et des espaces tissulaires touchés tout en évitant la contamination de la flore muqueuse Le spécimen doit être placé dans un récipient de transport anaérobie pour soutenir la récupération des bactéries anaérobies Les bactéries aérobies et facultatives survivent en transport anaérobie. Les frottis colorés au Gram sont standard pour toutes les cultures anaérobies car ils permettent au laboratoire d’évaluer l’adéquation de l’échantillon en identifiant les cellules inflammatoires, d’établir un diagnostic étiologique précoce et présomptif, et éventuellement d’identifier infections aérobiques et anaérobies En outre, les spirochètes souvent impliqués dans l’infection odontogène ne peuvent pas être récupérés dans les cultures anaérobies de routine, mais seront visibles sur le frottis Les infections causées par la flore oropharyngée comprennent l’épiglottite, la mastoïdite, l’inflammation des tissus salivaires et la parotidite suppurée. l’épiglotte peut gonfler de façon spectaculaire au cours de l’épiglottite; il existe un risque d’occlusion soudaine de la trachée si l’épiglotte est perturbée, par exemple en prélevant un échantillon sur écouvillon. Les cultures sanguines sont l’échantillon préféré pour le diagnostic d’épiglottite; si l’écouvillonnage est tenté, il doit être dans un cadre avec une réponse d’urgence appropriée disponible La flore oropharyngée peut également s’étendre dans les tissus de l’oreille moyenne, les mastoïdes et les sinus nasaux provoquant une infection aiguë En outre, mycobactéries, staphylocoques et bacilles gram négatif Les tissus aspirés, le lavage salin d’un espace fermé et les raclures tissulaires ou tissulaires sont des échantillons préférés et doivent être transportés dans un récipient stérile. Les tissus doivent être transportés dans des conditions stériles afin que le spécimen reste humide car les bactéries anaérobies sont peu pathogènes. infections, le transport anaérobie n’est pas nécessaire de routine Notez que les champignons sont des causes fréquentes de sinusite chronique, et ils peuvent ne pas être récupérés sur des prélèvements, même endoscopiques endoscopiques sinus aspirats sont les spécimens de choix Pour l’analyse microbiologique, il est toujours préférable de soumettre le échantillon réel, pas un écouvillon de l’échantillonInfections causées par pa exogène Les thogènes ne faisant pas partie de la flore buccale comprennent l’otite externe maligne, la mastoïdite, les piqûres et traumatismes d’animaux, les brûlures par irradiation et les complications chirurgicales Bien que la flore buccale puisse jouer un rôle étiologique occasionnel, les bacilles à Gram négatif et les staphylocoques Les points clés pour le diagnostic de laboratoire des infections des tissus mous de la tête et du cou: • Un prélèvement n’est pas un échantillon de choix pour ces échantillons. Soumettre les tissus, les liquides ou les aspirer si possible • Résistez aux écouvillonnages en cas d’épiglottite • Utilisez des récipients de transport anaérobies si anaérobies soupçonnés • Garder les échantillons de tissus humides pendant le transportLes tableaux suivants présentent les infections les plus fréquentes des tissus mous et des tissus de la tête et du cou provenant de sources odontogènes, oropharyngées et exogènes. L’approche optimale pour établir un diagnostic étiologique est fournie.

A Infections de la cavité buccale et des espaces adjacents et des tissus causés par la flore odontogène et oropharyngée Tableau IV-

B Mastoïdite et Otite externe exogène causée par des pathogènes oropharyngés et exogènes Tableau IV-

Tableau IV – Diagnostic en laboratoire de la mastoïdite et de l’otite externe Externa causée par des pathogènes oropharyngés et exogènes Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Mastoïdite à temps de transport optimal Streptococcus pneumoniae Tache de Gram Fluide de l’oreille moyenne obtenu par tympanocentèse ou biopsie du tissu mastoïdien; écouvillon non recommandé Récipient anaérobie stérile, RT, immédiatement Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie et anaérobie Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Enterobacteriaceae Bactéries anaérobies Mycobacterium tuberculosis Frottis rapide à l’acide Biopsie du tissu mastoïdien Conteneur stérile, RT, h Culture AFB Mal Otite externe Externa Pseudomonas aeruginosa Coloration de Gram Raclage ou liquide provenant d’un canal externe ou d’une biopsie tissulaire provenant d’un os temporal ou d’un mastoïde Conteneur stérile, RT, h Culture bactérienne aérobie Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Mastoïdite à temps de transport optimal Streptococcus pneumoniae Tache de Gram Fluide de l’oreille moyenne obtenu par tympanocentèse ou biopsie du tissu mastoïdien; écouvillon non recommandé Récipient anaérobie stérile, RT, immédiatement Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie et anaérobie Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Enterobacteriaceae Bactéries anaérobies Mycobacterium tuberculosis Frottis rapide à l’acide Biopsie du tissu mastoïdien Conteneur stérile, RT, h Culture AFB Mal Otite externe Externa Pseudomonas aeruginosa Coloration de Gram Raclage ou liquide provenant d’un canal externe ou d’une biopsie tissulaire de l’os temporal ou de la mastoïde. Récipient stérile, RT, h Culture bactérienne aérobie Abréviations: BAAR, bacille acido-résistant; RT, température ambianteVoir Grand

V INFECTIONS BACTÉRIENNES ET FONGIQUES DES VOIES RESPIRATOIRES SUPÉRIEURES

Les infections des voies respiratoires supérieures impliquent généralement les oreilles, les membranes muqueuses qui tapissent le nez et la gorge au-dessus de l’épiglotte, et les sinus La plupart des infections impliquant le nez et la gorge sont causées par des virus voir la section XIV virales Syndromes pour plus d’informations tester l’utilisation inappropriée des antibiotiques pour les infections virales est un facteur important d’augmenter la résistance aux antibiotiques un diagnostic correct des syndromes infectieux dans cet environnement doit impliquer des tests de laboratoire pour déterminer l’étiologie et donc informer les points de therapyKey appropriés pour le diagnostic de laboratoire des infections des voies respiratoires supérieures: • les écouvillons ne sont pas recommandés pour les otites les médias ou la sinusite Soumettre une aspirez pour la culture • la plupart des cas d’otite moyenne peuvent être diagnostiqués cliniquement et traités sans soutien à la culture • les échantillons de la gorge ont besoin d’une entreprise, l’échantillonnage complet de la gorge et les amygdales, en évitant les joues, les gencives et les dents • Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Neisseria meningitidi s et Streptococcus pneumoniae ne sont pas des agents étiologiques de la pharyngite et ne devraient pas être recherchés dans les cultures de gorge; les cultures rhinopharyngées ne peuvent pas non plus prédire avec précision l’agent étiologique de la sinusite

Une otite moyenne

L’otite moyenne est l’affection la plus fréquente chez les patients pédiatriques. Otite moyenne aiguë avec épanchement AOME est la variante clinique de l’otite moyenne la plus susceptible d’avoir une étiologie bactérienne et, par conséquent, de bénéficier de l’otite moyenne. traitement antimicrobien Tableau V- Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae non typable, et Moraxella catarrhalis sont les causes bactériennes les plus communes d’AOME, avec S aureus, Streptococcus pyogenes, et Pseudomonas aeruginosa se produisant moins fréquemment Alloiococcus otitidis est également pensé pour causer AOME, mais supplémentaire études sont nécessaires pour déterminer la véritable signification de cet organisme Une variété de virus respiratoires sont connus pour causer AOME; cependant, il n’existe aucune thérapie spécifique au pathogène et par conséquent, il y a peu de raisons d’essayer d’établir un diagnostic étiologique chez les patients présentant une étiologie virale. Les efforts pour déterminer la cause de l’AOME sont mieux réservés aux patients susceptibles d’avoir une étiologie bactérienne gonflement de la membrane tympanique, de la douleur ou de l’exsudat n’ayant pas répondu aux traitements antimicrobiens antérieurs, patients présentant des déficiences immunologiques et patients gravement malades Le seul échantillon représentatif est un liquide de l’oreille moyenne obtenu par tympanocentèse ou chez des patients souffrant d’otorrhée. ou des tubes myringotomy, en recueillant le drainage sur les écouvillons minitipped directement après le nettoyage du conduit auditif Les cultures du pharynx, du nasopharynx, des narines antérieures, ou du matériel nasal de drainage sont sans valeur en essayant d’établir un diagnostic étiologique de AOME bactérien

Tableau V – Diagnostic en laboratoire de l’otite moyenne Agents étiologiques Procédures diagnostiques Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Streptococcus pneumoniae Tache de Gram, Tympanocentèse Flacon stérile, RT, Immédiatement Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie Écouvillon à microtitration de liquide drainant la cavité de l’oreille moyenne chez les patients porteurs de myringotomie ou d’otorrhée Dispositif de transport de l’écouvillon, RT, h Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Pseudomonas aeruginosa Alliotococcus otitidis Staphylococcus aureus Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Streptococcus pneumoniae Tache de Gram, Tympanocentèse Flacon stérile, RT, Immédiatement Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie Écouvillon à microtitration de liquide drainant la cavité de l’oreille moyenne chez les patients porteurs de myringotomie ou d’otorrhée Dispositif de transport de l’écouvillon, RT, h Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Pseudomonas aeruginosa Alloiococcus otitidis Staphylococcus aureus Abréviation: RT, température ambiante Les virus sont souvent l’agent étiologique, mais les études microbiologiques ne facilitent pas les décisions thérapeutiques. Les virusVirus LargeVirus sont souvent l’agent étiologique, mais les études microbiologiques ne facilitent pas les décisions thérapeutiques.

B Sinusite

Les agents étiologiques de la sinusite varient en fonction de la durée des symptômes et de leur origine communautaire ou d’origine nosocomiale. Le tableau V- Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae non typable et Moraxella catarrhalis sont les causes bactériennes les plus fréquentes de la sinusite maxillaire aiguë. Les virus de la sinusite nécessitent des études plus approfondies Staphylococcus aureus, bacilles à Gram négatif, Streptococcus spp et bactéries anaérobies sont plus fréquemment associés à une sinusite subaiguë, chronique ou nosocomiale. Le rôle des champignons en tant qu’agents étiologiques est plus controversé, probablement en raison des nombreuses publications Chez les hôtes immunocompétents, les champignons sont le plus souvent associés à une sinusite chronique La sinusite due à des infections fongiques chez des personnes gravement immunodéprimées ou chez des patients diabétiques non contrôlés est souvent sévère et entraîne un taux de mortalité élevé.

Tableau V – Diagnostic en laboratoire de la sinusite Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Sinusite maxillaire aiguë bactérienne Streptococcus pneumoniae Coloration de Gram Aspirat obtenu par ponction antrale Aspirateur collecteur de sécrétions sinusales Aspirateur à vide Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie Récipient stérile, RT, immédiatement Moraxella catarrhalis Echantillon d’écouvillonnage moyen obtenu par guidage endoscopique Dispositif de transport écouvillon, RT, h Staphylococcus aureusa Streptococcus pyogenesa Sinusite compliquée bactérienne Streptococcus pneumoniae Coloration de Gram Aspirat obtenu par ponction antrale Sinus collecteur de sécrétion collecteur aspirateur Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie et anaérobie Récipient anaérobie stérile, RT, immédiatement Moraxella catarrhalis Staphylococcus aureus Tissu ou aspirate obtenu chirurgicalement Récipient stérile anaérobie, RT, immédiatement Streptococcus pyogenes Pseudomonas aeruginosa Enterobacteriaceae Flore aérobie-anaérobie mixte de la cavité buccale Coloration fongique Aspergillus spp Calcofluor-KOH Aspirat obtenu par ponction antrale Sinus collecteur de sécrétion aspirateur aspirateur Zygomycète Culture fongique Récipient aérobie stérile, RT, immédiatement Fusarium spp Autres moisissures Tissu ou aspirate obtenu chirurgicalement Récipient aérobie stérile, RT, immédiatement Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Sinusite maxillaire aiguë bactérienne Streptococcus pneumoniae Coloration de Gram Aspirat obtenu par ponction antrale Aspirateur collecteur de sécrétions sinusales Aspirateur à vide Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie Récipient stérile, RT, immédiatement Moraxella catarrhalis Echantillon d’écouvillonnage moyen obtenu par guidage endoscopique Dispositif de transport écouvillon, RT, h Staphylococcus aureusa Streptococcus pyogenesa Sinusite compliquée bactérienne Streptococcus pneumoniae Coloration de Gram Aspirat obtenu par ponction antrale Sinus collecteur de sécrétion collecteur aspirateur Haemophilus influenzae Culture bactérienne aérobie et anaérobie Récipient anaérobie stérile, RT, immédiatement Moraxella catarrhalis Staphylococcus aureus Tissu ou aspirate obtenu chirurgicalement Récipient stérile anaérobie, RT, immédiatement Streptococcus pyogenes Pseudomonas aeruginosa Enterobacteriaceae Flore aérobie-anaérobie mixte de la cavité buccale Coloration fongique Aspergillus spp Calcofluor-KOH Aspirat obtenu par ponction antrale Sinus collecteur de sécrétions Aspirateur à vide Zygomycètes Culture de champignons Stérile récipient aérobie, RT, immédiatement Fusarium spp Autres moisissures Tissu ou aspirate obtenu chirurgicalement Récipient aérobie stérile, RT, immédiatement Abréviations: KOH, hydroxyde de potassium; RT, la température ambiante Staphylococcus aureus et Streptococcus pyogenes provoquent une sinusite aiguë maxillaire, mais rarement b La ponction antrale est une méthode utile pour l’échantillonnage des sinus maxillaires Les flacons de transport anaérobies sont bons pour les bactéries aérobies et anaérobiesVérifier les grandes étapes pour établir un diagnostic étiologique de la sinusite généralement réservé aux patients atteints d’infections compliquées ou de maladies chroniques Les écouvillons ne sont pas recommandés pour la collecte des échantillons de sinus car un aspirat est beaucoup plus productif des vrais agents étiologiques Les écouvillons obtenus par endoscopie peuvent récupérer les pathogènes bactériens mais rarement détecter les champignons pathogènes dans la sinusite maxillaire, ponction antrale avec aspiration sinusale et, chez les adultes, les écouvillonnages de matériel provenant du méat moyen obtenus sous guidage endoscopique représentent les seuls spécimens adéquats. Les cultures de spécimens de drainage du méat moyen ne sont pas recommandées pour les patients pédiatriques en raison de la colonisation Les procédures chirurgicales sont nécessaires pour obtenir des spécimens représentatifs de l’infection des sinus frontaux, sphénoïdes ou ethmoïdaux Pour établir une étiologie fongique, un prélèvement sinusal endoscopique est nécessaire pour déterminer la cause de la sinusite maxillaire. conseillé

C Pharyngite

La pharyngite représente environ un million de visites d’adultes aux établissements médicaux chaque année aux États-Unis. La maladie survient encore plus souvent chez les enfants. Différences entre l’épidémiologie de divers agents infectieux liés à l’âge du patient, la saison de l’année, les symptômes, et la présence ou l’absence de maladie systémique ne sont pas suffisamment précises pour permettre un diagnostic étiologique définitif sur des bases cliniques et épidémiologiques seules Par conséquent, les résultats des tests de laboratoire jouent un rôle central dans l’orientation thérapeutique. seulement justifié chez les patients atteints de pharyngite avec une étiologie bactérienne prouvée

Ces tests peuvent être effectués sur le même échantillon que celui qui a donné un test de Monospot négatif. Le test de Monospot peut également être répété sur un échantillon de sérum obtenu – quelques jours plus tard, si le patient a eu un EBV. infection, le Monospot est plus susceptible d’être positiff Cause probable de pharyngite seulement chez les patients immunodéprimés De nombreux tests rapides basés sur la détection de l’antigène spécifique du VHS par DFA directement dans le matériel clinique ont été développés; Cependant, le test de Tzanck non spécifique est très insensible et non recommandé. Un écouvillon doit être utilisé pour collecter de façon agressive le matériel de la base de plusieurs lésions pharyngées, puis placé dans un dispositif de transport compatible avec le test à réaliser. Le sérodiagnostic doit distinguer IgG et IgM En fonction de l’âge du patient et du test sérologique spécifique utilisé, en présence d’une maladie compatible, un seul niveau d’IgG spécifique du HSV peut être considéré comme une preuve présomptive d’infection par le HSV. Le Streptocoque β-hémolytique du groupe A est la cause bactérienne la plus fréquente de la pharyngite et entraîne des séquelles potentiellement graves, principalement chez les enfants, si elles ne sont pas diagnostiquées ou si elles sont mal traitées. Plusieurs tests de laboratoire, y compris la culture, des tests rapides d’antigènes et des méthodes moléculaires ont été utilisés pour établir Diagnostic étiologique de la pharyngite due à cet organisme Au cours de la dernière décennie, des tests rapides d’antigènes pour les S pyogenes ont été largement utilisés dans l’évaluation des patients atteints de pharyngite. Ces tests sont techniquement non fiables, généralement fiables et souvent réalisés. Pour toutes ces méthodes, la précision et la pertinence clinique dépendent d’une technique d’échantillonnage appropriée. Il existe un consensus général parmi les sociétés professionnelles selon lequel les tests antigéniques rapides négatifs pour S pyogenes chez les enfants doivent être confirmés par culture ou analyse moléculaire. pas nécessaire pour les résultats de tests négatifs chez les adultes, de nouvelles lignes directrices suggèrent que la culture conventionnelle ou la confirmation des résultats des tests antigéniques rapides négatifs par culture doit être utilisée pour atteindre une sensibilité maximale pour le diagnostic de pyyngite chez les adultes. Les pathologistes doivent sauvegarder l’antigène rapide négatif Le rôle des streptocoques β-hémolytiques du groupe A, en particulier des groupes C et G, en tant que causes de la pharyngite est controversé. Cependant, de nombreux professionnels de la santé considèrent ces organismes comme significatifs et fondent leurs décisions thérapeutiques sur leur détection. Par conséquent, nous avons inclus un guide pour la détection des streptocoques des groupes C et G de streptocoques β-hémolytiques, puisque le groupe S anginosus, présentant des colonies localisées caractéristiques, ne provoque pas de pharyngite dans les échantillons pharyngés sur écouvillon. mais il faut indiquer que cela ne devrait être fait que dans les milieux où ces organismes sont considérés comme importants, comme les épidémies de pharyngites épidémiques. Le rétablissement du même organisme chez plusieurs patients au cours d’une éclosion devrait être étudié. Arcanobacterium haemolyticum provoque également une pharyngite. moins souvent Il se produit le plus souvent Neisseria gonorrhoeae et Corynebacterium diphtheriae, dans des contextes épidémiologiques très spécifiques, peuvent aussi causer une pharyngite Les virus respiratoires sont la cause la plus fréquente de pharyngite dans les populations adultes et pédiatriques. ; cependant, il est inutile de définir une étiologie spécifique chez les patients atteints de pharyngite due aux virus respiratoires car il n’existe pas de traitement dirigé contre les pathogènes pour ces agents. Le virus de l’herpès simplex HSV, virus de l’immunodéficience humaine VIH et Epstein-Barr virus EBV peuvent également provoquer pharyngite des implications épidémiologiques et cliniques de l’infection par le HSV, le VIH et l’EBV, il peut arriver que l’on cherche à déterminer si l’infection d’un patient est causée par l’un de ces agents. Des études récentes ont montré une relation entre Fusobacterium necrophorum et pharyngite chez certains patients Dans ce cas, l’infection de la gorge pourrait être un prélude au syndrome de Lemierre. F necrophorum est un organisme anaérobie qui nécessitera des milieux supplémentaires et l’utilisation de procédures d’isolement et d’identification anaérobies que la plupart des laboratoires ne sont pas prêts à utiliser. échantillons de gorge Avertir le laboratoire du diagnostic suspecté et de l’agent étiologique Des procédures appropriées peuvent être disponibles En l’absence de capacités anaérobies du laboratoire, celles-ci seraient envoyées à un laboratoire de référence

VI INFECTIONS DU TRACTUS RESPIRATOIRE INFÉRIEUR

Les infections respiratoires sont parmi les maladies infectieuses les plus courantes La liste des agents pathogènes continue de s’étendre à mesure que de nouveaux pathogènes et syndromes sont reconnus Cette section décrit les principaux agents étiologiques et les approches microbiologiques du diagnostic de la bronchite et de la bronchiolite; pneumonie acquise dans la communauté; la pneumonie associée aux soins de santé et la pneumonie sous ventilation assistée; les infections de l’espace pleural; infections bronchopulmonaires chez les patients atteints de fibrose kystique; et pneumonie chez l’hôte immunodéprimé Le lecteur est invité à se reporter aux diverses lignes directrices de pratique de l’IDSA qui décrivent les caractéristiques cliniques, les approches diagnostiques et les aspects de gestion de patients de ces syndromes. Les points clés ci-dessous résument certaines mises en garde Points clés pour le diagnostic en laboratoire des infections des voies respiratoires inférieures: • Les expectorations matinales sont toujours les meilleures pour la culture • Les prélèvements d’alginate de calcium ne sont pas acceptables pour les tests d’amplification des acides nucléiques. méthode • Les hémocultures qui accompagnent les échantillons d’expectoration peuvent parfois être utiles, en particulier chez les patients atteints de pneumonie communautaire à risque élevé • Le laboratoire doit être contacté pour des instructions spécifiques avant la collecte d’échantillons pour les pathogènes exigeants tels que Bordetella pertussis. les athogènes causant des exacerbations de maladie pulmonaire chez les patients atteints de fibrose kystique ont augmenté et des spécimens de cultures mycobactériennes et fongiques doivent être prélevés chez certains patients • Chez l’hôte immunodéprimé, une approche diagnostique large basée sur des spécimens obtenus de manière invasive est suggérée

Une bronchite et une bronchiolite

Le tableau VI énumère les agents étiologiques et les approches diagnostiques de la bronchite aiguë, de l’exacerbation aiguë de la bronchite chronique et de la bronchiolite, des syndromes cliniques impliquant une inflammation de l’arbre trachéobronchique. La bronchite aiguë est largement due aux pathogènes viraux et moins fréquemment provoquée par Mycoplasma pneumoniae. Chlamydophila pneumoniae Bordetella pertussis doit être envisagé chez un adolescent ou un jeune adulte présentant une toux proéminente. Les tests d’immunofluorescence directe ont été remplacés par des tests d’amplification des acides nucléiques. TAAN en association avec la culture comme tests de choix pour la détection de B pertussis. plate-forme pour la détection de B pertussis Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae ne jouent pas un rôle établi dans la bronchite aiguë, mais avec Moraxella catarrhalis, figurent en bonne place dans les cas d’exacerbation aiguë de bronchite chronique La bronchiolite est presque exclusivement causée par des virus et des pneumonies iae Plusieurs plates-formes NAAT approuvées par la FDA sont disponibles pour la détection de certains virus respiratoires

t dispositif, RT, h Chlamydia IgG et IgM sérologie microimmunofluorescence; MIF mL sérum Tube de Caillot, RT, h Culture de Bordetella pertussis Bordetella et / ou NAAT Ecouvillon de NP nasopharyngien Dispositif de transport approprié, RT, h Virus Virus Influenza Tests rapides de détection d’antigènes Aspirations nasales ou lavages, NP tampons ou aspirats, lavages ou tampons dispositif, la glace humide, h adénovirus virus virus Parainfluenza virus respiratoire syncytial NAATe aspirats nasaux ou lavages, NP tampons ou aspirats, lavages gorge ou tampons Dispositif de transport approprié, glace humide, h métapneumovirus humain Rhinovirus Coronavirus Exacerbation aiguë de la bronchite chronique Bactéries Haemophilus influenzae non typable Gram tache Expectoration expectorée Conteneur stérile, RT, h Moraxella catarrhalis Culture bactérienne aérobie Chlamydophila pneumoniae Voir ci-dessus sous Bronchite aiguë Voir Chlamydophila et Mycoplasma ci-dessus Voir ci-dessus Mycoplasma pneumoniae Voir ci-dessus sous Bronchite aiguë Voir Chlamydophila et Mycoplasma ci-dessus Voir ci-dessus Streptococcus pne umoniae Gram coloration Culture bactérienne aérobie Urine Antigenf Premier échantillon propre d’urine de capture propre Conteneur stérile, RT, h Virus Rhinovirus Détection rapide d’antigène testsd Aspirations nasales ou lavages, NP tampons ou aspirats, lavages ou tampons de gorge Dispositif de transport adapté, RT, h Coronavirus Virus culture Notez que le transport sur glace humide est préférable, et recommandé si le transport prendra & gt; h Virus parainfluenza le plus souvent Virus PIV Influenza Virus respiratoire syncytial Métapneumovirus humain NAATe Adénovirus Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactéries Mycoplasma pneumoniae NAATa, b Écouvillon de gorge, écouvillon nasopharyngé NP, écouvillonnage de NP d’expectoration, aspirer ou laver Dispositif de transport approprié, RT, h immunodosage enzymatique de sérologie de Mycoplasma IgG et IgM [EIA] mL sérum Tube de Clot, RT, h Chlamydophila pneumoniae NAATa, b Tampon NP nasopharyngé, expectoration Dispositif de transport approprié, RT, h Chlamydia IgG et IgM coloration microimmunofluorescente; MIF mL sérum Tube de Caillot, RT, h Culture de Bordetella pertussis Bordetella et / ou NAAT Ecouvillon de NP nasopharyngien Dispositif de transport approprié, RT, h Virus Virus Influenza Tests rapides de détection d’antigènes Aspirations nasales ou lavages, NP tampons ou aspirats, lavages ou tampons dispositif, la glace humide, h adénovirus virus virus Parainfluenza virus respiratoire syncytial NAATe aspirats nasaux ou lavages, NP tampons ou aspirats, lavages gorge ou tampons Dispositif de transport approprié, glace humide, h métapneumovirus humain Rhinovirus Coronavirus Exacerbation aiguë de la bronchite chronique Bactéries Haemophilus influenzae non typable Gram tache Expectoration expectorée Conteneur stérile, RT, h Moraxella catarrhalis Culture bactérienne aérobie Chlamydophila pneumoniae Voir ci-dessus sous Bronchite aiguë Voir Chlamydophila et Mycoplasma ci-dessus Voir ci-dessus Mycoplasma pneumoniae Voir ci-dessus sous Bronchite aiguë Voir Chlamydophila et Mycoplasma ci-dessus Voir ci-dessus Streptococcus pne umoniae Gram coloration Culture bactérienne aérobie Urine Antigenf Premier échantillon propre d’urine de capture propre Conteneur stérile, RT, h Virus Rhinovirus Détection rapide d’antigène testsd Aspirations nasales ou lavages, NP tampons ou aspirats, lavages ou tampons de gorge Dispositif de transport adapté, RT, h Coronavirus Virus culture Notez que le transport sur glace humide est préférable, et recommandé si le transport prendra & gt; h Virus parainfluenza le plus souvent Virus PIV Influenza Virus respiratoire syncytial Métapneumovirus humain NAATe Adénovirus Abréviations: IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Il n’existe qu’un seul dosage autorisé par la FDA disponible actuellement Disponibilité spécifique au laboratoire Le clinicien doit vérifier auprès du laboratoire la source optimale des échantillons, les caractéristiques de performance et les délais d’exécutionb Éviter les prélèvements d’alginate de calcium pour les tests d’amplification certains produits commerciaux, échantillons de gorge, en particulier écouvillons, sont les moins souhaitables et fournissent le plus faible taux de récupération. Tests d’antigènes rapides pour la détection des virus respiratoires manque de sensibilité et, selon le produit, spécificité Ils doivent être considérés comme des tests de dépistage La qualité des échantillons est essentielle pour optimiser ces tests. Plusieurs plates-formes de TAAN approuvées par la FDA sont actuellement disponibles et varient dans leurs spécimens d’échantillons approuvés et leur gamme d’analytes détectés. Les lecteurs doivent vérifier auprès de leur laboratoire les caractéristiques de disponibilité et de performance. mitationsf La sensibilité chez les patients non bactériémiques atteints de pneumonie à pneumocoque est de% -%; la sensibilité dans les cas bactériémiques de pneumonie à pneumocoques est de% -%; la spécificité chez les adultes est de & gt;% Cependant, des études ont rapporté un pourcentage de faux positifs de% -% chez les enfants avec portage NP et aucune preuve de pneumonie et les adultes atteints de bronchopneumopathie chronique obstructive View Large

B Pneumonie extra-hospitalière

Le diagnostic de pneumonie acquise en communauté repose sur la présence de symptômes spécifiques et de caractéristiques radiographiques suggestives, telles que des infiltrats pulmonaires et / ou un épanchement pleural. Des données microbiologiques soigneusement recueillies peuvent soutenir le diagnostic mais ne fournissent souvent pas d’agent étiologique. causes plus fréquentes de pneumonie acquise dans la communauté D’autres étiologies moins courantes peuvent être envisagées en fonction des récents antécédents de voyage ou de l’exposition à des vecteurs ou des animaux transmettant des pathogènes zoonotiques tels que le syndrome pulmonaire du hantavirus ou la peste pulmonaire Yersinia pestis. NOUS

Sérum anticorps CF Sérum Cratère tube, RT, h; ° C, & gt; h Coccidioides immitis / posadasii Calcofluor KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée; expectoration induite, échantillons obtenus par bronchoscopie. Récipient stérile, RT, & lt; h; ≤ h, ° C Culture fongique Histologie Tissu Contenant en formol, RT, – d; Récipient stérile – d, ° C sérum anticorps IgM ID, LA, EIA tube sérum Clot, RT, h; & gt; h, ° C anticorps IgG CF, EIA Blastomyces dermatitidis Calcofluor -KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée; expectorations induites, échantillons obtenus par bronchoscopie; conteneur stérile de tissu, RT, & lt; h; ≤ h, ° C Culture fongique Histologie Tissue Conteneur stérile ° C, Contenant de formol, RT, – d Tests antigéniques Sérum, Tube de caillot, RT, h Urine, liquide pleural si disponible Conteneur stérile ° C, – d Sérum anticorps Sérum CF Tube de coagulation , RT, h; & gt; h, ° C Virus Virus de la grippe A, B Détection rapide de l’antigène Aspirations nasales, lavages nasaux, tampons NP, lavages de la gorge, écouvillonnages de la gorge, échantillons obtenus par bronchoscopie DFA Transport dans les milieux de transport viraux, RT & lt; h; d, ° C; & gt; d, – ° C Méthodes de culture virale NAATc Adénovirus DFA Méthodes de culture virale NAATc Virus parainfluenza – DFA Méthodes de culture virale NAATc Virus respiratoire syncytial Détection rapide des antigènes DFA Méthodes de culture virale NAATc Métapneumovirus humain DFA NAATc Coronavirus NAATc Rhinovirus Méthodes de culture virale NAATc Entérovirus Méthodes de culture virale NAATc Parasites Paragonimus westermani Examen microscopique direct du liquide pleural et des expectorations pour les œufs caractéristiques Fluide pleural Conteneur stérile, échantillons frais ° C, min; échantillons conservés, RT, & gt; min- d Sputum Abréviations: BAL, lavage broncho-alvéolaire; BCYE, extrait de levure de charbon de bois tamponné; CF, fixation du complément; DFA, test d’immunofluorescence directe; EIA, immunodosage enzymatique; ID, immunodiffusion; KOH, hydroxyde de potassium; LA, agglutination au latex; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; NP, nasopharyngée; RT, température ambiante La sensibilité chez les patients non bactériémiques atteints de pneumonie à pneumocoque est de% -%; la sensibilité dans les cas bactériémiques de pneumonie à pneumocoques est de% -%; la spécificité chez les adultes est & gt; Cependant, des études ont rapporté un taux de faux positifs de% -% chez les enfants avec portage NP et aucune preuve de pneumonie b Actuellement il existe une plateforme approuvée par la FDA voir le texte Disponibilité est spécifique au laboratoire Le fournisseur doit vérifier auprès du laboratoire , les caractéristiques de performance et les délais de retournement Plusieurs plates-formes NAAT approuvés par la FDA sont actuellement disponibles et varient dans leurs spécimens d’échantillons approuvés et la gamme d’analytes détectés détectés devraient vérifier avec leur laboratoire concernant la disponibilité et les caractéristiques de performance, y compris certaines limitations. En outre, l’identification de certains agents pathogènes tels que les espèces de Legionella, les virus grippaux et les agents du bioterrorisme a une signification importante pour la santé publique. Actuellement, les lignes directrices de pratique IDSA / ATS considèrent le testin diagnostique. Les patients qui doivent être admis doivent avoir des hémocultures, des cultures et des colorations de Gram d’échantillons expectorés de bonne qualité et, si la maladie est grave, des tests d’antigène urinaire pour S pneumoniae et Legionella. pneumophila si disponible Les laboratoires doivent avoir mis en place un mécanisme de sélection des échantillons d’expectoration pour exclure ceux qui sont fortement contaminés par la flore oropharyngée et non représentatifs des échantillons profondément expectorés avant la mise en culture de bactéries bactériennes de routine. Les échantillons de mauvaise qualité donnent des résultats trompeurs. rejeté car l’interprétation serait compromise Aspirateurs endotrachéaux ou des échantillons obtenus par bronchoscopie, y compris “mini BAL” en utilisant le Combicath [KOL Bio Instruments médicaux, Chantilly, VA] ou une technologie similaire peut être nécessaire chez le patient hospitalisé qui est intubé ou incapable de produire une expectoration adéquate échantillon A thoracentèse devrait être réalisée récemment chez un patient présentant un épanchement pleural. La FDA a récemment approuvé le test d’amplification des acides nucléiques NAAT de BioFire Salt Lake City, UT pour la détection de Mycoplasma pneumoniae et de Chlamydophila pneumoniae. Certains laboratoires ont développé leurs propres tests NAAT. toujours considéré comme l’étalon-or pour ces agents, bien que cela soit susceptible de changer Les infections mycobactériennes devraient être dans le diagnostic différentiel de la pneumonie communautaire CAP qui ne répond pas à la thérapie pour les agents pathogènes typiques de la PAC Mycobacterium tuberculosis, tout en déclinant aux États-Unis récemment ans, est toujours un agent pathogène important chez les populations immigrantes Le complexe Mycobacterium avium est également important, non seulement chez les patients infectés par le VIH, mais aussi chez les patients atteints de maladie pulmonaire chronique, de fibrose kystique et chez les femmes minces d’âge moyen

C Pneumonie associée aux soins de santé, pneumonie acquise en milieu hospitalier et pneumonie associée à un ventilateur

Les HCAP associées aux soins, les pneumonies nosocomiales et les pneumonies VAP associées aux ventilateurs sont fréquemment causées par des bactéries gram-négatives multirésistantes ou d’autres agents pathogènes bactériens. Outre les virus respiratoires qui peuvent être transmis par nosocomiale, virus et champignons sont des causes rares de HCAP. , HA, et VAP chez le patient immunocompétent Le Tableau VI- liste les organismes les plus couramment associés à la pneumonie chez le patient immunodéprimé

s Méthodes de culture virale Écouvillons NP Adénovirus NAATf Aspirateurs endotrachéaux Respiratoire virus syncytial Bronchoalvéolaire DFA Échantillons de brosses de spécimens protégés Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactéries Pseudomonas aeruginosa Culture sanguine Cultures sanguines Gobelet ou tube stérile RT, h; Escherichia coli Tache de Gram Sputum Klebsiella pneumoniae Culture aérobie et anaérobie quantitative ou semi-quantitative Aspirateurs endotrachéaux Enterobacter spp BAL Serratia marcescens Echantillons de bristols protégés a Acinetobacter spp Tissus pulmonaires Stenotrophomonas maltophilia Staphylococcus aureus et MRSA Haemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Comme ci-dessus plus urine antigèneb Urine récipient stérile RT, h; & gt; h- d, – ° C Anaérobies mixtes aspiration Tache de Gram Echantillons de broussailles d’échantillons protégésa Tube stérile avec mL de thioglycolate pour échantillons de brosses; Récipient stérile pour tissu; RT, h; ° C, – Culturea Tissu pulmonaire Legionella spp Culture sur milieu BCYE Expectoration induite Tasse ou tube stérile RT, h; ° C, – h NAATc Aspirateurs endotrachéaux BAL Échantillons de brosses de spécimens protégés Tissu pulmonaire Antigène d’urine L pneumophila sérogroupe seulement Urine Récipient stérile RT, & lt; h; ° C & gt; h- d Champignons Aspergillus spp Colorant fongique-KOH avec calcofluor; autres taches fongiques Aspirateurs endotrachéaux Tasse ou tube stérile RT, h; ° C, – h Culture fongique BAL Exemples de brosses de spécimen protégées Histologie Tissu pulmonaire Coupe stérile; RT, h; ou contenant de formol, RT, – d Galactomannand – Sérum de β-D-glucanes, Tube de Caillot ° C, ≤ d; & gt; d, – ° C BALe Gobelet ou tube stérile RT, h; ° C, – h Virus Virus de la grippe A, B Détection rapide de l’antigène Lavages nasaux, aspirats Transport dans les milieux de transport viraux, RT ou ° C, d; – ° C, & gt; d Virus parainfluenza Méthodes de culture virale Écouvillons NP Adénovirus NAATf Aspirateurs endotrachéaux Respiratoire virus syncytial Bronchoalvéolaire DFA Échantillons de bristols spécimen protégés Abréviations: BAL, lavage broncho-alvéolaire; BCYE, extrait de levure de charbon de bois tamponné; DFA, anticorps fluorescent direct; KOH, hydroxyde de potassium; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; NP, nasopharyngée; RT, température ambiante Une culture anaérobie ne doit être réalisée que si l’échantillon a été obtenu avec un pinceau ou un cathéter protégé et transporté dans un récipient de transport anaérobie ou en plaçant la brosse en mL de bouillon pré-réduit avant transportb. la pneumonie est% -%; la sensibilité dans les cas bactériémiques de pneumonie à pneumocoques est de% -%; la spécificité chez les adultes est de & gt;% Cependant, des études ont rapporté un% -% de faux positifs chez les enfants avec un portage NP et aucune preuve de pneumonie c Aucun test approuvé par la FDA n’est actuellement disponible Disponibilité en laboratoire spécifique Le fournisseur doit vérifier avec le laboratoire Les caractéristiques de performance de ces tests sont examinées en référence e Les tests de cette source ne sont pas proposés dans tous les laboratoires de microbiologief Plusieurs plates-formes NAAT approuvées par la FDA sont actuellement disponibles et varient dans leurs exigences et leur portée approuvées. Les lecteurs doivent vérifier auprès de leurs laboratoires les caractéristiques de disponibilité et de performance, y compris certaines limitations. View Large Deux stratégies diagnostiques ont été recommandées par l’American Thoracic Society et l’Infectious Diseases Society of America La stratégie clinique repose sur la présence d’un nouvel infiltrat pulmonaire plus la présence de f des manifestations cliniques fièvre, leucocytose ou leucopénie, et sécrétions purulentes La détermination de la cause de la pneumonie repose sur la coloration initiale de Gram et les cultures semi-quantitatives d’aspirats endotrachéaux ou d’expectorations Un frottis dépourvu de cellules inflammatoires et une culture absente de pathogènes potentiels ont un très haut Valeur prédictive négative Les cultures d’aspirats endotrachéaux, bien que susceptibles de contenir le véritable pathogène, produisent également plus de mélanges d’espèces de bactéries que les spécimens obtenus par bronchoscopie. Ceci peut conduire à des antibiothérapies inutiles La stratégie bactériologique utilise des cultures quantitatives de sécrétions des voies respiratoires inférieures obtenu par bronchoscopie ou par aspiration endotrachéale sans bronchoscope Les quantités de croissance bactérienne supérieures à un seuil permettent de diagnostiquer une pneumonie et les quantités inférieures à ce seuil sont plus compatibles avec la colonisation. Les seuils généralement acceptés sont les suivants: Aspirations endotrachéales, CFU / mL; BAL, CFU / mL; échantillons de brosses de spécimen protégés PSB, CFU / mL Ces valeurs n’ont de signification que lorsque les échantillons ont été obtenus & gt; heures avant l’initiation ou un changement d’antibiothérapie Les études quantitatives nécessitent un travail de laboratoire approfondi et des procédures spéciales que les plus petits laboratoires pourraient ne pas accepter. Les lavages bronchiques ne conviennent pas pour la culture bactérienne de routine.

D Infections de l’espace pleural

Les causes infectieuses des épanchements pleuraux sont passées des pathogènes classiques de la pneumonie S pneumoniae et S pyogenes aux infections polymicrobiennes dans lesquelles les bactéries anaérobies jouent un rôle majeur. Le tableau VI résume les principaux pathogènes. Toute accumulation importante de liquide dans l’espace pleural doit être échantillonnée par thoracocèse Les spécimens doivent être transportés immédiatement au laboratoire ou placés dans un milieu de transport anaérobie approprié pour le transport. Dans certains établissements, l’inoculation au chevet des flacons d’hémoculture est devenue une pratique établie. Cela est acceptable à condition que les directives du fabricant soient respectées. et si une supplémentation est nécessaire pour améliorer la récupération de pathogènes exigeants tels que S pneumoniae Si des flacons d’hémoculture sont utilisés, un échantillon supplémentaire doit être envoyé au laboratoire de microbiologie pour la coloration de Gram et la culture des agents pathogènes non bactériens. pH , les protéines, le glucose et la lactate déshydrogénase LDH Ces valeurs aident à la détermination d’un processus transudatif ou exsudatif et à la gestion subséquente du syndrome. Par exemple, les paramètres suivants suggèrent le besoin de drainage: pH & lt ;; glucose & lt; mg / dL; LDH & gt; IU / L ou la présence de leucocytes polymorphonucléaires PMN La plupart des infections entraînent un exsudat ou empyème des PMN dans la cavité pleurale Lorsque la tuberculose ou un pathogène fongique est la cause probable, une biopsie pleurale envoyée pour culture et histopathologie augmente le diagnostic Sensibiliser Toujours informer le laboratoire d’une suspicion de tuberculose afin que les précautions de sécurité appropriées peuvent être employées Un niveau élevé d’adénosine désaminase dans le liquide pleural & gt; IU / L chez un patient présentant des facteurs de risque appropriés pour la tuberculose a été montré pour avoir une sensibilité élevée dans les régions à forte prévalence Un niveau & lt; L’IU / L exclut le diagnostic Ce marqueur de différenciation lymphocytaire doit être utilisé conjointement avec des paramètres hématologiques et chimiques et d’autres tests diagnostiques tels que TAAN, culture et histologie d’une biopsie pleurale. La performance de ce test dans les pays développés a été démontrée très variable et liée à de multiples facteurs dont le type de méthode utilisée, la probabilité de tuberculose et les résultats «faux positifs» chez les patients ayant d’autres causes d’épanchement pleural lymphocytaire comme la polyarthrite rhumatoïde, le mésothéliome et l’histoplasmose

– KOH; autres taches fongiques Liquide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, – h Culture fongique Biopsie pleurale nécessaire pour certaines maladies Candida spp Comme ci-dessus plus peut être évident sur la coloration de Gram Liquide pleural Récipient stérile, RT, h; ° C, – h Aspergillus Essais fongiques généraux, c.-à-d. Taches, culture, sérologie plus galactomannane, – β-D-glucanb BAL Récipient stérile, ° C, ≤ d; – ° C & gt; d Tube de sérum Clot RT, d; ° C, Histoplasma capsulatum Tache-calcofluor fongique – KOH; autres taches fongiques Liquide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, – h Culture fongique Biopsie pleurale Récipient stérile, RT, h; ° C, & gt; – h; Récipient de formol pour histologie, RT – d Histologie Test d ‘antigène Sérum, urine, liquide pleural, tube de caillot, RT, d; ° C, – d Conteneur stérile urine et liquide, RT h; & gt; – h, ° C Anticorps sérique CF Sérum Tube de caillot RT, d; ° C, – d Coccidioides immitis / posadasii Essais fongiques généraux c’est-à-dire taches, culture, sérologie et histologie Fluide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, & gt; – h Biopsie pleurale Sérum anticorps IgM ID, LA, EIA Sérum Caillot, RT, d; ° C, – d IgG anticorps CF, EIA Blastomyces dermatitidis Taches et cultures fongiques mais non sérologie plus histologie Fluide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, & gt; – h Biopsie pleurale Antigène testc Urine, liquide pleural, sérum Conteneur stérile, ° C, ≤ d; sang de caillot sang Parasites Paragonimus westermani Examen microscopique direct du liquide pleural et des expectorations pour ovules caractéristiques Liquide pleural Conteneur stérile, échantillons frais ° C, min; RT, échantillons conservés & gt; min- d Agents étiologiques d’expectoration Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactéries Aerobes Staphylococcus aureus Tache de Gram Fluide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, – h Culture Streptococcus pneumoniae Comme ci-dessus plus S pneumoniae antigène urinaire Urine Conteneur stérile, RT, h; & gt; h- d, – ° C Streptococcus pyogenes Gram tache Liquide pleural Récipient stérile, RT, h; ° C, – Haemophilus influenzae Culture Streptococcus anginosus milleri Bacilles Gram négatif entériques Pseudomonas aeruginosa Nocardia Gram coloration Teinture acide modifiée rapide La culture comprend sélective BCYE ou d’autres milieux sélectifs Legionella Gram colorant tache-carbolfuchsine Liquide pleural Conteneur stérile, RT, h ; ° C, – h Culture sur BCYE Legionella antigène urinaire L pneumophila sérogroupe seulement Urine Conteneur stérile, RT, & lt; h; ° C, & gt; h- d Anaérobies groupe Bacteroides fragilis coloration de Gram liquide pleural flacon de transport anaérobie, RT, h; sans transport RT ≤ min Espèces de Prevotella Culture anaérobie Fusobacterium nucleatum Peptostreptococcus Actinomyces spp Mycobactéries Mycobacterium tuberculosis Tache acido-résistante Liquide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, – h Culture mycobactérienne NAATa Histologie Biopsie pleurale ou pulmonaire Récipient stérile, RT, h; ° C, d Liquide pleural Conteneur de formol, RT, – d Champignons de champignons Champignon-calcofluor fongique – KOH; autres taches fongiques Liquide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, – h Culture fongique Biopsie pleurale nécessaire pour certaines maladies Candida spp Comme ci-dessus plus peut être évident sur la coloration de Gram Liquide pleural Récipient stérile, RT, h; ° C, – h Aspergillus Essais fongiques généraux, c.-à-d. Taches, culture, sérologie plus galactomannane, – β-D-glucanb BAL Récipient stérile, ° C, ≤ d; – ° C & gt; d Tube de sérum Clot RT, d; ° C, Histoplasma capsulatum Tache-calcofluor fongique – KOH; autres taches fongiques Liquide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, – h Culture fongique Biopsie pleurale Récipient stérile, RT, h; ° C, & gt; – h; Récipient de formol pour histologie, RT – d Histologie Test d ‘antigène Sérum, urine, liquide pleural, tube de caillot, RT, d; ° C, – d Conteneur stérile urine et liquide, RT h; & gt; – h, ° C Anticorps sérique CF Sérum Tube de caillot RT, d; ° C, – d Coccidioides immitis / posadasii Essais fongiques généraux c’est-à-dire taches, culture, sérologie et histologie Fluide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, & gt; – h Biopsie pleurale Sérum anticorps IgM ID, LA, EIA Sérum Caillot, RT, d; ° C, – d IgG anticorps CF, EIA Blastomyces dermatitidis Taches et cultures fongiques mais non sérologie plus histologie Fluide pleural Conteneur stérile, RT, h; ° C, & gt; – h Biopsie pleurale Antigène testc Urine, liquide pleural, sérum Conteneur stérile, ° C, ≤ d; sang de caillot sang Parasites Paragonimus westermani Examen microscopique direct du liquide pleural et des expectorations pour ovules caractéristiques Liquide pleural Conteneur stérile, échantillons frais ° C, min; RT, échantillons conservés & gt; min- d Sputum Abréviations: BAL, lavage broncho-alvéolaire; BCYE, extrait de levure de charbon de bois tamponné; EIA, ID immuno-enzymatique, immunodiffusion; KOH, hydroxyde de potassium; LA, agglutination au latex; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Aucun test approuvé par la FDA n’est actuellement disponible La disponibilité est spécifique au laboratoire Le fournisseur doit vérifier avec le laboratoire la source optimale des échantillons, les caractéristiques de performance et les délais d’exécutionb Les caractéristiques de performance de ces tests sont examinées en référence. mycosesView Large

E Infections pulmonaires dans la fibrose kystique

Les patients atteints de fibrose kystique CF souffrent d’infections pulmonaires chroniques dues à une perturbation de la fonction exocrine qui ne leur permet pas d’éliminer les microorganismes qui pénètrent dans les voies respiratoires distales. Un nombre limité d’organismes ont été impliqués dans des infections chroniques. Les infections sont causées par des organismes fréquemment observés dans la population pédiatrique non-CF, tels que S pneumoniae, H influenzae et S aureus. Plus tard dans l’enfance ou l’adolescence, P aeruginosa devient le pathogène le plus important impliqué dans l’infection pulmonaire chronique et le poumon concomitant. Les souches de P aeruginosa s’adaptent au stress hypoxique des sécrétions mucoïdes retenues en se transformant en biofilm. Mode de croissance Les colonies mucoïdes Les pathogènes nosocomiaux tels que S maltophilia et Achromobacter xylosoxidans peuvent être acquis lors d’une visite hospitalière ou clinique. Le complexe Burkholderia cepacia est un pathogène très important chez ces patients B cepacia génomovar III B cenocepac ia est hautement pathogène et est responsable du déclin rapide et de la mort chez un sous-groupe de patients qui acquièrent les clones virulents. Des techniques microbiologiques spéciales sont nécessaires pour récupérer et différencier le complexe B cepacia des souches mucugoïdes P aeruginosa. augmentation de leur fréquence de récupération, mais dont le rôle dans la pathogenèse de la maladie pulmonaire CF est encore peu clair, comprennent les glaïeuls B, Ralstonia spp, Cupriavidus spp, et Pandorea

Wabsa; autres échantillons respiratoires Conteneur stérile, RT, h; Haemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Bacillus entériques Pseudomonas aeruginosa Stenotrophomonas maltophilia Achromobacter spp. Complexe Burkholderia cepacia Culture à l’aide de gélose sélective Burkholderia cepacia Gorge de la gorge, crachats expectorés; autres cultures respiratoires Récipient stérile, RT, h; & gt; – h, ° C Baguettes gram-négatives non fermentantes au glucose opportuniste Culture Expectorations expectorées; gorge swabsa; autres échantillons respiratoires Conteneur stérile, RT, h; & gt; – h, ° C Burkholderia gladioli Ralstonia spp Cupriavidus spp Pandorea spp Mycobacterium spp Mycobacterium abscessus Culture de mycobactéries Expectorations expectorées, cultures obtenues par bronchoscopie; autres cultures respiratoires Récipient stérile, RT, h; & gt; – h, ° C Complexe de Mycobacterium avium Culture de mycobactéries Champignons Aspergillus spp Calcofluor -KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée, cultures obtenues par bronchoscopie; autres cultures respiratoires Récipient stérile, RT, h; Scedosporium spp Trichosporon Culture fongique Virus RSV Détection rapide d’antigènes Aspirations nasales, lavages nasaux, tampons NP, lavages de gorge, prélèvements de gorge; échantillons obtenus par bronchoscopie Transport dans des milieux de transport viraux, RT ou ° C, d; – ° C, & gt; d Influenza DFA Adénovirus Méthodes de culture virale Rhinovirus NAATb Coronavirus Virus parainfluenza Métapneumovirus humain Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Bactéries à temps de transport optimal Staphylococcus aureus Culture Expectorations expectorées; gorge swabsa; autres échantillons respiratoires Conteneur stérile, RT, h; Haemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Bacillus entériques Pseudomonas aeruginosa Stenotrophomonas maltophilia Achromobacter spp. Complexe Burkholderia cepacia Culture à l’aide de gélose sélective Burkholderia cepacia Gorge de la gorge, crachats expectorés; autres cultures respiratoires Récipient stérile, RT, h; & gt; – h, ° C Baguettes gram-négatives non fermentantes au glucose opportuniste Culture Expectorations expectorées; gorge swabsa; autres échantillons respiratoires Conteneur stérile, RT, h; & gt; – h, ° C Burkholderia gladioli Ralstonia spp Cupriavidus spp Pandorea spp Mycobacterium spp Mycobacterium abscessus Culture de mycobactéries Expectorations expectorées, cultures obtenues par bronchoscopie; autres cultures respiratoires Récipient stérile, RT, h; & gt; – h, ° C Complexe de Mycobacterium avium Culture de mycobactéries Champignons Aspergillus spp Calcofluor -KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée, cultures obtenues par bronchoscopie; autres cultures respiratoires Récipient stérile, RT, h; Scedosporium spp Trichosporon Culture fongique Virus RSV Détection rapide d’antigènes Aspirations nasales, lavages nasaux, tampons NP, lavages de gorge, prélèvements de gorge; échantillons obtenus par bronchoscopie Transport dans des milieux de transport viraux, RT ou ° C, d; – ° C, & gt; d Influenza DFA Adénovirus Méthodes de culture virale Rhinovirus NAATb Coronavirus Virus parainfluenza Métapneumovirus humain Abréviations: DFA, anticorps fluorescent direct; KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Jeunes enfants & lt; ans seulement; Les lecteurs doivent vérifier auprès de leurs laboratoires les caractéristiques de disponibilité et de performance, y compris certaines limitations. Voir les patients atteints de mucoviscidose qui ont survécu jusqu’à l’âge adulte, opportunistes. Des éléments pathogènes tels que les mycobactéries non tuberculeuses ont été isolés avec une fréquence croissante. Des preuves suggèrent que l’abcès M et le complexe M avium contribuent à la destruction des poumons et devraient être traités lorsque les cultures sont positives. La culture mycobactérienne doit être ajoutée aux cultures de routine que les années d’âge qui présentent des exacerbations, car l’incidence des espèces de Mycobacterium est probablement sous-estimée en raison de l’échec de l’évaluation systématique des patients pour ces organismes Aspergillus fumigatus est le champignon le plus fréquemment retrouvé chez les patients atteints de mucoviscidose. Scophosporium apiospermum peut causer un syndrome similaire Exophiala dermatitidis a été rapporté par certains centres pour provoquer la colonisation chronique des voies respiratoires CF Trichosporon mycotoxinivorans est un pathogène nouvellement reconnu qui a une propension à causer la maladie chez les patients atteints de fibrose kystique Tableau VI- résume les organismes les plus susceptibles de provoquer une exacerbation des symptômes pulmonaires chez les patients atteints de mucoviscidose [,,,] Bien qu’un certain nombre de bacilles Gram négatif non fermentants soient fréquemment récupérés des expectorations de ces patients, leur rôle dans la maladie pulmonaire est inconnu à ce moment ou peu susceptible d’être significatif Ces organismes n’ont pas été inclus dans le tableau Les laboratoires devraient dépenser des ressources sur les pathogènes prouvés ou susceptibles de jouer un rôle significatif dans le déclin pulmonaire chez ces patients

F Pneumonie chez l’hôte immunodéprimé

Les progrès des traitements anticancéreux, de l’immunologie des transplantations et des thérapies contre les maladies auto-immunes et le VIH ont élargi la population de patients gravement immunodéprimés Les infections pulmonaires sont les syndromes les plus fréquents contribuant à la morbidité et à la mortalité sévères de ces groupes de patients. et le défi pour les cliniciens et les microbiologistes est de différencier rapidement les causes infectieuses et non infectieuses des infiltrats pulmonaires. La probabilité d’une infection spécifique peut être affectée par une prophylaxie récemment administrée. Le tableau VI se concentre sur les principales étiologies infectieuses susceptibles d’intéresser la plupart des hôtes immunodéprimés Les patients sont toujours vulnérables aux causes bactériennes et virales habituelles de la PAC et HAP En outre, les champignons, les herpesvirus, et les protozoaires jouent un rôle plus important et doivent être considérés

llus spp Calcofluor -KOH ou autre tache fongique Expectoration expectorée Tasse ou tube stérile RT, h; ° C, – h Culture fongique Ecouvillon induit Echantillons obtenus par bronchoscopie Tissu Galactomannan – β-D-glucane Sérum Caillot ° C, ≤ d; & gt; d, – ° C BALb Récipient stérile pour BAL RT, h; ° C, -h Fusarium spp Calcofluor -KOH; ou autre tache fongique Expectoration expectorée Tasse ou tube stérile RT, h; ° C, – h Culture fongique Ecouvillon induit Histologie / Coloration GMS Echantillons obtenus par bronchoscopie Gobelet ou tube stérile RT, h; ° C, – h Tissu pulmonaire Contenant en formaline, RT, – d Culture de sang fongique voir la section de culture sanguine Sang en flacon aérobie ou tube de lyse-centrifugation RT, h Zygomycètes tels que Rhizopus, Mucor, Absidia spp Calcofluor -KOH ou autre tache fongique Expectoration expectorée Tasse ou tube stérile RT, h; Pseudoallescheria boydii Pseudoallescheria boydii Culture fongique Ecouvillon induit Echantillons obtenus par bronchoscopie Tissu pulmonaire Histoplasma capsulatum Calcofluoro- KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée Récipient stérile RT, h; ° C, – Culture fongique Ecouvillon induit Echantillons obtenus par bronchoscopie Tissu pulmonaire Culture de sang fongique voir la section hémocultures Sang en flacon hémisphérique aérobie ou tube de lyse-centrifugation RT, h Test antigénique Sérum, urine, BAL, liquide pleural si applicable Caillot tube pour sérum RT, d; ° C, – d Récipient stérile pour d’autres échantillons ° C, ≤ d Sérologie CF Sérum RT, d; ° C, – d Coccidioides immitis / posadasii Calcofluor -KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée Récipient stérile RT, h; ° C, – h Culture fongique Ecouvillon induit Echantillons obtenus par bronchoscopie Tissu pulmonaire Anticorps sériques IgM ID, LA, EIA Sérum Tube de caillot RT, d; ° C, – d IgG anticorps CF, EIA Autres champignons endémiques Calcofluor -KOH ou autre colorant fongique Expectoration expectorée Récipient stérile RT, h; ° C, – h Culture fongique Ecouvillon induit Echantillons obtenus par bronchoscopie Tissu pulmonaire Test d’antigène Blastomyces Sérum, urine, BAL, liquide pleural si applicable Tube de caillot pour sérum RT, d; ° C, – d Récipient stérile pour d’autres échantillons ° C, ≤ d Parasites Toxoplasma gondii Microscopie-Giemsa tache frottis Tissu crachat induit Récipient stérile RT, h; ° C, & gt; – NAATa Echantillons obtenus par bronchoscopie Tissus pulmonaires Contenant en formol, RT, – d Détection d’anticorps IgM Sérum Caillot de coagulation RT, d; ° C, – d Enterocytozoon bieneusi Microsporidiose Taches histologiques Tissu pulmonaire Contenant en formol, RT, – d Trichrome modifié tache Expectoration induite Récipient stérile RT, h; ° C, – NAAT Echantillons obtenus par bronchoscopie Cryptosporidiose Tache colorante acide modifiée DFA NAATa Taches histologiques Tissu pulmonaire Boîte en formol, RT, – d Strongyloides stercoralis Examen microscopique en milieu humide des échantillons liquides pour les formes larvaires Expectoration induite Récipient stérile RT, h; ° C, – h Culture consulter le laboratoire pour la disponibilité Spécimens obtenus par bronchoscopie Taches histologiques Tissus pulmonaires Contenant en formaline, RT, – d Abréviations: AFB, bacille acido-résistant; BAL, lavage broncho-alvéolaire; BCYE, extrait de levure de charbon de bois tamponné; PAC, pneumonie acquise dans la communauté; CF, fixation du complément; DFA, test d’immunofluorescence directe; EIA, immunodosage enzymatique; HAP, pneumonie associée aux soins de santé; ID, immunodiffusion; KOH, hydroxyde de potassium; LA, agglutination au latex; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Aucun test approuvé par la FDA n’est actuellement disponible et la disponibilité est spécifique au laboratoire Le fournisseur doit vérifier auprès du laboratoire la source optimale des échantillons, les caractéristiques de performance et les délais d’exécution. les tests et les diagnostics viraux rapides ne sont pas révélateurs, des procédures plus définitives pour prélever des échantillons pulmonaires sont nécessaires Plusieurs procédures diagnostiques peuvent être pratiquées mais habituellement le patient subit une bronchoscopie avec lavage broncho-alvéolaire avec ou sans biopsie transbronchique Il est suggéré que les laboratoires de microbiologie collaborent avec les maladies infectieuses les médecins et les pneumologues développent un algorithme de traitement des échantillons comprenant des tests pour toutes les grandes catégories d’agents pathogènes résumés dans le tableau Analyse cytologique et / ou histopathologie souvent nécessaires pour interpréter l’importance du NAAT positif ou de la culture pour les herpèsvirus, par exemple, et pour diagnostiquer définitivement les champignons filamenteux. Cependant, l’histopathologie seule n’est pas assez sensible pour diagnostiquer les infections fongiques et devrait être accompagnée d’immunocolorant, de culture et, si possible, de TAAN En outre, sérum et BAL Les tests de galactomannane et de sérum-β-D-glucane peuvent être utiles Cependant, la cytologie et / ou l’histopathologie sont très utiles pour distinguer des conditions telles que l’hémorragie pulmonaire et le rejet de causes infectieuses d’infiltrats. et un poumon ouvert peut également être envisagé si les diagnostics moins invasifs ne sont pas révélateurs

VII INFECTIONS DU TRACTUS GASTRO-INTESTINAL

Les infections gastro-intestinales gastro-intestinales comprennent une grande variété de pathologies et d’agents infectieux. Pour plusieurs de ces infections, en particulier la diarrhée non inflammatoire et la gastro-entérite aiguë de courte durée, aucun test de laboratoire n’est recommandé . Points clés pour le diagnostic en laboratoire des infections gastro-intestinales: • Le diagnostic de maladie diarrhéique est posé sur les selles diarrhéiques, pas sur les selles formées ni sur un écouvillon. • Les tests d’amplification de la toxine ou de l’acide nucléique fait sur les selles diarrhéiques, selles non formées, sauf si le médecin constate que le patient a un iléus

Une oesophagite

L’œsophagite est le plus souvent causée par des affections non infectieuses, telles que le reflux gastro-oesophagien. Des causes infectieuses sont souvent observées chez les patients immunodéprimés. Tableau VII – calcofluor, hydroxyde de potassium KOH ou coloration Gram des brossages œsophagiens avec examen histopathologique et culture virale de biopsies œsophagiennes. le diagnostic dans la plupart des cas

Tableau VII – Diagnostic en laboratoire de l’œsophagite Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Candida spp Tache calcofluor-KOH Brossage oesophagien ou biopsie Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Examen histopathologique Biospy oesophagien Conteneur en formaline, RT, – d Herpex virus simplex HSV Culture Brossage oesophagien ou biopsie Dispositif de transport viral, sur glace, immédiatement Direct coloration fluorescente Test d’amplification des acides nucléiques TAAN Brossage oesophagien ou biopsie Conteneur fermé, RT, h Examen histopathologique Biopsie œsophagienne Contenant en formaline, RT, – d Cytomégalovirus CMV Culture Brossage œsophagien ou biopsie Dispositif de transport viral, sur glace, immédiatement Coloration fluorescente directe NAAT Brossage œsophagien ou biopsie Conteneur fermé, RT, h Coloration immunohistochimique Biopsie œsophagienne Conteneur en formaline, RT, – d Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Candida spp Tache calcofluor-KOH Brossage oesophagien ou biopsie Conteneur stérile, RT, h Culture fongique Examen histopathologique Biospy oesophagien Conteneur en formaline, RT, – d Herpex virus simplex HSV Culture Brossage oesophagien ou biopsie Dispositif de transport viral, sur glace, immédiatement Direct coloration fluorescente Test d’amplification des acides nucléiques TAAN Brossage oesophagien ou biopsie Conteneur fermé, RT, h Examen histopathologique Biopsie œsophagienne Contenant en formaline, RT, – d Cytomégalovirus CMV Culture Brossage œsophagien ou biopsie Dispositif de transport viral, sur glace, immédiatement Coloration fluorescente directe NAAT Brossage œsophagien ou biopsie Conteneur fermé, RT, h Coloration immunohistochimique Biopsie œsophagienne Contenant en formaline, RT, – d Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; KOH, hydroxyde de potassium; RT, température ambianteVoir Grand

B Gastrite

Les tests invasifs et non invasifs Tableau VII- sont disponibles pour aider au diagnostic de l’infection H pylori, l’étiologie infectieuse majeure de la gastrite Les tests invasifs tels que la coloration de Gram et la culture des tissus endoscopiques, la coloration histopathologique et les tests directs d’uréase La collecte d’échantillons de biopsie obtenus pendant l’endoscopie chez des patients n’ayant pas reçu d’agents antimicrobiens ou d’inhibiteurs de la pompe à protons dans les semaines précédant le prélèvement et présentant des risques plus importants pour le patient. Les patients peuvent éviter l’endoscopie et la biopsie gastrique Ils sont également utiles pour tester l’éradication des organismes après le traitement Le test d’urée est effectué en clinique Le patient ingère un cocktail contenant de l’urée marquée C et – quelques minutes plus tard, un échantillon d’haleine est prélevé. analyse de la présence de CO marqué au C comme indication de la présence de H pylori dans l’estomac. Les tests non invasifs sont également utiles pour tester l’éradication de l’organisme après la thérapie; le test respiratoire à l’urée a une sensibilité légèrement plus élevée que la détection de l’antigène des selles. Le sérodiagnostic a une sensibilité inférieure à% et une spécificité de% et n’est pas utile pour le test de guérison après la thérapie.

Tableau VII – Diagnostic en laboratoire des agents étiologiques de gastrite Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Helicobacter pylori H test de l’antigène des selles Pylori Selles spécimen Conteneur fermé, RT, h Souffle d’urée Souffle radiomarqué Dispositif de prélèvement spécial Coloration de Gram Deux biopsies d’antre et deux biopsies de corpus postérieur Conteneur stérile, RT, immédiatement H pylori culturea Examen histopathologique comme ci-dessus Conteneur Formalin, RT, – d Tests d’uréase tissulaire à base d’agar ou rapideb Idem ci-dessus Conteneur fermé, RT, h Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Helicobacter pylori H test de l’antigène des selles Pylori Selles spécimen Conteneur fermé, RT, h Souffle d’urée Souffle radiomarqué Dispositif de prélèvement spécial Coloration de Gram Deux biopsies d’antre et deux biopsies de corpus postérieur Conteneur stérile, RT, immédiatement H pylori culturea Examen histopathologique comme ci-dessus Conteneur Formalin, RT, – d Tests d’urease tissulaire ou rapide à base d’agar b Comme ci-dessus Récipient fermé, RT, h Abréviation: RT, température ambiante La coloration de Gram et la culture de spécimens de selles correctement collectés et transportés ont une sensibilité de examen histopathologique La culture n’est pas toujours disponibleb Les tests à base d’agar ou d’uréase rapide ont une sensibilité légèrement inférieure à% -% mais offrent l’avantage de fournir des résultats rapides. Ils peuvent être effectués en laboratoire ou en laboratoire. sur le liquide gastrique, la brosse orogastrique ou les spécimens de “ficelle”, ils ont une sensibilité inférieure à poule exécutée sur des spécimens de biopsieView Large

C Gastro-entérite, diarrhée infectieuse et induite par des toxines

Les infections gastro-intestinales englobent une grande variété de symptômes et d’agents infectieux reconnus. Tableau VII- L’approche diagnostique appropriée des maladies diarrhéiques est déterminée par l’âge, la gravité de la maladie, la durée et le type de maladie, la période de l’année et la localisation géographique. Pour les maladies diarrhéiques sévères, sanglantes, fébriles, dysentériques, nosocomiales ou persistantes Communication avec le laboratoire est nécessaire pour déterminer quels organismes, méthodes et paramètres de dépistage sont inclus dans la culture entérique entérale de routine La plupart des laboratoires auront la capacité de culture pour Salmonella, Shigella, Campylobacter et test de dépistage d’Escherichia coli productrices de Clostridium difficile et de Shiga Consulter le laboratoire si d’autres agents pathogènes sont suspectés; des milieux spéciaux peuvent être nécessaires Le spécimen de choix est le selle diarrhéique, c’est-à-dire qu’il prend la forme du récipient. Des tests TAAN sont en cours de développement et seront éventuellement le premier test de choix; Actuellement, un seul panel commercial a reçu l’autorisation de la FDA, bien que des NAAT individuels Shiga-toxin soient disponibles

Le dépistage des toxines est pratiqué dans de nombreux laboratoires publics de santé publique et au Centre de contrôle et de prévention des maladies. La culture peut être effectuée sur les excréments et les plaies, mais le rendement est faible et la plupart des laboratoires expertise nécessaire pour isoler et identifier cet organisme Clostridium difficileDiverses méthodes ont été utilisées pour le diagnostic en laboratoire de l’infection causée par Clostridium difficile La culture toxigène est probablement la plus sensible et la plus spécifique des tests de détection du C difficile. Comparé à la culture toxigénique, le dosage de la cytotoxine a une sensibilité de% à%. Le dosage de la cytotoxine nécessite – heures et nécessite également beaucoup de travail. Ainsi, la détection des toxines par immunoanalyse enzymatique ou méthodes immunochromatographiques a été effectuée Ces tests ont rapporté une sensibilité de% -% mais sont significativement plus vite avec les résultats disponibles dans & lt; L’utilisation d’un test qui détecte à la fois la toxine A et la toxine B améliore la sensibilité. Avec la disponibilité des tests TAAN, les EIA pour la toxine seule ne sont plus recommandées comme tests autonomes.Les tests d’amplification de l’acide nucléique pour détecter le C difficile sont disponibles. considéré comme le test de choix pour le diagnostic d’entérocolite due au C difficile Ils ont signalé une sensibilité de% -% Pour réduire les délais et les coûts, certains laboratoires peuvent utiliser un algorithme de dépistage rapide de l’antigène glutamate déshydrogénase GDH avec ou sans toxine. Une détection A et B suivie d’une confirmation par cytotoxine ou TAAN où le test NAAT doit être utilisé si les résultats de l’antigène GDH et de la toxine ne concordent pas Cet algorithme permet à la fois la déclaration rapide de la plupart des échantillons négatifs et la sensibilité des tests cytotoxiques ou NAAT. dans les retards dans le diagnostic qui vont de quelques heures à quelques jours, en fonction de la plate-forme d’essai de laboratoire Les échantillons de selles diarrhéiques ne sont pas des selles formées ou des prélèvements rectaux sont nécessaires pour le diagnostic de la maladie Cdifficile et non de la colonisation. Le spécimen doit être suffisamment lâche pour prendre la forme du récipient. Les selles formées doivent être rejetées de manière appropriée par le laboratoire. Les selles formées de patients atteints d’iléus ou de mégacôlon toxique potentiel, tel que noté par le médecin, doivent être testées. Il ne faut pas répéter les tests antérieurs positifs comme «test de guérison». Il ne faut pas répéter les tests négatifs des TAAN à Depuis, une augmentation de la morbidité et de la mortalité associées au C difficile a été signalée aux États-Unis, au Canada et au Royaume-Uni. La souche épidémique est le toxinotype III, NAP PFGE nord-américain et PCR-ribotype NAP / Il porte les gènes de la toxine binaire cdtA et cdtB et une délétion bp dans tcdC Il produit à la fois la toxine A et la toxine B Un FDA disponible dans le commerce La gravité de la maladie serait due à l’hyperproduction de toxines L’association de la toxine binaire avec la sévérité de la maladie est controverséeParasitesLe nombre de spécimens à soumettre à l’examen parasitologique peut être être un sujet controversé Historiquement, en utilisant des procédures microscopiques conventionnelles, il a été recommandé que les spécimens collectés sur une période de un jour soient soumis à un examen O & P. quand le premier est négatif et le patient reste symptomatique, avec un troisième spécimen soumis seulement si le patient continue d’être O & amp; P négatif et symptomatique Utilisation ciblée des tests immunologiques pour les parasites les plus communs basés sur la géographie, la démographie des patients, et la demande du médecin , peut également être utilisé comme un écran avec seulement les patients négatifs w Les tests immunologiques pour Giardia sont suffisamment sensibles pour qu’un seul échantillon soit nécessaire. taches spéciales sur les éprouvettes et les recommandations du fabricant pour le spécimen fixatif Polyvinyl alcool PVA est l’étalon-or; cependant, en raison de la présence de chlorure mercurique, des modifications qui n’emploient pas de mercure ont été développées. Aucun de ces conservateurs modifiés n’autorise le même niveau de détail microscopique, bien qu’avec l’expérience, ils constituent des alternatives acceptables. Dans les procédures de routine, E histolytica pathogène ne peut pas être différencié de E dispar non pathogène en utilisant des critères morphologiques, de sorte que le rapport de laboratoire peut indiquer E histolytica / dispar Seul un immunoessai ou NAAT peut différencier ces organismes

D Proctitis

La proctite est le plus souvent due à des agents sexuellement transmissibles, conséquence d’un contact anale-génital, bien que des abcès ou des infections péridurales de la plaie puissent présenter des symptômes similaires. Un échantillon est généralement suffisant pour le diagnostic.

Tableau VII – Diagnostic en laboratoire des agents étiologiques de la proctite Méthodes de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Neisseria gonorrhoeae Culture aérobie de routine utilisant des milieux pour la récupération de N gonorrhoeae Ecouvillon rectal Ecouvillon dans le milieu de transport Amies ou Stuart, RT, h Neisseria gonorrhoeae NAATa Ecouvillon rectal Le transport dépend du fabricant Chlamydia trachomatis Chlamydia trachomatis Coloration immuno-fluorescente Ecouvillon rectal Transport est le virus de l’herpès simplex dépendant du fabricant Culture virale Écouvillon rectal Milieu de transport viral, RT, h, glace humide si & gt; h Treponema pallidium RPR ou VDRL avec test spécifique confirmant T pallidum ou syphilis IgG Sérum Caillot de Caillot, RT, h Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Neisseria gonorrhoeae Culture aérobie de routine utilisant des milieux pour la récupération de N gonorrhoeae Ecouvillon rectal Ecouvillon dans le milieu de transport Amies ou Stuart, RT, h Neisseria gonorrhoeae NAATa Ecouvillon rectal Le transport dépend du fabricant Chlamydia trachomatis Chlamydia trachomatis Coloration immuno-fluorescente Ecouvillon rectal Transport est le virus de l’herpès simplex dépendant du fabricant Culture virale Écouvillon rectal Milieu de transport viral, RT, h, glace humide si & gt; h Treponema pallidium RPR ou VDRL avec test spécifique confirmant T pallidum ou syphilis IgG Sérum Clot tube, RT, h Abréviations: NAAT, test d’amplification des acides nucléiques; RT, température ambiante Ce n’est pas une source d’échantillon approuvée par la FDA Disponibilité des tests sur ce type d’échantillon est spécifique au laboratoire basée sur la validation de laboratoire individuelle Le fournisseur doit vérifier avec le laboratoire pour l’échantillon optimal et le temps de rotation

VIII INFECTIONS INTRAABDOMINALES

Cette section est conçue pour optimiser les activités du laboratoire de microbiologie afin d’obtenir la meilleure approche pour identifier les micro-organismes associés aux péritonites et aux abcès intrapéritonéaux, aux abcès hépatiques et spléniques, à la pancréatite et aux infections des voies biliaires. microbiome du tractus gastro-intestinal et génito-urinaire, les protocoles de culture contemporaine évolueront sûrement pour s’adapter à de nouvelles informations émergentes. L’utilisation future de l’amplification génique et du séquençage pour identifier les microorganismes dans ces infections montrera probablement que pour chaque organisme actuellement identifié par la culture il y aura plusieurs fois que ce nombre ne peut être cultivé en utilisant les technologies actuelles Pour rester concentré sur les méthodes contemporaines actuellement disponibles dans le laboratoire de microbiologie diagnostique, les tableaux décrivent les agents les plus probables de chaque entité. Tableau VIII- et comment mieux évaluer la situation avec les techniques existantes VIII-Facteurs à prendre en compte lors de la collecte des échantillons pour le diagnostic en laboratoire des infections intra-abdominales:

Tableau VIII – Agents étiologiques impliqués dans les infections intra-abdominales Enterobacteriaceae Gram négatif; Tiges positives à l’oxydase Gram-négatives Non-germes Cocci Gram positif Tiges Gram-positives Anaérobes N gonorrhoeae C trachomatis Mycobacterium spp Levures Champignons Dimorphiques Moisissures Parasites Virus Péritonite / Ascite bactérienne spontanée X X X X X X Péritonites secondaires X X X X X X X X X Péritonite tertiaire X X X X X X Péritonite péritonéale associée à la dialyse X X X X X X Lésions du foie X X X X X X X Infections de l’arbre biliaire X X X X X Abcès splénique X X X X X X X X Infections pancréatiques secondaires X X X X Enterobacteriaceae Gram négatif; Tiges positives à l’oxydase Gram-négatives Non-germes Cocci Gram positif Tiges Gram-positives Anaérobes N gonorrhoeae C trachomatis Mycobacterium spp Levures Champignons Dimorphiques Moisissures Parasites Virus Péritonite / Ascite bactérienne spontanée X X X X X X Péritonites secondaires X X X X X X X X X Péritonite tertiaire X X X X X X Péritonite péritonéale associée à la dialyse X X X X X X Lésions du foie X X X X X X X Infections de l’arbre biliaire X X X X X Abcès splénique X X X X X X X X Infections pancréatiques secondaires X X X X Voir grand

Occus Sérum RT pour & lt; min, puis ° C Congeler – ° C si expédition au laboratoire de référence Infections pancréatiques secondaires Culture aérobie et anaérobie Aspirer de la lésion Transport anaérobie à la température ambiante Si & gt; h, ° C Tache de Gram avant la culture Culture de sang – définit RT; ne pas réfrigérer la culture fongique et la microscopie au caloporteur à KOH – ml d’aspiration ou de tissu RT; si & gt; h, ° C Procédure de diagnostic de l’état Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Temps de transport optimal Péritonite bactérienne spontanée / ascite Culture aérobie et anaérobie – mL de liquide péritonéal concentré et RT; si & gt; h, ° C Péritonite secondaire; Péritonite tertiaire Gram tache avant la culture Échantillon dans la culture sanguine Bottle péritonéale Péritonite associée à la dialyse Culture de sang – ensembles de flacons d’hémoculture RT, ne pas réfrigérer AFB tache et la culture Mycobacterium Liquide péritonéal, aspirer ou tissus RT & lt; h ou ° C NAATb Culture fongique et microscopie au KOH ou au blanc de calcofluor Fluide péritonéal, aspiration ou tissu RT & lt; h ou ° C Microscopie pour les ovules et les parasites selles, liquide péritonéal, bile, aspirine duodénale Selles de transport dans un flacon de transport de parasites; d’autres & lt; h at RT Lésions occupant l’espace du foie Culture aérobie et anaérobie Aspiration des lésions Transport anaérobie; RT, si & gt; h, ° C Spécimen de coloration de Gram avant culture Culture de sang – mise en flacons de culture sanguine RT, ne pas réfrigérer Cultures pour N gonorrhoeae et C trachomatis Aspirations de lésions Pour N gonorrhoeae: transport de charbon de Amies, RT C trachomatis peut inclure un tampon de foie ou péritoine environnant Pour C trachomatis: milieu de transport de Chlamydia à ° C NAAT pour N gonorrhoeae et C trachomatis Urethra, écouvillons approuvés pour prélèvements pelviens, ou cupule stérile urinaire RT pour & lt; h ou ° C Culture fongique et KOH ou microscopie au blanc de calcofluor – mL de fluide RT, si & gt; h, ° C Serologie Sérum Tube de caillot, RT, h Détection d’antigène pour Entamoeba histolytica Foie aspiré RT pour & lt; min, puis ° C Congélation – ° C en cas d’expédition au laboratoire de référence Infections de l’arbre biliaire Culture aérobie et anaérobie Aspiration de la lésion Dispositif de transport anaérobie; RT, si & gt; h, ° C Tache de Gram avant culture Culture de sang – met RT; ne pas réfrigérer tache AFB et la culture Fluide ou tissu ≤ h à RT ou ° C Ova et parasite examen Selles, liquide péritonéal, la bile ou l’aspiration duodénale Conteneur fermé, RT, & lt; h Flacon de transport O & P, RT, – h Culture virale ou TAAN Aspirat ou biopsie pour CMV Transport viral & lt; h à RT Si & gt; h, congeler – ° C Sérologie pour Entamoeba histolytica Sérum RT pour & lt; min, puis ° C Congeler – ° C si expédition au laboratoire de référence Abcès splénique Culture aérobie et anaérobie Aspirer de la lésion Transport anaérobie à température ambiante Si & gt; h, ° C Tache de Gram Culture de sang – définit RT; Ne réfrigérez pas la tache de AFB et la culture RT de fluide ou de tissu Si & gt; h, ° C Mycobacterium NAAT peut être faitb Culture fongique et KOH ou microscopie blanche de calcofluor – mL d’aspiration ou de tissu RT Si & gt; h, ° C Sérologie pour Entamoeba et Echinococcus Serum RT pour & lt; min, puis ° C Congeler – ° C si expédition au laboratoire de référence Infections pancréatiques secondaires Culture aérobie et anaérobie Aspirer de la lésion Transport anaérobie à la température ambiante Si & gt; h, ° C Tache de Gram avant la culture Culture de sang – définit RT; ne pas réfrigérer la culture fongique et la microscopie au caloporteur à KOH – ml d’aspiration ou de tissu RT; si & gt; h, ° C Abréviations: AFB, bacille acido-résistant; CMV, cytomégalovirus; KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Si la coloration de Gram révèle de multiples morphologies d’organismes, ne pas inoculer des flacons d’hémoculture avec le liquide car la croissance bactérienne compétitive pourrait masquer la récupération de pathogènes cliniquement significatifs. Des cultures anaérobies de liquide péritonéal ne sont nécessaires qu’en cas de péritonite secondaire. et ne doit jamais se substituer à la culture en raison de la sensibilité variable. Vérifier auprès du laboratoire de microbiologie pour les conditions de transport Pas de NAAT commercial pour les mycobactéries disponibles pour les échantillons non respiratoiresc Procédure à utiliser en cas de péritonite secondaire dans des situations cliniques appropriées • Le laboratoire a besoin de l’échantillon – pas un écouvillon de l’échantillon Une quantité suffisante d’échantillon doit être prélevée pour permettre au laboratoire de microbiologie d’effectuer tous les tests nécessaires • Le spécimen de choix pour un abcès est un échantillon du contenu plus un échantillon de la paroi de l’abcès • Le pus seul peut ne pas révéler l’agent étiologique puisque les PMN peuvent avoir détruit la preuve morphologique de l’invasion microbienne • Alors que la plupart des tests moléculaires ont une excellente sensibilité, un test TAAN de Mycobacterium tuberculosis devrait être ajouté à une culture Aucune méthode commerciale actuelle n’est autorisée par la FDA pour ces spécimens, les laboratoires doivent donc avoir validé le test qu’ils utilisent. • Si la tuberculose M est présente, il s’agit généralement d’un signe de maladie disséminée qui doit faire l’objet d’une enquête approfondie.

Une péritonite bactérienne spontanée et ascite

En cas de péritonite bactérienne spontanée SBP, la source des organismes envahisseurs est inconnue, et le syndrome peut également être vu chez les patients présentant des facteurs de risque préexistants tels que la cirrhose avec ascite SBP a tendance à être monomicrobienne et causée par des organismes aérobies du tractus intestinal; Par conséquent, les cultures anaérobies ont moins de valeur. Fluide suffisant, p. ex., – mL si possible, doit être obtenu pour permettre la concentration par centrifugation et une cytocentrification de Gram. Au minimum, au moins 1 mL de liquide péritonéal et non des écouvillons doivent être recueillis de façon aseptique. transporté au laboratoire avant l’administration des agents antimicrobiens Les analyses de laboratoire supplémentaires doivent inclure l’analyse des protéines, du nombre de cellules et du taux différentiel, la concentration en lactate et le pH ainsi que des ensembles de cultures sanguines pour l’identification de la bactériémie concomitante. et les infections du fluide d’ascite ont tendance à être monomicrobiennes, une bouteille de culture sanguine aérobie peut être inoculée avec un volume de liquide dépendant du système de culture sanguine si la présence d’un organisme unique est raisonnablement certaine Une coloration de Gram peut être utilisée avant l’inoculation du bouillon pour évaluer la morphologie des organismes présents Depuis la différenciation entre SBP et s Péritonite econdaire peut être incertaine, il peut être bénéfique de soumettre le liquide péritonéal dans un récipient stérile pour la culture conventionnelle et la coloration ainsi que inoculer des flacons de sang au chevet avec le fluide séquençage et S PCR peut être utilisé pour identifier les isolats présents dans ces échantillons si ces techniques sont disponibles au laboratoire Dans les prochaines années, le séquençage de prochaine génération sera capable d’analyser ces spécimens pour déterminer la charge microbienne totale par espèce. Si plus de type morphologique est noté dans la coloration de Gram, un bouillon ne doit pas être inoculé L’inconvénient de l’utilisation de flacons d’hémoculture avec un liquide autre que le sang est que tous les systèmes n’ont pas été évalués à cette fin. En outre, les cultures en bouillon ne reflètent pas fidèlement la charge bactérienne ou la variété des organismes au moment de l’obtention. d’un véritable agent pathogène peut être obscurcie par la prolifération d’un organisme à croissance plus rapide. La culture négative entraîne la ses indicateurs d’infection devraient conduire à une évaluation pour des organismes exigeants ou à croissance lente tels que Mycobacterium spp, les champignons, Chlamydia trachomatis, ou Neisseria gonorrhoeae

B Péritonite secondaire

Le diagnostic de péritonite secondaire dépend de l’identification d’une source de microorganismes envahisseurs, généralement la flore génito-urinaire ou gastro-intestinale. Il existe de nombreuses causes de péritonite secondaire, y compris traumatisme iatrogène ou accidentel, appendice ou diverticule perforé, typhlite ou abcès intra-abdominal. cependant, la péritonite secondaire tend à être polymicrobienne et peut inclure la flore anaérobie. Les organismes tels que S aureus, N gonorrhoeae et Mycobacterium spp sont inhabituels dans ce contexte. Les étiologies courantes comprennent les bâtonnets Gram négatif aérobies et anaérobies Bacteroides spp, E coli, Klebsiella spp, Flore à Gram positif Clostridium spp, Enterococcus spp, Bifidobacterium spp, Peptostreptococcus spp En cas de suspicion de typhlite, les tests de toxine C difficile, les cultures de selles pour pathogènes entériques et les hémocultures doivent être demandés. En outre, C septicum doit être pris en compte dans l’entérocolite neutropénique. être envoyé au laboratoire dans un anaero Système de transport bic pour coloration de Gram et cultures bactériennes aérobies et anaérobies L’inoculation de flacons d’hémoculture avec du liquide péritonéal n’est pas appropriée dans ce contexte, car la croissance bactérienne compétitive dans les bouillons de culture pourrait masquer la récupération de pathogènes cliniquement importants. Le laboratoire de microbiologie doit également être contacté si N gonorrhoeae est préoccupant car un traitement spécial ou NAAT ce type de spécimen n’a pas de commerce autorisé par la FDA. En raison de la nature polymicrobienne de la péritonite secondaire, les cliniciens ne doivent pas s’attendre à une identification ou à un test de sensibilité de tous les organismes isolés. Le laboratoire doit fournir une description générale des résultats de culture, par exemple, flore intestinale mixte aérobie et anaérobie. identifiant sélectif l’intoxication de certains organismes comme le SARM, Streptococcus β-hémolytique, bacilles Gram négatif multirésistants, ERV, etc pour guider la thérapie antimicrobienne empirique [,,] Les patients qui ne répondent pas à la thérapie conventionnelle devraient avoir des échantillons supplémentaires recueillis à examiner la présence d’organismes résistants ou la présence d’abcès intra-abdominaux

C péritonite tertiaire

Cette entité se réfère à une péritonite persistante ou récidivante après un traitement infructueux d’une péritonite secondaire. La péritonite tertiaire peut également indiquer la présence d’un abcès intra-abdominal ou d’un organisme réfractaire à un traitement antimicrobien à large spectre, comme Enterococcus spp. Résistant à la vancomycine, Candida, Pseudomonas aeruginosa ou des bactéries productrices de biofilm comme Staphylococcus spp. à coagulase négative Les cultures de fluides provenant de cas de péritonite tertiaire sont généralement négatives pour les bactéries Dans tous les cas, des cultures appropriées pour une péritonite spontanée ou secondaire peuvent être utiles. ou des organismes à croissance lente comme les champignons filamenteux et Mycobacterium spp devraient être divertis si les cultures bactériennes sont négatives pour la croissance. Si la culture entraîne la croissance de Mycobacterium spp, elle peut représenter une maladie disséminée. Cependant, les études sur les BAAR et les parasites seraient rarement considérées.

D Péritonéale associée à une dialyse péritonéale PDAP

L’évaluation du liquide de dialyse des patients suspectés de PDAP est essentiellement identique à celle utilisée pour les SBP. Les infections sont généralement monomicrobiques et rarement anaérobies. Dans le cas du PDAP, cependant, la liste des organismes suspects potentiels est très différente de celle des bactéries SBP Gram positives. Staphylococcus spp et, dans une moindre mesure, Streptococcus et Corynebacterium spp représentent plus de% de micro-organismes cultivés. Les bactéries Gram-négatives principalement E.coli, Klebsiella et Enterobacter spp représentent <% des cultures positives alors que les anaérobies comprennent <% d'isolats [, ,] Les champignons, en particulier les espèces Candida contribuent au même nombre d'infections identifiées que les anaérobies Les cultures peuvent rester négatives dans% de tous les cas de PDAP Encore une fois, - mL de dialysat doit être collecté pour la concentration et la culture. évaluation des taches, analyse des protéines, comptage cellulaire et différentiel Tableau VIII- Les hémocultures sont rarement positives dans les cas de PDAP Inoculation directe de dialysat ou un dialysat concentré dans une bouteille de culture sanguine aérobie pour la détection automatisée s'est avéré être aussi efficace que le placage direct de fluide centrifugé Consulter directement le laboratoire de microbiologie lorsque les cultures primaires de liquide sont négatives et cultures supplémentaires pour Si les espèces de Nocardia sont préoccupantes, les plaques de culture primaire nécessitent une incubation ou une culture prolongée sur des milieux fongiques ou de la gélose à l'extrait de levure de charbon de bois tamponné.

E Lésions occupant l’espace du foie

Le dilemme diagnostique primaire pour les cas de lésions hépatiques occupant l’espace distingue ceux causés par les parasites Entamoeba histolytica et Echinococcus des abcès pyogènes causés par des bactéries ou des champignons L’emplacement, la taille et le nombre d’abcès du foie est souvent inutile à des fins de différenciation. la plupart sont dans le lobe droit et peuvent être observées dans des locus simples ou multiples Dans les régions où la maladie E histolytica est endémique, l’utilisation de tests de sérologie ou de détection d’antigène sérique peut être utile pour exclure un abcès amibien Tableau VIII – Les aspirats de l’abcès du foie peuvent être testés pour la présence de l’antigène Ehistolytica et soumis à une évaluation microscopique directe des parasites. Lorsque la maladie amibienne est improbable, l’abcès doit être aspiré et le contenu soumis en transport anaérobie. Pour les cultures bactériennes aérobies et anaérobies Les isolats couramment récupérés comprennent Klebsiella spp, E co li, et autres Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp, Streptococcus spp incluant Streptococcus anginosus spp groupe, Enterococcus spp, viridans groupe Streptococcus, S aureus, Bacteroides spp, Fusobacterium spp en particulier avec le syndrome de Lemierre, Clostridium spp, et rarement Candida spp Aérobie et anaérobie culture bactérienne devrait être demandée Tableau VIII- Les hémocultures peuvent également être utiles pour établir une étiologie si elles sont collectées avant l’instauration de la thérapie antimicrobienne Occasionnellement, les patients avec des infections génitales primaires dues à N gonorrhoeae ou C trachomatis peuvent avoir une extension de la maladie impliquer la capsule du foie ou le syndrome adjacent Fitz-Hugh-Curtis péritoine

F Infections de l’arbre biliaire

Les bactéries communément associées aux infections des voies biliaires, principalement la cholécystite et l’angiocholite, sont les mêmes que celles retrouvées dans les cas d’abcès hépatique pyogène (Tableau VIII). Les causes parasitaires comprennent Ascaris et Clonorchis spp ou tout parasite pouvant atteindre l’arbre biliaire et entraîner une obstruction. Au minimum, des cultures pour les bactéries aérobies anaérobies si l’aspiration est recueillie de manière appropriée et une coloration de Gram doit être demandée Lorsque des signes de septicémie et de péritonite sont présents, le sang et les cultures péritonéales doivent être également obtenus.Pour les patients infectés par le VIH, la liste des les agents et les évaluations microbiologiques subséquentes doivent être étendus pour inclure Cryptosporidium, microsporidia, Cystoisospora Isospora belli, CMV et complexe Mycobacterium avium Comme l’identification de ces organismes nécessite un traitement spécial, il est important de communiquer avec le laboratoire pour déterminer la disponibilité des tests. sur site ou à une référence boratoire

G Abcès splénique

La plupart des cas d’abcès splénique sont le résultat de processus infectieux métastatiques ou contigus, d’un traumatisme, d’un infarctus splénique ou d’une immunosuppression L’infection est probablement aérobie et monomicrobienne avec Staphylococcus spp, Streptococcus spp, Enterococcus spp, Salmonella spp et E coli Bactéries anaérobies ont été récupérés en% -% de cas positifs pour la culture Les Aspirats devraient être traités de la même manière que les abcès hépatiques pyogènes, y compris la culture aérobie et anaérobie, la coloration de Gram et les hémocultures collectées concomitamment. Bartonella spp, Streptobacillus moniliformis, Nocardia spp et Burkholderia pseudomallei peu commun en dehors de l’Asie du Sud-Est ou sans antécédents de voyage évocateurs Le laboratoire devrait être averti si cet agent est possible en raison de la nécessité de mesures de biosécurité accrues puisque B pseudomallei est un agent bioterroriste potentiel. Comme dans la maladie biliaire, le spectre des organismes à les sujets doivent être élargis pour inclure Mycobacterium spp, les champignons y compris Pneumocystis jirovecii, et les parasites pour les patients immunodéprimés

H Infection pancréatique secondaire

La plupart des cas de pancréatite aiguë ou chronique sont produits par obstruction, auto-immunité ou ingestion d’alcool Le tissu pancréatique nécrotique généré par l’un de ces processus peut servir de foyer d’infection Les agents infectieux associés à la pancréatite aiguë sont nombreux et divers. , la surinfection du pancréas est le plus souvent causée par la flore gastro-intestinale comme E. coli, Klebsiella spp et d’autres membres des Enterobacteriaceae, Enterococcus spp, Staphylococcus spp, Streptococcus spp et Candida spp Les tissus nécrotiques ou les aspirats pancréatiques doivent être envoyés pour culture bactérienne aérobie et coloration de Gram et – Tableau VIII- Les résultats de sensibilité aux antimicrobiens des organismes isolés peuvent être utilisés pour diriger la thérapie afin de réduire la probabilité de septicémie pancréatique, extension ultérieure de l’infection aux organes contigus, et la mortalité cultures stériles de tissu pancréatique nécrotique ne sont pas inhabituels mais peuvent déclencher la prise en compte d’une rechercher des organismes, des parasites ou des virus fastidieux ou à croissance lente

IX INFECTIONS OSSEUSES ET ARTICULAIRES

L’ostéomyélite peut résulter d’un ensemencement hématogène d’os provenant d’un site éloigné, d’une extension dans l’os d’une infection contiguë des tissus mous, d’une extension dans l’os d’un biofilm sur une prothèse contiguë ou d’une inoculation traumatique directe. Du point de vue de la physiopathologie, de la nature spécifique de l’infection et, dans une certaine mesure, de l’évolution clinique, il est utile de classer les infections osseuses en fonction de la pathogenèse. sur le site spécifique de la participation et le rythme de la maladie est le plus instructif; l’arthrite aiguë et chronique et bursite septique La liste potentielle des agents responsables des infections osseuses et articulaires est diversifiée et repose largement sur la pathogenèse de l’infection, la nature de l’infection et l’hôte À quelques exceptions près, les infections osseuses et articulaires sont généralement monomicrobiques Rarement, de telles infections sont polymicrobies. Points clés pour le diagnostic en laboratoire des infections osseuses et articulaires • Les écouvillons ne sont pas recommandés pour la collecte d’échantillons; • Des hémocultures concomitantes sont indiquées pour la détection de certains agents systémiques de l’ostéomyélite et des infections articulaires, mais pas pour les infections articulaires prothétiques • Les fluides articulaires doivent avoir une aliquote injectée dans une hémoculture aérobie En plus de placer le liquide dans un récipient stérile pour le traitement direct • Pour le diagnostic de l’infection articulaire prothétique, – des échantillons de tissus séparés doivent être soumis Comme alternative, sonication ou homogénéisation des échantillons de la prothèse retirée méthodes de détection des agents pathogènes dans les biofilms • Lorsque des bactéries anaérobies sont suspectées, des conteneurs de transport anaérobies doivent être utilisés • Certains agents d’infections articulaires ne sont pas cultivables et nécessitent des méthodes moléculaires et / ou sérologiques pour la détection

Une ostéomyélite

L’établissement d’un diagnostic étiologique de l’ostéomyélite nécessite presque toujours l’obtention de matériel de biopsie osseuse pour l’évaluation microbiologique autant d’échantillons que possible est souhaitable; Dans les cas d’ostéomyélite réelle, le tissu osseux est souvent si nécrosé qu’il peut être facilement obtenu avec une curette. Les écouvillons des voies sinusiennes ne sont pas diagnostiques et ne sont pas recommandés. l’étiologie des infections articulaires nécessite habituellement l’échantillonnage de l’espace articulaire directement avec aspiration du liquide synovial et / ou biopsie de la synoviale bactériémie secondaire ou secondaire ou fongémie se produit sporadiquement chez les patients souffrant d’ostéomyélite et d’infections articulaires, bien que les patients avec ostéomyélite Ainsi, les hémocultures recueillies lors d’épisodes fébriles sont recommandées pour l’évaluation des patients suspects de bactériémie secondaire ou de fongémie. Évaluation des réactifs de la phase aiguë ou des marqueurs non spécifiques de l’inflammation tels que la procalcitonine, protéine C-réactive et eryth Les taux de sédimentation des rocytes ne sont pas diagnostiques chez les patients infectés, mais ils peuvent fournir des informations utiles pendant la thérapie. Certains agents moins courants peuvent nécessiter des méthodes de détection moléculaire, qui devront souvent être envoyées à un laboratoire de référence avec un délai plus long. –

Biopsie stérile, RT, Immédiatement Culture bactérienne aérobie Tache d’argent Biopsie osseuse ou spécimen du sinus Conteneur stérile, RT, h Tache Calcofluor-KOH Extrait de levure de charbon tamponné Agar BCYE pour Nocardia Culture fongique Inoculation traumatique Staphylococcus aureus Tache de Gram Biopsie osseuse Transport anaérobie stérile conteneur, RT, immédiatement Enterobacteriaceae Culture bactérienne aérobie et anaérobie Pseudomonas aeruginosaj Flore bactérienne de la peau Bactéries trouvées dans l’environnement Mycobactéries non tuberculeuses Biopsie rapide à l’acide Biopsie osseuse Récipient stérile, RT, h Culture AFB Moisissures environnementales Calcofluor-KOH tache Biopsie osseuse ou spécimen du tractus sinusal curetage ou biopsie tissulaire Conteneur stérile, RT, h Fungus culture Abréviations: AFB, bacille acido-résistant; KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambianteSalmonella ostéomyélite survient le plus souvent chez les patients atteints de drépanocytose ou de maladie bStreptococcus pneumoniae comme cause de l’ostéomyélite survient le plus souvent chez les patients pédiatriques, souvent dans le cadre de bactériémie pneumococcique spontanée cBrucella spp sera récupéré dans la norme bactéries bactériennes aérobies, cependant, il s’agit d’une bactérie à croissance lente et, par conséquent, le laboratoire devrait être avisé lorsque Brucella est considérée comme une cause potentielle d’ostéomyélite, afin que les cultures puissent être examinées pendant au moins une semaine et Les hémocultures et analyses sérologiques concomitantes ne sont pas recommandées pour maintenir les hémocultures au-delà de l’incubation standardd. L’ostéomyélite hématogène causée par Pseudomonas aeruginosa et d’autres Pseudomonas spp survient le plus souvent chez les utilisateurs de drogues injectables e Le site le plus fréquent de l’ostéomyélite en raison de M tuberculose est les corps vertébraux Cet organisme peut Les NAAT commerciaux ne sont pas approuvés par la FDA pour les sites non respiratoires, aussi une méthode d’essai validée en laboratoire doit être utilisée si des TAAN sont demandés. Infections de la peau et des tissus mous, Si S aureus est l’organisme le plus souvent incriminé, pratiquement toute bactérie capable de provoquer une infection profonde des tissus mous peut également causer l’ostéomyélite. Les infections endodontiques chroniques telles que Ces infections sont causées par la flore bactérienne aérobie et anaérobie de la cavité buccale et peuvent être soit monomicrobiennes, soit polymicrobiennes. Actinomyces spp est un agent pathogène reconnu dans ce contexte lorsque Actinomyces est suspecté. , les échantillons doivent être transportés au laboratoire Les infections des membres diabétiques avec ostéomyélite sous-jacente peuvent être causées par un groupe divers de bactéries, y compris S aureus, streptocoques β-hémolytiques du groupe B, Enterococcus spp, Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp, Stenotrophomonas maltophilia et une variété d’anaérobies Ceci représente l’un des rares milieux dans lesquels l’ostéomyélite peut être polymicrobienne. Un débridement superficiel suivi d’un prélèvement profond à l’avancée de la lésion est essentiel pour éviter d’être induit en erreur par des contaminants colonisateurs de surface. Mycétome est une infection chronique des tissus mous des extrémités qui peuvent également s’étendre dans l’os contigu et le tissu conjonctif Elle se produit le plus souvent dans les climats tropicaux et subtropicaux et peut être caractérisée par le développement des sinus drainants Les agents étiologiques voir le tableau sont dérivés du sol peut être représentatif de l’e En plus des taches et des cultures indiquées dans le tableau, le drainage sinusal doit également être examiné de manière grossière et microscopique afin de détecter la présence de «granules de soufre» caractéristiques de cette maladie. En outre, le laboratoire doit être informé de la possibilité de Nocardia. un agent pathogène permettant d’inoculer des milieux appropriés, tels que les milieux sélectifs de Neisseria et l’agar sélectif de Legionella, qui facilitent la récupération de cet organisme. Pseudomonas aeruginosa est la cause bactérienne la plus fréquente de l’ostéomyélite calcanéenne chez les individus qui développent cette infection après avoir marché sur des clous. à l’os tel que peut se produire dans les fractures ouvertes avec la contamination du site par le sol, les excréments d’animaux, l’eau, etc., peut entraîner le développement d’une ostéomyélite due à l’essentiel des microorganismes présents dans la source de contamination. bacilles à Gram négatif, Bacillus spp, anaer Obes tels que Clostridium spp, Nocardia et autres actinomycètes aérobies Ceci représente une autre forme d’ostéomyélite qui peut être polymicrobialView Large

B Infections articulaires

En plus des infections articulaires spontanées et à ensemencement hématogène Tableau IX-, une catégorie spéciale existe pour les infections articulaires prothétiques, en particulier les infections des prothèses du genou et de la hanche, qui sont le plus souvent causées par les staphylocoques coagulase-négatifs. sur les cultures péri-chirurgicales est difficile car la contamination par des organismes cutanés n’est pas rare dans les échantillons chirurgicaux Il est important de passer à un scalpel stérile après l’incision initiale Une recommandation pour différencier une véritable infection staphylococcique coagulase-négative de la contamination le tissu entourant une articulation prothétique est d’obtenir – séparer de petites biopsies tissulaires ou des curetings pendant la procédure chirurgicale Si la même espèce est récupérée à partir de ou plusieurs des échantillons, ceci est une preuve forte de sa pathogénicité

Sérum de Lyme mL sérum Tube de Clot, RT, h B burgdorferi culturee Liquide synovial Récipient stérile, RT, immédiatement B burgdorferi NAAT Liquide synovial Récipient fermé, RT, h Mycobacterium tuberculosis Frottis rapide à l’acide Liquide synovial et / ou biopsie synoviale Récipient stérile, RT, h Mycobactéries non tuberculeuses Culture AFB Candida spp Calcofluor-KOH tache Liquide synovial et / ou biopsie synoviale Récipient stérile, RT, h Cryptococcus neoformans Blastomyces dermatitidis Culture fongique Coccidioides immitis Aspergillus spp Septic Bursitis Staphylococcus aureus Tache de Gram Bursa fluide Récipient stérile, RT, immédiatement Streptococcus Pyogenes Culture bactérienne aérobie Autres streptocoques Inoculer jusqu’à un ml de liquide dans une bouteille de sang hémorragique aérobie en plus d’un tube séparé de liquide Enterobacteriaceae Pseudomonas spp Infections articulaires prothétiques Staphylococcus aureus Culture bactérienne aérobie Échantillons de biopsie tissulaire multiples Conteneur stérile, RT, h Coagulase staphylocoques négatifs Enterococcus spp Tache de Gram non utile Synovial Streptococcus spp groupe A, B et autres types β hémolytiques Ou soumettre la prothèse retirée dans un récipient stérile pour sonication protocole Enterobacteriaceae Pseudomonas aeruginosa Corynebacterium spp Propionibacterium acnesAutres anaérobies Culture bactérienne aérobie et anaérobie incuber des cultures anaérobies jusqu’à d Conteneur de transport anaérobie stérile, RT, immédiatement Infections polymicrobiennes Envisager également de soumettre une prothèse si elle est retirée pour sonication Abréviations: AFB, bacille acido-résistant; KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Une fois que suffisamment de liquide synovial a été prélevé, un maximum de mL doit être transféré de manière aseptique dans une bouteille d’hémoculture aérobie et traité de la même manière que les hémocultures de routine Cette pratique n’évite toutefois pas la valeur de Ces procédures doivent toujours être effectuées en plus de l’inoculation d’une bouteille d’hémoculture contenant jusqu’à un millilitre de liquide. La dilution des PMN actifs et d’autres facteurs dans le bouillon d’hémoculture peut permettre la récupération. de l’organisme lorsque la culture directe ne donne pas de croissance bKingella kingae est le plus souvent observé comme une cause d’infections des articulations septiques chez les enfants et implique généralement le genou cNeisseria gonorrhoeae peut donner des formes morphologiques aberrantes sur la coloration de Gram du liquide synovial chez les patients à cet organisme, les échantillons de liquide synovial et de biopsie synoviale doivent être traités rapidement pour la culture et même fr, les cultures sont souvent négatives d Chez un patient présentant une maladie compatible, en particulier avec une vaccination récente avec le vaccin à virus vivant atténué de la rubéole, un test sérologique négatif pour la rubéole peut être considéré comme évocateur d’une infection articulaire due au virus de la rubéole. La culture du liquide synovial pour B burgdorferi nécessite l’utilisation de milieux spécialisés et même avec un traitement rapide des échantillons dans un laboratoire expérimenté, entraîne rarement la récupération de l’organisme. La plupart des laboratoires devront envoyer l’échantillon à un laboratoire de référence. compromettre les cultures possibles La culture est rarement réalisée sauf dans les milieux de recherchef La détection de M tuberculosis ou d’autres espèces de Mycobacterium par microscopie ou en culture est très rare à partir de prélèvements de liquide synovial chez des patients présentant des infections articulaires dues au tissu synovial. échantillonnage chirurgical des liquides articulaires de toute infection suspectée Tableau IX – Une publication européenne a documenté l’identification pré-et périsurgique rapide de S aureus, de SARM et de staphylocoques présumés résistants à la méthicilline-résistants à la coagulase négative dans les fluides articulaires en utilisant un test TAAN rapide . Les taches Gram peropératoires ont un faible rendement% -% mais si elles sont positives, elles peuvent être utiles Les articulations des épaules, naturelles ou prothétiques, sont préférentiellement infectées par Propionibacterium acnes, un organisme cutané normalement commensal Les cultures anaérobies des biopsies des tissus de l’épaule doivent être incubées Un travail anaérobie jusqu’à plusieurs jours avant de le rejeter comme négatif Des travaux récents, principalement de Mayo Clinic, recommandent la sonication d’échantillons de biopsie articulaire prothétique et la culture du liquide post-sonication Une autre technique récente qui augmente le rendement des bactéries et peut-être le tissu articulaire et l’os enlevés pendant la chirurgie de révision prothétique était le traitement de moulin à billes en utilisant des perles de verre de mm Les champignons et les mycobactéries sont extrêmement rares dans ce contexte, ils ne devraient pas être recherchés sans communication spéciale avec le laboratoire. Si des champignons sont suspectés, la méthode du moulin à billes détruirait probablement les éléments hyphes, hachant ainsi les os et les tissus et inoculant directement la gélose fongique. est toujours recommandé Dans la plupart des laboratoires, la sonication et le traitement par microbilles ne sont pas disponibles

X INFECTIONS DU TRACTUS URINAIRE

Les tests de microbiologie clinique de valeur pour établir un diagnostic étiologique des infections des voies urinaires sont couverts dans cette section, y compris les spécimens et les procédures de laboratoire pour le diagnostic de cystite, pyélonéphrite, prostatite, épididymite et orchite. Les points clés pour le diagnostic en laboratoire des infections des voies urinaires: • L’urine ne doit pas rester à la température ambiante pendant plus de quelques minutes. Maintenir à la température du réfrigérateur si elle n’est pas cultivée en quelques minutes • Réflexion à la culture après un • La présence de trois espèces de bactéries ou plus dans un échantillon d’urine indique généralement une contamination au moment de la collecte et l’interprétation est entachée d’erreurs • Ne demandez pas au laboratoire de déclarer «tout ce qui pousse» sans consulter au préalable avec le laboratoire et la fourniture de doc Les directives de diagnostic et de traitement des infections des voies urinaires sont publiées de même que les recommandations de l’ASM Elles fournissent des recommandations de diagnostic similaires à celles présentées ici. Tableau X- La différenciation de la cystite et de la pyélonéphrite nécessite des informations cliniques et physiques ainsi que des informations de laboratoire, et du point de vue du laboratoire, le spectre des pathogènes est similaire pour les deux syndromes Cultures uniquement pour les urines testées positives pour la pyurie l’estérase ou d’autres indicateurs de PMN peuvent augmenter la probabilité d’une culture positive, mais occasionnellement les échantillons donnant des tests de dépistage positifs donnent des résultats de culture négatifs et vice versa La coloration de Gram n’est pas la méthode appropriée pour détecter les PMN dans l’urine. une option pour la détection d’un grand nombre de tiges gram-négatives Puisque l’urine est si facilement contaminée par la flore commensale, il faut recueillir des spécimens pour la culture de pathogènes bactériens des voies urinaires afin de minimiser la contamination par le microbiote périnéal et la muqueuse superficielle de la muqueuse . de nombreux laboratoires estiment que les échantillons obtenus sans nettoyage de la peau contiennent couramment de la flore mélangée et s’ils ne sont pas stockés correctement et transportés en une heure au laboratoire, ils donnent un grand nombre de spécimens. L’utilisation de milieux de transport d’urine dans des tubes de remplissage sous vide ou de réfrigération immédiatement après la collecte peut réduire la prolifération d’un petit nombre d’organismes contaminants et augmenter le nombre de micro-organismes pathogènes. nombre d’interpre résultats de la table Le cathétérisme direct ou «in-and-out» d’un patient correctement préparé fournit généralement un échantillon moins contaminé Si des bactéries entériques mixtes en nombre élevé sont récupérées à partir d’un second échantillon bien recueilli à cathéter droit du même patient, un rectum -la fistule urinaire doit être considérée Les actions du laboratoire doivent être basées sur les décisions prises par le dialogue entre le clinicien et le laboratoire

tache de Gram facultative, sensibilité faible Pseudomonas spp, autres tiges gram-négatives non germantes Gram-Positive Bactéries Enterococcus spp Staphylococcus aureus Culture aérobie de routine Tache de Gram facultative, faible sensibilité Midstream, prise propre, ou urine droite de cathéter Conteneur étanche stérile fermé; réfrigérer ° C ou utiliser un tube de transport d’urine, sauf si la livraison au laboratoire ≤ h est certaine Staphylococcus saprophyticus Corynebacterium ureolyticum Streptococcus agalactiae Streptocoques du groupe B Mycobactéries Mycobacterium tuberculosis Culture mycobactérienne Première urine nulle Préférer & gt; mL d’urine, réfrigérer ° C pendant le transport Virus Adénovirus Virus Culture Midstream ou urine claire de prise Conteneur stérile fermé au laboratoire dans h NAATa BK Polyoma virus quantitatif NAATa d’urine, de plasma, ou de sérum EDTA de sang ou tube de collecte de sang de citrate, RT sérum Caillot de tube, RT Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambiante Pas de tests NAAT approuvés par la FDAVoir grandLes échantillons de cathéters urinaires en place pendant plus de quelques heures contiennent fréquemment une flore colonisatrice due à la formation rapide de biofilm sur la surface du cathéter, qui peut ne pas représenter l’infection. , mais si nécessaire, l’échantillon doit être prélevé du port d’échantillonnage d’un dispositif nouvellement inséré. Les extrémités des cathéters Foley n’ont aucune valeur clinique et seront rejetées. La collecte d’échantillons provenant de dérivations urinaires telles que les boucles iléales est également découragée Les collections de néphrostomie chronique et les collections d’urine en sac sont également d’une valeur discutable. Plusieurs organismes ou staphylocoques coagulase-négatifs peuvent être récupérés chez les patients porteurs de stents urinaires et peuvent être pathogènes. Il est important que les urologues et les néphrologues qui prennent en charge les patients avec des infections compliquées discuter toute spécification Besoins ou demandes du directeur de microbiologie ou du superviseur Les spécimens de ces patients peuvent contenir une flore mixte et si des critères d’interprétation spécifiques sont documentés pour ces types d’échantillons, le laboratoire doit connaître la documentation et les normes d’interprétation spéciales. sur les pathogènes potentiels en nombre significatif Les spécimens obtenus par des moyens plus invasifs, tels que les aspirations cystoscopiques ou sus-pubiennes, doivent être clairement identifiés et le bilan discuté au préalable avec le laboratoire, surtout si le clinicien s’intéresse à la récupération des bactéries à des concentrations inférieures aux colonies. cfu par millilitre L’identification d’un pathogène potentiel unique en nombre aussi bas que cfu / mL peut être significative, comme dans le syndrome urétral aigu, mais les demandes de résultats de culture rapportent des & lt; cfu / ml doit être coordonné avec le laboratoire afin qu’un volume d’urine approprié puisse être traité. La récupération de la levure, habituellement Candida spp, même en haute ufc / ml n’est pas rare chez les patients qui n’ont pas d’infection urinaire de levure, donc l’interprétation des cultures La levure dans l’urine peut rarement indiquer une infection systémique, pour laquelle des tests supplémentaires doivent être effectués pour confirmer, par exemple, les hémocultures et les taux de β-glucane. La récupération de Mycobacterium tuberculosis se fait mieux avec des spécimens matinaux à première expulsion. de & gt; mL, et nécessite une demande spécifique au laboratoire afin que le traitement et les milieux appropriés soient utilisés La récupération d’adénovirus en cas de cystite nécessite une demande spécifique de culture virale Un test d’amplification d’acide nucléique NAAT peut également être disponible dans les laboratoires de référence pour la détection d’adénovirus Ces tests sont généralement réalisés dans des laboratoires de référence. La prostatite bactérienne aiguë est définie par des signes cliniques et des signes physiques associés à des cultures d’urine ou de sécrétion prostatique positives. pathogènes des voies urinaires Le diagnostic de prostatite chronique est beaucoup plus problématique, et le pourcentage de cas dans lesquels une culture positive est obtenue est beaucoup plus faible Le traditionnel échantillon de verre de Meares-Stamey obtenu en recueillant le premier spécimen à mi-parcours, exprimé prostate secre L’EPS et un mL d’urine après le massage de la prostate sont positifs s’il y a un nombre de bactéries dix fois plus élevé dans l’EPS que dans l’urine à mi-flux. Une variante à deux échantillons, impliquant seulement les échantillons à mi-flux et EPS Un test positif est peu fréquent et le syndrome de la douleur pelvienne chronique n’est pas fréquemment causé par un agent infectieux cultivable. Rappelons que le massage prostatique chez un patient atteint de prostatite bactérienne aiguë peut déclencher une bactériémie et / ou un choc Tableau X- résume l’approche du laboratoire le diagnostic de la prostatite

Tableau X – Diagnostic en laboratoire des prostatites Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Prostatite bactérienne aiguë E coli, autres bactéries entériques, Pseudomonas spp Culture aérobique Urines médianes avec ou sans sécrétions exprimées de la prostate Conteneur stérile fermé au laboratoire à h ou réfrigéré ° C en cas de transport retardé Staphylococcus aureus Enterococcus Streptocoques du groupe B Prostatite bactérienne chronique Pathogènes similaires Maladie bactérienne aiguë Tache de Gram ou numération cellulaire Midstream urine et sécrétions prostatiques exprimées, liquide séminal Conteneur stérile fermé au laboratoire dans h ou réfrigéré ° C si retard de transport Culture aérobie Champignon Blastomyces dermatitidis Culture fongique Expressions sécrétées de prostate, biopsie de la prostate Conteneur stérile fermé au laboratoire au sein de h ou réfrigérer ° C si le transport retardé Coccidioides immitis Histoplasma capsulatum Mycobactéries Mycobacterium tuberculosis Culture mycobactérienne Première urine de vide, sécrétions exprimées de la prostate, biopsie de la prostate Préférer & gt; mL d’urine, réfrigérer ° C pendant le transport Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Prostatite bactérienne aiguë E coli, autres bactéries entériques, Pseudomonas spp Culture aérobique Urines médianes avec ou sans sécrétions exprimées de la prostate Conteneur stérile fermé au laboratoire à h ou réfrigéré ° C en cas de transport retardé Staphylococcus aureus Enterococcus Streptocoques du groupe B Prostatite bactérienne chronique Pathogènes similaires Maladie bactérienne aiguë Tache de Gram ou numération cellulaire Midstream urine et sécrétions prostatiques exprimées, liquide séminal Conteneur stérile fermé au laboratoire dans h ou réfrigéré ° C si retard de transport Culture aérobie Champignon Blastomyces dermatitidis Culture fongique Expressions sécrétées de prostate, biopsie de la prostate Conteneur stérile fermé au laboratoire au sein de h ou réfrigérer ° C si le transport retardé Coccidioides immitis Histoplasma capsulatum Mycobactéries Mycobacterium tuberculosis Culture mycobactérienne Première urine de vide, sécrétions exprimées de la prostate, biopsie de la prostate Préférer & gt; mL d’urine, réfrigérer ° C pendant le transport Abréviation: RT, température ambianteVoir LargeEpididymitis chez les hommes de moins de ans est le plus souvent associé aux agents pathogènes sexuellement transmissibles Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae Les TAAN sont les procédures de diagnostic les plus sensibles et les plus rapides pour ces agents. Le système disponible a son propre kit de culture. La culture de N gonorrhoeae est recommandée lorsque la résistance aux antibiotiques est préoccupante, et des milieux spéciaux sont requis pour les tests de sensibilité aux antimicrobiens AST, qui peuvent être référés à un laboratoire de santé publique. et les pathogènes gram-positifs semblables aux organismes causant l’UTI et la prostatite peuvent causer des infections invasives de l’épididyme et du testicule Les tissus obtenus chirurgicalement peuvent être cultivés pour les agents pathogènes bactériens et l’AST sera effectué. Les maladies fongiques et mycobactériennes sont rares. du clinicien à la laboratoire pour assurer la sélection et le traitement appropriés du milieu, en particulier si le tissu doit être cultivé pour ces organismes. L’orchite bactérienne peut être causée par des pathogènes Gram négatif et Gram positif, souvent par extension d’une infection contiguë de l’épididyme. Les autres causes virales de l’épididymo-orchite sont le virus de Coxsackie, le virus de la rubéole, le virus d’Epstein-Barr et le virus Varicella-Zoster. Les maladies fongiques systémiques peuvent impliquer le virus Coxsackie. épididyme ou testicule, y compris la blastomycose, l’histoplasmose et la coccidioïdomycose Mycobacterium tuberculosis peut également impliquer ces sites Le tableau X résume les approches de la gestion des échantillons pour les cas d’épididymite et d’orchite.

Tableau X – Diagnostic en laboratoire de l’épididymite et de l’orchite Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactérie Chlamydia trachomatis NAAT Ecouvillon urétral ou première uridaire pour NAAT Système de prélèvement spécifique pour chaque NAAT Neisseria gonorrheae Culture Urine non appropriée pour la culture Bactéries entériques, Staphylococcus aureus Test de culture et de sensibilité aérobies Aspiration de tissu ou biopsie Récipient fermé stérile, réfrigérer ° C en cas de retard Virus Oreillons Sérologie Sérum aigus et convalescent Tube de clot, RT Coxsackie Rubéole EBV Culture si disponible Aspiration de tissu ou biopsie Conteneur stérile fermé, réfrigérer ° C si retard VZV Champignon Blastomyces dermatidis, Coccidioides immitis, Histoplasma capsulatum Culture fongique Aspiration de tissu de biopsie Stérile fermé récipient, réfrigérer ° C en cas de retard Mycobactéries Mycobacterium tuberculosis Culture mycobactérienne Prélèvement de tissu ou biopsie Récipient stérile fermé, réfrigérer ° C en cas de retard Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactérie Chlamydia trachomatis NAAT Ecouvillon urétral ou première uridaire pour NAAT Système de prélèvement spécifique pour chaque NAAT Neisseria gonorrheae Culture Urine non appropriée pour la culture Bactéries entériques, Staphylococcus aureus Test de culture et de sensibilité aérobies Aspiration de tissu ou biopsie Récipient fermé stérile, réfrigérer ° C en cas de retard Virus Oreillons Sérologie Sérum aigus et convalescent Tube de clot, RT Coxsackie Rubéole EBV Culture si disponible Aspiration de tissu ou biopsie Conteneur stérile fermé, réfrigérer ° C si retard VZV Champignon Blastomyces dermatidis, Coccidioides immitis, Histoplasma capsulatum Culture fongique Aspiration de tissu de biopsie Stérile fermé récipient, réfrigérer ° C en cas de retard Mycobactéries Mycobacterium tuberculosis Culture mycobactérienne Prélèvement de tissu ou biopsie Récipient fermé stérile, réfrigérer ° C en cas de retard Abréviations: EBV, virus d’Epstein-Barr; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante; VZV, Virus de la varicelle et du zonaView Large

XI INFECTIONS GENITALES

Les points de soins et les tests de laboratoire pour identifier l’étiologie microbiologique des infections génitales sont décrits ci-dessous. En outre, comme des recommandations existent pour le dépistage des infections génitales pour des groupes à risque spécifiques, ces infections sont classées comme suit: lésions génitales cutanées vaginite et vaginose, urétrite et cervicite, et infections du bassin féminin, y compris l’endométrite et la maladie inflammatoire pelvienne. Test PID dans des populations particulières, telles que les femmes enceintes, les enfants et les hommes ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes. Il existe un chevauchement considérable des symptômes et des signes de nombreuses infections génitales et le diagnostic clinique seul n’est ni sensible ni spécifique. Ainsi, les tests de diagnostic sont recommandés pour les raisons suivantes: un traitement approprié peut être ciblé, un diagnostic spécifique a l’avantage d’augmenter; complia thérapeutique Les prestataires doivent également reconnaître qu’en dépit des tests diagnostiques,% -% des causes des infections génitales ou des symptômes peuvent ne pas être spécifiquement identifiés, et que de nombreuses infections sont contractées à partir du patient. un partenaire asymptomatique ignorant leur infection En fait, les patients qui semblent «échouer» et continuer à présenter des symptômes et / ou qui ont des tests positifs pour les infections sexuellement transmissibles sont plus susceptibles d’avoir été ré-infectés par leur partenaire sexuel [, ] Par conséquent, le recours à des partenaires pour des tests et des traitements spécifiques est essentiel pour prévenir la réinfection et particulièrement chez les patientes enceintes. Enfin, la grande majorité des infections génitales étant des IST transmissibles, elles constituent un problème de santé publique. les fournisseurs doivent noter que les tests positifs pour Chlamydia trachomatis CT, Neisseria gonorrhoeae GC, la syphilis, le chancre mou et le virus de l’immunodéficience humaine Le signalement des IST supplémentaires varie selon l’état Points clés pour le diagnostic en laboratoire des infections génitales: • Pour la flore vaginale altérée par la vaginose, une coloration de Gram est plus spécifique La distinction entre les anticorps anti-HSV et anti-HSV nécessite des tests avec des dosages spécifiques à la glycoprotéine G gG. • Les tests simultanés pour CT, GC et Trichomonas sont optimaux pour la détection des IST traitables les plus courantes chez les femmes • Dépister le streptocoque du groupe B pendant la grossesse à l’aide d’écouvillonnages vaginaux et rectaux • Dépister le VIH tôt dans chaque nouvelle grossesse et chez les patients sexuellement actifs rechercher l’âge pour les IST • Entreprendre un test de dépistage et / ou un traitement indexer les cas pour prévenir la réinfection

A lésions génitales

Les CDI recommandent que tous les patients présentant une lésion génitale fassent l’objet d’un test sérologique de dépistage de la syphilis, ainsi que des tests de diagnostic. pour l’herpès génital et pour H ducreyi où le chancre mou prédomine Étant donné qu’un grand nombre de lésions génitales présentent un épithélium inflammatoire qui favorise la transmission du VIH, le dépistage par un dosage immuno-enzymatique EIA enzymatique est également recommandé chez ces patients Tableau XI- les tests diagnostiques permettant d’identifier l’étiologie des lésions génitales les plus fréquentes

Les lignes directrices consensuelles sont discutées dans l’American Journal of Obstetrics and Gynecology par Wright et al. concernant les tests HPV de routine à haut risque et disponibles sur le site wwwasccporg / consensus / histologicalshtml accédé – Une plus récente mise à jour de génotypage HPV ASCCP American Society for colposcopie et pathologie cervicale traite des tests spécifiquement pour HPV / génotype chez les femmes sur Fondamentalement, le test HPV est recommandé dans le but de trier les femmes & gt; ans avec cellules squameuses atypiques de signification indéterminée Les cellules squameuses atypiques ASC-US ou ASC-H ne peuvent exclure une lésion malpighienne intraépithéliale de haut grade [HSIL] Seuls les tests des types de VPH à haut risque associés au cancer du col de l’utérus sont appropriés le test de dépistage de HPV anormal et / ou positif est compliqué et les lecteurs sont orientés vers les directives de l’ASCCP pour les décisions de gestion. En outre, les recommandations pour tester les génotypes / VPH pour les femmes, où un test HPV à haut risque peut être associé à la cytologie En général, les résultats de cytologie négative mais HPV à haut risque positif justifient la détermination HPV / génotype pour l’identification des patients à risque plus élevé de progression vers un cancer invasif cervical Les échantillons endocervicaux en milieu cytologique liquide ont une sensibilité plus élevée pour détecter des lésions importantes. lésions intraépithéliales SIL et peuvent faciliter le test HPV ultérieur chez les patients péché Les patients ayant un col utérin restant après une hystérectomie, les patients séropositifs pour le VIH et les patients ayant reçu le vaccin quadrivalent recombinant HPV Gardasil de Merck and Co doivent subir un test Pap de Papanicolaou et un test Pap de Pap Aux États-Unis, les tests de dépistage de la syphilis consistaient traditionnellement en un dépistage initial avec un test non tréponémique bon marché, un test de RPR rapide, puis en testant à nouveau des échantillons réactifs avec un test plus spécifique et plus précis. test tréponémique, par exemple T agglutination des particules pallidales [TP-PA] Si un test non tréponémique est utilisé comme test de dépistage, il convient de le confirmer, car un grand nombre de résultats faussement positifs se produisent dans de nombreux états pathologiques non liés à la syphilis. les résultats sont réactifs, ils indiquent une infection présente ou passée Cependant, pour des raisons économiques, certains laboratoires cliniques à commencé à utiliser des tests tréponémiques automatisés, tels que des EIA automatisés ou des tests d’immunochimoluminescence, et inversé la séquence de test: premier dépistage avec un test tréponémique et ensuite test à nouveau des résultats réactifs avec un test nonponémique Cette approche a introduit des complexités dans l’interprétation des tests qui n’existaient pas. De manière spécifique, le dépistage par un test tréponémique identifie parfois les personnes réactives au test tréponémique mais non réactives au test non tréponémique. Aucune recommandation formelle n’existe quant à la manière d’interpréter de tels résultats issus de cette nouvelle séquence de test, ni à la manière dont les patients Les résultats devraient être gérés Pour commencer une évaluation de la façon dont les laboratoires cliniques abordent cette préoccupation, le CDC a examiné les algorithmes de test utilisés et les interprétations des tests fournis dans quatre laboratoires de New York . à la confusion au sujet de appropriée gestion du patient Un total de% de spécimens avaient des résultats de test, soit un résultat de test tréponémique réactif et un résultat de test non réceptif non réactif qui n’auraient pas été identifiés par les algorithmes de test traditionnels, ce qui évite des tests supplémentaires si le test non réceptif n’est pas réactif. Les patients avec des résultats réactifs des tests tréponémiques et les résultats non réactifs des tests non tréponémiques doivent être traités pour la syphilis latente tardiveTreponema pallidum ne peut pas être vu sur la coloration de Gram et ne peut pas être cultivé en laboratoire de routine Les examens de fond pour spirochètes mobiles sont indisponibles dans la majorité des laboratoires. , causée par l’organisme Gram négatif Haemophilus ducreyi, est la lésion génitale où une coloration de Gram peut être utile dans le diagnostic. Communication avec le laboratoire sur le diagnostic présumé et le transport des échantillons peut améliorer la reconnaissance des organismes dans la coloration de Gram et faciliter la culture appropriée technique Sa les échantillons doivent être obtenus après débridement de surface et doivent être envoyés à un laboratoire de référence familier avec ces tests car de nombreux microbiologistes ont rarement vu le chancre mou Lymphogranuloma venereum LGV est causée par le pathogène intracellulaire Chlamydia trachomatis CT, spécifiquement les sérovars L, La, Lb et L un diagnostic d’exclusion d’entités plus communes dans le contexte d’informations épidémiologiques

B Vaginose / Vaginite

Les diagnostics de vaginose bactérienne BV, ou altération de la flore vaginale, et vaginite provoquée par des organismes fongiques candidose vulvovaginale [VVC] ou Trichomonas vaginalis TV, sont souvent considérés cliniquement et diagnostiquement comme un groupe en raison de leur nature imbriquée. ou l’acquisition n’est pas nécessairement celle d’une ITS pour BV ou VVC, mais pour la télévision. Un certain nombre de tests au point de service peuvent être effectués à partir d’un échantillon de sécrétions vaginales alors que le patient est dans le milieu de soins. la sensibilité et la spécificité des POCT pour faire un diagnostic spécifique varient largement et ces tests, bien que rapides, sont souvent diagnostiques pauvres Certains des tests comprennent un test de bande de pH, une coloration de Gram pour BV, montage humide pour la télévision et des examens microscopiques KOH pour VVC Pour BV, utilisation des critères cliniques Le critère diagnostique d’Amsel est égal à une coloration de Gram marquée par écoulement vaginal. Cependant, une coloration de Gram est plus spécifique que la sonde hyro Bridization et tests POCT qui détectent seulement la présence de G vaginalis comme les organismes de marque pour la flore vaginale altérée Pour VVC et TV la présence de pseudohyphae et de trichomonas mobiles, respectivement, permet un diagnostic Cependant, la maîtrise de l’examen microscopique est essentielle étant donné que les infections peuvent être Mélangé et / ou présent avec des manifestations atypiques Malheureusement l’examen microscopique cohérent des spécimens vaginaux et l’interprétation sont difficiles à réaliser pour de nombreux laboratoires et une grande variation des sensibilités% -% pour TV et CVV en utilisant un examen de frottis par rapport au TAAN et à la culture. Il est à noter que les publications récentes utilisant des TAAN mettent en évidence la prévalence de Trichomonas égale ou supérieure à CT et GC et indiquent une tendance croissante vers le dépistage TV, CT et GC. Les tests pour les entités de vaginose / vaginite sont présentés dans le Tableau XI- [, -]

Tableau XI – Diagnostic en laboratoire de la vaginose bactérienne, de la vaginite à levures et de la trichomonase Agents étiologiques courants Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Levure pH & lt; a Monture saline humide et% KOHb, c Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en ml solution saline ou tampon de transport, RT, h Culturee Écouvillonnage des sécrétions vaginales Soumis à un écouvillon de transport, RT, h Hybridation de l’ADN Décharge RT, d Vaginose bactérienne BV pH & gt; Monture humide et% KOHg Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en ml de solution saline ou écouvillon de transport, RT, h Quantitatif de Gram Écouvillon de pertes vaginales Placer directement dans le tube de transport, RT, h ADN Hybridation probef Ecouvillon de sécrétions vaginalesf RT, d Trichomonase pH> a Saline humide mounti Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en solution saline, RT, min optimal – h Test rapide d’antigènej Ecouvillon d’épithélium vaginal / décharge Soumis en écouvillon de transport ou solution saline, RT, h ADN hybridation probef Écouvillon de la décharge vaginale RT, d Culturek Écouvillonnage des pertes vaginales Placer directement dans le système de culture InPouch TV, RT, h NAATl Vaginal, écouvillon endocervical, urin échantillon de cytologie à base de liquide ou de type e, urétral, rectal, pharyngés RT, d ou recommandation du fabricant Agents étiologiques communs Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Levure pH & lt; a Monture saline humide et% KOHb, c Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en ml solution saline ou tampon de transport, RT, h Culturee Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en écouvillon de transport, RT, h Hybridation de l’ADN écouvillon vaginal Décharge RT, d Vaginose bactérienne BV pH & gt; Monture humide et% KOHg Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en ml de solution saline ou écouvillon de transport, RT, h Quantitatif de Gram Écouvillon de pertes vaginales Placer directement dans le tube de transport, RT, h ADN Hybridation probef Ecouvillon de sécrétions vaginalesf RT, d Trichomonase pH> a Saline humide mounti Ecouvillon de sécrétions vaginales Soumis en solution saline, RT, min optimal – h Test rapide d’antigènej Ecouvillon d’épithélium vaginal / décharge Soumis en écouvillon de transport ou solution saline, RT, h ADN hybridation probef Écouvillon de la décharge vaginale RT, d Culturek Écouvillonnage des pertes vaginales Placer directement dans le système de culture InPouch TV, RT, h NAATl Vaginal, écouvillon endocervical, urin Echantillon cytologique à base de liquide ou de type urétral, urétral, rectal, pansements pharyngés RT, d ou recommandation du fabricant Abréviations: KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante pH des pertes vaginales pour chaque condition répertoriée lors de l’utilisation des bandelettes de pH comme test au point de serviceb KOH – hydroxyde de potassium Sensibilité du support humide entre% et% d Culturette BD Microbiologie Systems, Sparks, Md ou similaire cas et lorsque le montage humide / KOH est négatiff Affirm VP III Assay Becton Dickinson, Sparks, Md; ne dépend pas d’organismes viables pour des performances de test optimales; tube de transport spécial requis; détecte G vaginalis comme un organisme associé à BV, vaginite à levures C albicans seulement et Trichomonas vaginalis approuvé par la FDA pour les échantillons vaginaux de femmes symptomatiques seulement Sensibilité de Trichomonas pas aussi bonne que NAATg Amine ou odeur de poisson, positive test quand KOH ajouté, manque de globules blancs et présence de cellules souches Indice de Gram quantitatif procédure la plus spécifique pour BV; culture non recommandée; test et traitement recommandés chez les femmes enceintes symptomatiques pour réduire l’endométrite post-partum i Monture humide pour trichomonas nécessite des organismes vivants pour visualiser le mouvement et a une sensibilité médiocre OSOM Trichomonas Test rapide Genzyme, Diagnostics, Cambridge, MA; La sensibilité varie de% à% par rapport à la culture et au TAAN chez les patients symptomatiques et asymptomatiques, avec les meilleurs résultats chez les patients symptomatiques. Le système de culture InPouch TV Biomed Diagnostics, White City, OR permet à la fois un examen de frottis immédiat par monture humide et culture subséquente; pas largement disponible, sensibilité approximativement en% par rapport aux méthodes NAATl Test d’amplification de l’acide nucléique NAAT; APTIMA Trichomonas vaginalis test ATV Gen-Probe, Inc San Diego, Californie est un test récemment approuvé par la FDA pour le dépistage et le diagnostic de la télévision chez les femmes Plusieurs types d’échantillons peuvent être utilisés Même spécimen et dispositif de collecte utilisé pour Aptima CT / Le test NAAT du GC pour les mâles et les sites alternatifs a été validé par certains laboratoires. Le fournisseur doit vérifier la disponibilité du laboratoire. Certains laboratoires ont validé une méthode de PCR interne. Vérifier le laboratoire pour la disponibilité et les types d’échantillons autorisés.

C Urétrite / Cervicite

L’urétrite et la cervicite partagent des signes et des symptômes communs et des étiologies infectieuses chez les patients masculins et féminins. Le Tableau XI combine les tests diagnostiques utilisés pour identifier les pathogènes communs aux deux. En outre, le dépistage du CT et du GC réduit les répercussions liées aux infections et aux infections. les directives suivantes pour le dépistage des femmes pour CT et GC ont été présentées par le US Preventive Services Task Force [,,]

tester; APTIMA Trichomonas vaginalis test ATV Gen-Probe, Inc San Diego, Californie est un test récemment approuvé par la FDA pour le dépistage et le diagnostic de la télévision chez les femmes Plusieurs types d’échantillons peuvent être utilisés Même spécimen et dispositif de collecte utilisé pour Aptima CT / Certains laboratoires ont validé les tests de TAAN du GC pour les mâles et les sites alternatifs. Certains laboratoires ont validé une méthode PCR interne. Vérifier le laboratoire pour la disponibilité et les types d’échantillons autorisés. Les tests d’hybridation approuvés par la FDA pour CT / GC incluent : Test Digene Hybrid Capture II Test CT / GC Digene, Silver Spring, Md et PACE C CT / GC Gen-Probe, Inc, San Diego, Californie Aucun des tests n’a été effacé pour les échantillons d’urine; Le test de digène n’est pas autorisé chez les mâles Sensibilité différente de NAATe Pas aussi sensible que NAATsf Pas largement disponible; test de référence pour certains spécimens; une sensibilité d’environ% par rapport aux cellules épithéliales NAATg est requise pour une coloration adéquate de Gram exam chez les mâles seulement; – WBC / HPF et diplocoques gram-négatifs intracellulaires gndc-% spécifiques pour GC; pas de gndc intracellulaire seule- ment% -% spécifique à GCi Culture permet des tests de susceptibilité antimicrobienne; la sensibilité de la culture peut être meilleure en cas d’inoculation directe d’un échantillon à un milieu sélectif avec un comprimé de CO au chevet du patient; la vancomycine dans les milieux peut inhiber certaines souches de GC. La fixation humide pour les trichomonas nécessite des organismes vivants pour visualiser le mouvement; sensibilité% k OSOM Test rapide de Trichomonas Genzyme, Diagnostics, Cambridge, MA; ne nécessite pas d’organismes vivants pour une performance de test optimale, la sensibilité varie de% à% par rapport à la culture et NAAT chez les patients symptomatiques et asymptomatiques, avec les meilleurs résultats chez les patients symptomatiques. Affirm VP III Assay Becton Dickinson, Sparks, MD; ne dépend pas d’organismes viables pour des performances de test optimales; tube de transport spécial requis; détecte G vaginalis comme un organisme associé à BV, la vaginite à levures C albicans seulement et Trichomonas vaginalis FDA-autorisé pour les échantillons vaginaux et les femmes symptomatiques seulement sensibilité Trichomonas pas aussi bon que NAATm InPouch TV système de culture Biomed Diagnostics, White City, OU permet à la fois immédiate examen des frottis par monture humide et culture subséquente; pas disponible largement Sensibilité environ% par rapport aux méthodes NAATn Vérifier avec le laboratoire, certaines peuvent être maintenues et expédiées à RTView Grand dépistage CT annuelLes femmes actives âgées de ≤ ans et les femmes enceintes enceintes avec un nouveau partenaire sexuel ou plusieurs partenaires sexuelsLes femmes qui sont incarcéréesGC dépistage envisager l’épidémiologie locale et Femmes sexuellement actives âgées de ≤ ans et femmes enceintes Femmes ayant une infection antérieure par GC ou d’autres IST Femmes ayant plusieurs partenaires sexuels Femmes n’utilisant pas de préservatifLes professionnelles du sexe et celles qui utilisent des droguesLes femmes incarcéréesPour le diagnostic de CT et GC, plusieurs méthodes existent mais des tests d’amplification nucléique sont les tests préférés pour la détection en raison de la sensibilité accrue tout en conservant la spécificité dans les populations à faible prévalence des patientes enceintes et la capacité de dépister avec un échantillon d’urine non invasive Spécifiquement, les tests EIA ne doivent pas être utilisés. p Il n’est pas recommandé d’effectuer un test de suivi pour un test de guérison CT ou GC sauf en cas de circonstances particulières. Grossesse, symptômes persistants Cependant, les patients présentant un risque plus élevé d’IST doivent être dépistés dans les mois qui suivent le test positif initial. infection car les patients ayant des infections répétées présentent un risque plus élevé de MIP. Les exigences pour les tests et / ou les tests de confirmation chez les patients pédiatriques peuvent varier d’un état à l’autre. Les fournisseurs appropriés ou les laboratoires effectuant des tests chez l’enfant doivent être consultés. Récemment, les études de prévalence utilisant des TAAN ont montré que Trichomonas est aussi commun que la TDM et plus commun que le GC dans la plupart des contextes cliniques et géographiques, avec une présence particulièrement élevée chez les femmes de plus de En outre, la nature ulcéreuse de l’infection entraîne des séquelles similaires à celles Un CTAN approuvé par la FDA permet de tester les mêmes échantillons de dépistage utilisés pour les tests CT et GC avec une sensibilité significativement améliorée par rapport aux tests humides standardisés pour M genitalium. disponible ou recommandé Cependant, chez les patients atteints d’urétrite non nongonococcique nonchlamydienne, NGU,% -% d’infections peuvent être dues à cet organisme. Un TAAN peut être la meilleure option pour la détection de M genitalium en raison de problèmes de culture et de réactivité croisée avec des tests sérologiques, mais ce test n’est ni approuvé par la FDA ni largement disponible Culture for Ureaplasma n’est pas recommandé en raison de la prévalence élevée de la colonisation chez les personnes sexuellement actives asymptomatiques

D Infections du bassin féminin

La maladie inflammatoire pelvienne PID est un spectre de troubles de la partie supérieure du tractus génital féminin et comprend une seule ou une combinaison d’endométrite, d’abcès tubo-ovarien et de salpingite. PID peut être cliniquement difficile à identifier lorsque les patients présentent des symptômes légers ou non spécifiques. examen la sensibilité au mouvement cervical ainsi que d’autres critères température élevée ou décharge mucopurulente augmente la spécificité et la valeur prédictive positive des tests de laboratoire Les tests diagnostiques dépendent de la sévérité clinique de la maladie, de l’évaluation du risque épidémiologique et des procédures invasives telles que la laparoscopie et / ou biopsie de l’endomètre, sont utilisés Les tests bactériens réalisés sur des échantillons endocervicaux collectés de manière non aceptique ou la dilatation et le curetage [D et C] ont une utilité limitée dans le diagnostic de PID Actinomyces spp peut provoquer des infections associées aux dispositifs intra-utérins; En cas de suspicion, le laboratoire doit être informé de la culture anaérobie de tels échantillons, y compris un bouillon anaérobie maintenu pendant plusieurs jours. Les patients suspectés d’être atteints de MIP doivent subir un test de dépistage CT, GC, TV et VIH. le seuil de la thérapie faible L’endométrite post-partum doit être suspectée lorsque le patient présente une forte fièvre ≥ ° F ou ° F ° C à plus de deux reprises & gt; heures après les premières heures d’accouchement et jusqu’à quelques jours après l’accouchement après les premières heures après l’accouchement, douleurs abdominales, sensibilité utérine et lochies impures. Habituellement un syndrome multi-organisme, l’infection est le plus souvent observée chez les patients ayant une césarienne non planifiée. L ‘endométrite post – partum peut être réduite en testant et en traitant la BV symptomatique en fin de grossesse, associée au travail prématuré et à l’ accouchement prolongé. Dépistage de la colonisation par les streptocoques du groupe B à la fois vaginal et anal. La prophylaxie pendant le travail et l’accouchement peut réduire l’incidence des maladies néonatales Bien que le rôle de la culture dans le contexte de l’endométrite soit controversé, les tests de diagnostic à prendre en compte dans le diagnostic de PID et d’endométrite post-partum sont présentés au

Tableau XI – Diagnostic en laboratoire des agents pathogènes associés aux maladies inflammatoires pelviennes et à l’endométrite Agents étiologiques courants Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Organismes anaérobies mixtes Cultures sanguines et susceptibilités antimicrobiennes pour évaluer les causes inhabituelles de PID ou d’endométrite Sang, collections séparées de ponction veineuse Injecter dans des flacons d’hémoculture, RT, h Flore vaginale Enterobacteriaceae, entérocoques Groupe Aa et B Streptocoques Mycoplasma Tache de Gram Endomètre , abcès tubo-ovarien et / ou contenu des trompes de Fallope Placer dans ou injecter dans un récipient anaérobie stérile, RT, min Culture aérobie et anaérobie, b Histologie des signes d’endométrite Biopsycine endométriale Containe stérile, RT, min Conteneur de formol, RT, min- Neisseria gonorrhoeae GC NAAT Urine, écouvillon endocervical Dispositif de transport fourni par le laboratoire, RT, d Chlamydia trachomatis CT Trichomonas vaginalis Virus de l’immunodéficience humaine VIH VIH EIA-anticorps Sérum Caillot, RT, h Agents étiologiques communs Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Organismes anaérobies mixtes Cultures sanguines et susceptibilités antimicrobiennes pour évaluer les causes inhabituelles de PID ou d’endométrite Sang, collections séparées de ponction veineuse Injecter dans des flacons d’hémoculture, RT, h Flore vaginale Enterobacteriaceae, entérocoques Groupe Aa et B Streptocoques Mycoplasma Tache de Gram Endomètre , abcès tubo-ovarien et / ou contenu des trompes de Fallope Placer dans ou injecter dans un récipient anaérobie stérile, RT, min Culture aérobie et anaérobie, b Histologie des signes d’endométrite Biopsycine endométriale Containe stérile, RT, min Conteneur de formol, RT, min- Neisseria gonorrhoeae GC NAAT Urine, écouvillon endocervical Dispositif de transport fourni par le laboratoire, RT, d Chlamydia trachomatis CT Trichomonas vaginalis Virus de l’immunodéficience humaine VIH HIV EIA-anticorps Sérum Caillot de vase, RT, h Abréviations: TAAN, test d’amplification des acides nucléiques; RT, température ambiante La coloration de Gram peut aider à l’identification d’un pathogène significatif. Identification limitée et test de sensibilité aux antimicrobiens AST lorsque les cultures montrent de multiples organismes aérobies et anaérobies mixtes. Échantillons invasifs obtenus par examen laparoscopique.

E Populations particulières

Les enfants pour qui l’agression sexuelle est une considération devraient être référés à un cadre ou une clinique qui traite spécifiquement de cette situation. Les lecteurs sont référés aux références par Jenny, Kellogg, Girardet et Black où les échantillons NAAT et non invasifs ont donné d’excellents résultats. MSM, les sites génitaux typiques ne sont pas toujours infectés, par exemple l’urètre ou l’urine Les recommandations du CDC comprennent maintenant le dépistage dans cette population à un certain nombre de sites pour GC et CT, y compris le rectum, le pharynx et l’urètre. Pour d’autres recommandations Chez les patientes enceintes, le dépistage du VIH, de la syphilis, de l’antigène de surface de l’hépatite B HBsAg, CT, GC en cas de groupe à haut risque ou de prévalence élevée de GC est systématique. Les streptocoques du groupe B doivent être observés à des semaines, avec des prélèvements rectaux et vaginaux sur écouvillon pour optimiser l ‘identification des porteurs. Les rations utilisent généralement un bouillon d’enrichissement et un milieu sélectif pour améliorer la récupération des streptocoques Trichomonas et du groupe B. Tandis que les TAAN sont disponibles pour les streptocoques du groupe B, la sensibilité n’est optimale que lorsque le streptocoque du groupe B est détecté. Les antécédents d’IST, ceux des groupes à risque plus élevé et / ou de présentation clinique compatible avec l’infection, doivent être évalués pour d’autres agents pathogènes, par exemple HSV si des lésions vésiculaires sont présentes Bien que rare, infection Listeria chez la femme enceinte généralement acquise par ingestion En raison de symptômes non spécifiques, le diagnostic est difficile, mais les cultures de sang d’une mère bactériémique peuvent permettre la détection de ce pathogène à temps pour l’antibioprophylaxie Les tests de dépistage sérologiques, les cultures de selles chez les femmes enceintes ne sont pas appropriés

XII INFECTIONS DE LA PEAU ET DES TISSUS MOUS

Les infections cutanées, souvent appelées infections cutanées et infections des tissus mous, surviennent lorsque les mécanismes protecteurs de la peau échouent, notamment après un traumatisme, une inflammation, une macération due à une humidité excessive, une mauvaise irrigation sanguine ou d’autres facteurs perturbant la couche cornée. La peau et la peau constituent un point d’entrée pour une myriade de flore microbienne exogène et endogène pouvant provoquer diverses infections. Les infections de la peau et des tissus mous sont souvent classées comme pyodermites primaires, infections associées aux affections cutanées sous-jacentes et nécrosantes. Les infections cutanées primaires représentatives comprennent la cellulite, l’ecthyma, l’impétigo, la folliculite, la furonculose et l’érysipèle et sont communément causées par un spectre étroit de bactéries pyogènes Staphylococcus aureus et / ou Streptococcus pyogenes [Groupe A streptocoque] Les infections secondaires sont souvent des lésions préexistantes blessures traumatiques ou chirurgicales , les ulcères qui servent de principale porte d’entrée pour les pathogènes microbiens et sont souvent des microorganismes polymérobies mixtes aérobies et anaérobies impliquant des tissus sous-cutanés Les infections diabétiques du pied DFI proviennent généralement d’une plaie, secondaire à une ulcération neuropathique Les bactéries anaérobies sont des agents pathogènes importants et prédominants dans DFI et La majorité des IFD sont des cocci polymicrobiens, mais les cocci à Gram positif, spécifiquement les staphylocoques, sont les agents infectieux les plus courants. Pseudomonas aeruginosa est impliqué dans la majorité des IFD chroniques, mais sa pertinence liée aux décisions de traitement n’est pas claire. les cultures de telles plaies, y compris les ulcères de décubitus, ne sont pas utiles car elles représentent des microbes colonisateurs qui ne peuvent pas être différenciés de l’agent étiologique sous-jacent. Les biopsies tissulaires après débridement complet ou les biopsies osseuses à travers un site débridé sont les infections cutanées nécrosantes les plus précieuses. tel comme la fasciite nécrosante, sont généralement causées par des streptocoques et moins souvent par des espèces MRSA ou Klebsiella, mais peuvent également être polymcrobial. L’infection se produit généralement après une blessure pénétrante aux extrémités, est souvent mortelle, et nécessite une reconnaissance et une intervention immédiates. La fasciite nécrosante survient en l’absence de traumatismes identifiablesPour les formes courantes de SSTI, les cultures ne sont pas indiquées pour les infections non compliquées cellulite, les abcès sous-cutanés traités en ambulatoire Si les cultures sont bénéfiques dans la gestion de la cellulite chez le patient hospitalisé est incertain et la sensibilité du sang Les cultures dans ce contexte sont faibles Les cultures sont indiquées pour le patient qui nécessite une incision et un drainage opératoires en raison du risque de structure profonde et d’atteinte tissulaire Dans cette section, les infections cutanées et cutanées ont été étendues et classées comme suit : site chirurgical associé à un traumatisme, Bien que la plupart de ces infections soient communément causées par S aureus et S pyogenes, d’autres microorganismes, y compris les champignons et les virus, sont importants et nécessitent une prise en charge médicale et thérapeutique appropriée. Par exemple, tous les laboratoires ne fournissent pas de cultures quantitatives pour l’évaluation des plaies, en particulier des plaies dues aux brûlures. Si un service ou une procédure n’est pas disponible dans le laboratoire de microbiologie local, consulter le laboratoire afin que des dispositions puissent être prises pour transférer le spécimen dans un laboratoire de référence qualifié, étant entendu que les délais d’attente seront probablement plus longs, prolongeant ainsi le délai de réception des résultats. Un facteur majeur dans l’acquisition d’une culture cliniquement pertinente. résultats des tests est l’acquisition d’échantillons appropriés qui r Voici les lignes directrices pour l’obtention d’échantillons représentatifs: Points clés pour le diagnostic en laboratoire des infections de la peau et des tissus mous: • N’utilisez pas l’étiquette «blessure» seule. Soyez précis au sujet du site corporel et du type de plaie par exemple «morsure humaine, articulation» • L’échantillon de choix est un échantillon biopsié de la marge d’avancement de la lésion. Le pus seul ou un tampon de surface superficiel est inadéquat et ne représente pas le processus pathologique • Ne pas demander au laboratoire de rapporter tout ce qui pousse

Une infection de brûlure

Le recours à des prélèvements de surface ou à des biopsies tissulaires pour la culture est recommandé pour surveiller la présence et l’étendue de l’infection Tableau XII- Culture quantitative de l’un ou l’autre spécimen est recommandé; L’utilisation optimale des prélèvements quantitatifs nécessite un échantillonnage bihebdomadaire du même site pour suivre avec précision la tendance de la colonisation bactérienne. Une limitation majeure de la culture quantitative en écouvillon de surface est que la croissance microbienne reflète la flore microbienne à la surface de la plaie plutôt que la marge le tissu sous-cutané ou profond sous-jacent endommagé La culture bactérienne quantitative de la biopsie tissulaire doit être complétée par un examen histopathologique pour mieux connaître l’étendue de l’invasion microbienne. Il est conseillé de ne pas proposer de cultures bactériennes quantitatives dans tous les laboratoires; Les cultures de biopsies quantitatives doivent être envisagées chez les patients nécessitant une greffe. Avant tout prélèvement ou biopsie, la plaie doit être soigneusement nettoyée et dépourvue d’agents antimicrobiens topiques pouvant affecter les résultats de la culture. Des hémocultures doivent être prélevées pour détecter une maladie systémique secondaire à la plaie.

Tableau XII – Diagnostic en laboratoire des infections par brûlures Plaies diagnostiques Méthodes optimales pour le transport des pneumatiques Problèmes de transport; Temps de transport optimal Staphylococcus aureus bactérien Aérobie, culture quantitative / AST Culture sanguine RT, & lt; h, aérobie staphylocoques à coagulase négative surface RT écouvillon, & lt; h, milieu de transport Enterococcus spp Biopsie tissulaire sans formol, maintenir humide Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli Histopathologie Biopsie tissulaire à l’aiguille Soumettre au formol RT, h Klebsiella pneumoniae Serratia marcescens Culture anaérobie La biopsie tissulaire ou le prélèvement par aspiration peuvent ne pas représenter le processus pathologique. -des médias réduits; RT, & lt; h Proteus spp. Aeromonas hydrophilaa Bacteroides spp et autres anaérobies NAAT pour MRSA et S aureus seulement Écouvillon du fabricantb Dispositif de transport fourni par le laboratoire, RT, & lt; h Fungi Candida spp Culture fongique Biopsie tissulaire RT, & lt; min, pas de formol, garder humide Aspergillus spp Fusarium spp Alternaria spp Culture de sang fongique Sang; – cultures par période H tube de lyse-centrifugation ou flacons d’hémoculture à base de bouillon, RT, & lt; h Virus zygomycètes Virus de l’herpès simplex Culture tissulaire Biopsie / aspiration Matériel de transport viral ou dispositif de transport fourni par le laboratoire Cytomégalovirus TAAN, le cas échéant et validé en laboratoire Varicelle-zona Virus Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Staphylococcus aureus bactérien Aérobie, culture quantitative / AST Culture sanguine RT, & lt; h, aérobie staphylocoques à coagulase négative surface RT écouvillon, & lt; h, milieu de transport Enterococcus spp Biopsie tissulaire sans formol, maintenir humide Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli Histopathologie Biopsie tissulaire à l’aiguille Soumettre au formol RT, h Klebsiella pneumoniae Serratia marcescens Culture anaérobie La biopsie tissulaire ou le prélèvement par aspiration peuvent ne pas représenter le processus pathologique. -des médias réduits; RT, & lt; h Proteus spp. Aeromonas hydrophilaa Bacteroides spp et autres anaérobies NAAT pour MRSA et S aureus seulement Écouvillon du fabricantb Dispositif de transport fourni par le laboratoire, RT, & lt; h Fungi Candida spp Culture fongique Biopsie tissulaire RT, & lt; min, pas de formol, garder humide Aspergillus spp Fusarium spp Alternaria spp Culture de sang fongique Sang; – cultures par période H tube de lyse-centrifugation ou flacons d’hémoculture à base de bouillon, RT, & lt; h Virus zygomycètes Virus de l’herpès simplex Culture tissulaire biopsie / aspiration Matériel de transport viral ou dispositif de transport fourni par le laboratoire Cytomégalovirus TAAN, le cas échéant et virus de varicelle-zona validé en laboratoire Abréviations: AST, tests de sensibilité aux antimicrobiens; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambiante Brûlures électriques; L’application de tests d’amplification des acides nucléiques NAAT pour la détection des virus répertoriés est généralement limitée au sang et / ou aux fluides corporels. Il est recommandé que le clinicien détermine si le laboratoire de soutien local a validé de tels essais et si le laboratoire a évalué la performance avec des spécimens de tissus Cette précaution s’appliquerait également à la détection moléculaire du SARM sauf pour un test approuvé par la FDA pour S aureus et MRSA de SSTI et VRE

B Infections des plaies par piqûre humaine

La cavité buccale humaine contient de nombreux pathogènes aérobies et anaérobies potentiels et est la principale source de pathogènes causant des infections à la suite de piqûres humaines. Les plus communs sont Staphylococcus spp, Streptococcus spp, Clostridium spp, pigments anaérobies à Gram négatif et Fusobacterium spp. Les infections sont courantes dans le groupe d’âge pédiatrique et sont souvent infligées pendant le jeu ou par des adultes violents. Les plaies peuvent varier d’abrasions superficielles à des manifestations plus sévères telles que lymphangite, abcès locaux, arthrite septique, ténosynovite et ostéomyélite complications rares: endocardite, méningite, cerveau abcès et sepsis accompagnés de coagulation intravasculaire disséminée, en particulier chez les patients immunocompromis. En plus du défi d’acquérir un échantillon de plaie représentatif pour la culture aérobie et anaérobie, une limitation majeure de la culture est le potentiel d’informations trompeuses en raison de la nature polymicrobienne du wou nd Il est important d’effectuer une coloration de Gram sur l’échantillon pour évaluer la présence d’indicateurs d’inflammation, par ex. neutrophiles, contamination superficielle cellules épithéliales squameuses et micro-organismes. Dans de nombreux cas, les écouvillons ne sont pas un échantillon de choix. la biopsie tissulaire ou les aspirations incluent: un plus grand risque de contamination avec la flore superficielle / colonisatrice; quantité limitée d’échantillon pouvant être acquise; séchage à moins d’être placé dans un milieu de transport approprié, ce qui en soi dilue les microbes rares et limite davantage le rendement de la culture

Tableau XII – Diagnostic en laboratoire des infections des plaies par piqûre humaine Procédures diagnostiques des agents étiologiques a Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Aérobactéries bactériennes Culture aérobie / anaérobie Tissus Conditions de transport anaérobies / flacons Flore orale aérobie et anaérobie mixte Coloration de Gram Biopsie / aspiration Agents étiologiques Procédures de diagnostica Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Aérobactéries bactériennes Culture aérobie / anaérobie Tissus Conditions de transport anaérobies / flacons Flore orale aérobie et anaérobie mixte Coloration de Gram Biopsie / aspiration Abréviation: RT, température ambiante Aucune utilité pour prélever un échantillon au moment de la piqûre; recueillir des échantillons seulement si l’infection se produit

C Infections par blessure par piqûre d’animal

Comme pour les plaies par morsure humaine, la cavité buccale des animaux est la principale source de pathogènes potentiels et, par conséquent, les agents étiologiques anticipés dépendent fortement du type d’animal qui a infligé la morsure. plaies infligées, les deux groupes les plus importants de microorganismes initialement considérés dans l’évaluation des patients sont Pasteurella spp, à savoir P canis chiens et P multocida sous-espèces multocida et sous-espèces septica chats ou Capnocytophaga canimorsus Autres aérobes communs comprennent les streptocoques, staphylocoques, Moraxella spp et saprophyte Neisseria spp Les plaies par morsures d’animaux sont souvent de nature polymicrobienne et comprennent une variété d’anaérobies En raison de la complexité de la flore microbienne chez les animaux, l’examen des cultures pour d’autres organismes que ceux énumérés au tableau XII présente peu d’avantages puisque ces organismes ne sont pas inclus dans la plupart des systèmes d’identification commerciaux conventionnels et automatisés ses [, -]

Tableau XII – Diagnostic en laboratoire des infections des plaies par des morsures d’animaux Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bacteriala Actinobacillus spp Culture aérobie / anaérobie Tissu / biopsie / aspiration Récipient de transport anaérobieb Capnocytophaga spp Erysipelothrix rhusiopathiae Tache de Gram Assurez-vous de fournir un volume d’échantillon suffisant pour une culture complète et une évaluation des taches de Gram; RT, & lt; h Pasteurella spp Streptobacillus spp Culture de sang Sang; – cultures par h Bouteilles de culture de sang, RT, & lt; h Mycobacterium fortuitum Culture aérobique Tissu / biopsie / aspiration Conteneur stérile, RT, & lt; h M kansasii Culture acido-résistante Tache acido-résistante Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Transport dans le formol, RT, h- h Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bacteriala Actinobacillus spp Culture aérobie / anaérobie Tissu / biopsie / aspiration Récipient de transport anaérobieb Capnocytophaga spp Erysipelothrix rhusiopathiae Tache de Gram Assurez-vous de fournir un volume d’échantillon suffisant pour une culture complète et une évaluation des taches de Gram; RT, & lt; h Pasteurella spp Streptobacillus spp Culture de sang Sang; – cultures par h Bouteilles de culture de sang, RT, & lt; h Mycobacterium fortuitum Culture aérobique Tissu / biopsie / aspiration Conteneur stérile, RT, & lt; h M kansasii Culture acido-résistante Tache acido-résistante Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Transport en formol, RT, h- h Abréviation: RT, température ambiante Autres pathogènes potentiels à considérer: Staphylococcus intermedius, Bergeyella zoohelcum, Propionibacterium spp, Filifactor spp, Moraxella spp, Neisseria spp, Kingella spp, Pseudomonas fluorescens, Halomonas venusta, CDC Group EF-, CDC NO-, Peptococcus spp, la rage ou d’autres virus se rapportent à la Section virale XIVb Les milieux de transport anaérobies conservent tous les autres organismes pour la culture.

D Infections cutanées associées au traumatisme

Les infections dues à un traumatisme sont généralement causées par une flore microbienne exogène ou environnementale mais peuvent être dues à la flore endogène normale de l’individu. Tableau XII- Il est fortement recommandé de ne pas soumettre les spécimens à la culture dans les premières heures post-traumatiques. la période la plus probable représente la flore environnementale acquise au moment de l’épisode de traumatisme accident de véhicule à moteur, coups de couteau, blessures par balle, etc Le moment optimal pour acquérir des cultures est immédiatement post-débridement du site traumatologique sur les agents pathogènes courants avec des tests supplémentaires réservés aux infections rares ou rares associées à des circonstances particulières ex: détection de Vibrio spp après exposition à l’eau salée ou patients présentant des manifestations chroniques d’infection ou qui ne répondent pas à un traitement initial

Tableau XII – Diagnostic en laboratoire des infections cutanées associées à un traumatisme Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Staphylococcus aureus bactérien Culture aérobie / anaérobie Tissu chirurgical Conditions aérobies / anaérobies ou dispositif de transport anaérobie; garder les tissus humides Groupe A, B, C et G streptocoques NAATa biopsie / aspirer Aeromonas hydrophila et autres Aeromonas spp hémoculture hémoculture aérobie / anaérobie flacons, RT, & lt; Vibrio vulnificus Bacillus anthracisb Clostridium tétanique Corynebacterium spp Mélange flore aérobie / anaérobie origine cutanée Histopathologie Tissu chirurgical Contenant en formaline, RT, h- h Biopsie / aspiration Mycobacterium spp Culture mycobactérienne Tissu / biopsie / aspiration Conteneur stérileRT, & lt; h Nocardia spp Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Bac à formol, RT, h- h Fungal Aspergillus spp Culture fongique Tissu chirurgical Appareil de transport aérobie Sporothrix schenckii Préparation de Calcofluor-KOH Biopsie / aspiration Garder les tissus humides; éviter la fixation de formol Histoplasma capsulatum Blastomyces dermatitidis Coccidioides immitis Penicillium marneffei Histopathologie Tissu chirurgical Conteneur en formaline, RT, h- h Levures Candida / Cryptococcus spp Biopsie / Aspirer Autres champignons filamenteux Zygomycètes Moisissures dématiacées Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Staphylococcus aureus bactérien Culture aérobie / anaérobie Tissu chirurgical Conditions aérobies / anaérobies ou dispositif de transport anaérobie; garder les tissus humides Groupe A, B, C et G streptocoques NAATa biopsie / aspirer Aeromonas hydrophila et autres Aeromonas spp hémoculture hémoculture aérobie / anaérobie flacons, RT, & lt; Vibrio vulnificus Bacillus anthracisb Clostridium tétanique Corynebacterium spp Mélange flore aérobie / anaérobie origine cutanée Histopathologie Tissu chirurgical Contenant en formaline, RT, h- h Biopsie / aspiration Mycobacterium spp Culture mycobactérienne Tissu / biopsie / aspiration Conteneur stérileRT, & lt; h Nocardia spp Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Bac à formol, RT, h- h Fungal Aspergillus spp Culture fongique Tissu chirurgical Appareil de transport aérobie Sporothrix schenckii Préparation de Calcofluor-KOH Biopsie / aspiration Garder les tissus humides; éviter la fixation de formol Histoplasma capsulatum Blastomyces dermatitidis Coccidioides immitis Penicillium marneffei Histopathologie Tissu chirurgical Conteneur en formaline, RT, h- h Levures Candida / Cryptococcus spp Biopsie / aspirer Autres champignons filamenteux Zygomycètes Moisissures dématiacées Abréviations: KOH, hydroxyde de potassium; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, room temperaturea Il existe un NAAT approuvé par la FDA pour la détection directe de S aureus et SARM à partir de tampons de plaies et de pusb Agent potentiel de bioterrorisme: en cas de doute, avertir le laboratoire pour des raisons de sécuritéc Clostridium tetani peut aussi être un agent étiologique des traumatismes associés. Les utilisateurs de drogues intraveineuses s’injectent eux-mêmes des substances exogènes qui peuvent inclure des spores du sol et d’autres contaminants qui causent des infections de la peau et des tissus mous, allant des abcès aux fasciites nécrosantes. semblables à celles du tableau XII, avec l’ajout de Clostridium sordellii, C botulinum causant le botulisme des plaies et les agents de la morsure humaine Tableau XII- parmi les poppers cutanés qui utilisent la salive comme diluant médicamenteux

E Infections du site opératoire

Infections du site opératoire Les ISO peuvent être causées par la flore endogène ou provenir de sources exogènes telles que les professionnels de la santé, l’environnement ou les matériaux manipulés lors d’une intervention chirurgicale “incisionnelle” ou “orgue / espace”. Les infections incisionnelles se subdivisent en peau superficielle et tissus sous-cutanés. et les tissus profonds, les muscles, les fascias Les infections incisionnelles profondes et les infections des organes et de l’espace sont les principales causes de morbidité. Le lecteur est prié de se reporter aux Directives pour la prévention et la prévention des infections du site. // wwwcdcgov / nhsn / pdfs / pscmanual / pscssicurrentpdf Parmi les agents microbiens énumérés ci-dessous, le Staphylococcus aureus, y compris S. aureus résistant à la méthicilline, les staphylocoques à coagulase négative et les entérocoques sont isolés de près de% de ces infections . les espèces interstitielles sont généralement isolées des cultures superficielles, elles sont rarement de véritables agents pathogènes; Les schémas thérapeutiques IDSA recommandés pour les infections du site opératoire ne sont pas actifs de manière fiable contre ces organismes . Pour optimiser les résultats de laboratoire cliniquement pertinents, résister à l’utilisation d’écouvillonnages pendant les procédures chirurgicales, et à la place soumettre des tissus, des liquides ou des aspirats

Tableau XII – Diagnostic en laboratoire des infections du site opératoire Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactérien S aureus Gram tache Tissu / biopsie / aspiration Garder les tissus humides; transport aérobie, RT, & lt; h Staphylocoques à coagulase négative Culture aérobie et streptocoques β-hémolytiques AST Groupe A, B, C et G NAATa Streptocoques non hémolytiques Culture anaérobie, le cas échéant Tissus / biopsie / aspiration Appareil de transport anaérobie Enterococci RT, & lt; h Acinetobacter spp Pseudomonas aeruginosa Culture de sang Bouteilles aérobies et anaérobies RT, & lt; h Enterobacteriaceae Flore indigène / exogène aérobie / anaérobie Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur de formol, RT, h- h RT, indéfini Mycoplasma hominis et Legionella pneumophila agents rares mais possibles dans des situations spécifiquesb culture culture de mycoplasmes nécessite une manipulation spéciale Tissu / biopsie / aspirer Spécial moyen de transport; vérifier auprès du laboratoire si disponible Mycobacterium spp-grow growers Tache acido-résistante et culture Tissu / biopsie / aspiration Appareil de transport aérobie Récipient stérile RT, & lt; h Champignons Candida spp Culture fongique Tissu / biopsie / aspirer Dispositif de transport aérobie Préparation de Calcofluor-KOH Récipient stérile RT, & lt; h Culture de sang fongique Sang Lysis-centrifugation tube de culture de sang ou bouteilles d’hémoculture aérobie, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur de formol, RT, h- h Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Bactérien S aureus Gram tache Tissu / biopsie / aspiration Garder les tissus humides; transport aérobie, RT, & lt; h Staphylocoques à coagulase négative Culture aérobie et streptocoques β-hémolytiques AST Groupe A, B, C et G NAATa Streptocoques non hémolytiques Culture anaérobie, le cas échéant Tissus / biopsie / aspiration Appareil de transport anaérobie Enterococci RT, & lt; h Acinetobacter spp Pseudomonas aeruginosa Culture de sang Bouteilles aérobies et anaérobies RT, & lt; h Enterobacteriaceae Flore indigène / exogène aérobie / anaérobie Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur de formol, RT, h- h RT, indéfini Mycoplasma hominis et Legionella pneumophila agents rares mais possibles dans des situations spécifiquesb culture culture de mycoplasmes nécessite une manipulation spéciale Tissu / biopsie / aspirer Spécial moyen de transport; vérifier auprès du laboratoire si disponible Mycobacterium spp-grow growers Tache acido-résistante et culture Tissu / biopsie / aspiration Appareil de transport aérobie Récipient stérile RT, & lt; h Champignons Candida spp Culture fongique Tissu / biopsie / aspirer Dispositif de transport aérobie Préparation de Calcofluor-KOH Récipient stérile RT, & lt; h Culture de sang fongique Sang Lysis-centrifugation tube de culture de sang ou bouteilles d’hémoculture aérobie, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur en formaline, RT, h- h Abréviations: AST, tests de sensibilité aux antimicrobiens; KOH, hydroxyde de potassium; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, room temperaturea Il y a un NAAT autorisé par la FDA pour la détection directe de S aureus et SARM à partir des écouvillons de plaies et pusbM hominis a provoqué des infections chirurgie post-articulaire et chirurgie post-abdominale, en particulier après les césariennes à Legionella spp ont été attribués à la contamination de l’approvisionnement en eau de l’hôpital Une chirurgie post-hanche Legionella infection est survenue après le nettoyage de la peau avec de l’eau du robinet Un bon traitement de l’eau devrait éliminer le risque de telles infections

F Radiologie interventionnelle et dispositifs de drainage

Les dispositifs interventionnels courants utilisés à des fins diagnostiques ou thérapeutiques incluent la radiologie interventionnelle et les drains chirurgicaux. Le premier consiste en des procédures mini-invasives angiographie, angioplastie par ballonnet / stent, chimioembolisation, insertions de drain, embolisations, thrombolyse, biopsie, ablation par radiofréquence, cryoablation, insertion de ligne, filtres de la veine cave inférieure, vertébroplastie, mise en place de la néphrostomie, gastrostomie radiologiquement insérée, accès à la dialyse et intervention connexe, shunt porto-systémique intrahépatique transjugulaire, intervention biliaire et ablation endoveineuse des veines variqueuses par guidage d’image. Les procédures sont considérées comme des diagnostics, p.ex. angiogramme ou réalisées à des fins thérapeutiques, p.ex. angioplastie Les images sont utilisées pour diriger des procédures qui sont effectuées avec des aiguilles ou d’autres instruments minuscules, par exemple des cathéters. Les infections résultant de telles procédures sont rares mais doivent être prises en compte lors de l’évaluation d’un patient. radiologie clinique qui constitue un facteur de risque d’infection en raison de la nature invasive de la procédureUne variété de dispositifs de drainage est utilisée pour éliminer le sang, le sérum, la lymphe, l’urine, le pus et autres fluides accumulés dans le lit de la plaie. de plaies profondes, de cavités intracorporelles ou d’abcès postopératoires intraabdominaux. Elles sont couramment utilisées après une chirurgie abdominale, cardiothoracique, neurochirurgicale, orthopédique et mammaire. Des drainages thoraciques et abdominaux sont également utilisés chez les patients traumatisés. L’élimination des accumulations de liquide aide à prévenir les séromes et leur infection subséquente. l’utilisation systématique des drains chirurgicaux postopératoires diminue, bien que leur utilisation dans certaines situations soit tout à fait nécessaire. Le type de drain à utiliser est choisi en fonction de la qualité et de la quantité de liquide de drainage, de la quantité d’aspiration requise, de l’emplacement anatomique et temps le drain sera nécessaire Le tube peut également être adapté selon les Certains types de tuyaux comprennent: silicone rond ou plat, caoutchouc, Blake / Channel, et Triple-Lumen. Le mécanisme de drainage peut dépendre de la gravité ou de l’aspiration de l’ampoule, ou il peut nécessiter une aspiration murale ou un système d’aspiration portable. être laissé en place d’un jour à des semaines, mais devrait être retiré si une infection est suspectée Les organismes infectieux qui peuvent coloniser un drain ou sa tubulure dépendent généralement de l’emplacement anatomique et de la position du drain superficiel, intrapéritonéal, ou dans un organe, Le conduit ou la fistule et l’indication de son utilisation L’interprétation des résultats de culture de drains qui sont en place depuis plusieurs jours peut être difficile en raison de la présence de bactéries colonisatrices et de levures. Les drainages sont caractérisés comme gravité, évaporateurs à basse pression, réservoir à ressort, Les fluides à basse pression ou haute pression provenant des drains sont des échantillons optimaux pour la collecte et la soumission au laboratoire de microbiologie. Tous les liquides doivent être recueillis asepti cally et transporté au laboratoire dans un dispositif approprié tel qu’un flacon hémoculture aérobie, stérile, contenant étanche, p. ex. une coupe urinaire ou un tube de prélèvement de sang contenant du citrate pour prévenir la coagulation en cas de présence de sang Pathogènes attendus des drains gravitaires proviennent de la peau ou du tractus gastro-intestinal; pour les types de drain restants, la flore cutanée représente les pathogènes prédominants

G Infections fongiques cutanées

La présence de moisissures ou de levures sur la peau pose un défi au clinicien pour déterminer si cela représente une contamination, une colonisation saprophytique ou une véritable infection clinique. Pour plus de commodité, les champignons ont été classés selon le type de mycose qu’ils produisent. par exemple, les dermatophytes produisent typiquement des infections de type teigne tinea; les moisissures dématiacées à pigmentation sombre et les champignons à levures provoquent des formes cutanées et sous-cutanées de mycose; les champignons dimorphes provoquent généralement une mycose systémique et la présence de lésions cutanées signifie une infection par inoculation directe disséminée ou primaire; Les champignons ressemblant à des levures sont généralement des agents des mycoses opportunistes, mais peuvent aussi se manifester comme une maladie primaire ou disséminée comme c’est le cas pour les moisissures opportunistes, par exemple Aspergillus spp, Fusarium spp En plus des échantillons optimaux recommandés et des cultures associées, la fixation et l’immunodiffusion réalisées en parallèle, non indépendantes les unes des autres, sont souvent bénéfiques pour diagnostiquer les mycoses systémiques, en particulier celles provoquées par Histoplasma et Coccidioides En cas d’histoplasmose active et de blastomycose, le test d’antigène urinaire peut être utile pour identifier une maladie disséminée

Tableau XII – Diagnostic en laboratoire des infections fongiques des agents étiologiques de la peau et des tissus sous-cutanés Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Dermatophytes / Tineas Epidermophyton spp Culture fongique Raclures cutanées / follicules pileux / raclures des ongles Conteneur de transport stérile Conditions aérobies, RT, & lt; Trichophyton spp Calcofluor-KOH préparation Microsporum spp Histopathologie Tissu / biopsie Conteneur en formaline, RT, h- h Champignon filamenteux foncé pigmenté Scedosporium / culture fongique Tissu / biopsie / aspirer Conteneur de transport stérile Pseudallescheria spp Calcofluor-KOH préparation Conditions aérobies, RT, & lt ; h Exophiala spp Cladosporium spp Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur en formaline, RT, h- h Phialophora spp Alternaria spp Bipolaris spp Dimorphique Histoplasma capsulatum Culture fongique Tissu / biopsie / aspirate Conteneur de transport stérile Blastomyces dermatitidis Urine Antigen Histoplasma; Blastomyces Urine Conditions aérobies Coccidioides immitis Gobelet stérile; RT & lt; Paracoccidioides brasiliensis Penicillium marneffei Préparation de Calcofluor-KOH Sporothrix schenckii Sérologie fongique Sérum Caillot de Caillot, RT, & lt; h Culture de sang Sang; définit des bouteilles de culture sanguine aérobie, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Bac à formol, RT, h- h Champignons de type levure Candida spp Culture fongique Tissu / biopsie / aspirat Conteneur de transport stérile Cryptococcus neoformans Colorant de préparation Calcofluor-KOH Sang; conditions aérobies Trichosporon spp RT, & lt; h Geotrichum spp Bouteilles d’hémoculture aérobie, RT, & lt; h Malassezia spp Culture de sang Sang; met en bouteille la culture de sang aérobie ou lyse / centrifugation hémoculture, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Bac à formol, RT, h- h Autres champignons Aspergillus spp Culture fongique Tissu / biopsie / aspirat Conteneur de transport stérile Fusarium spp Calcofluor-KOH préparation Conditions aérobies Zygomycètes Sang; setsFusarium seulement RT, & lt; h Bouteilles d’hémoculture aérobie ou lyse / centrifugation hémocultures, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur de formol, RT, h- h Agents étiologiques Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Dermatophytes / Tineas Epidermophyton spp Culture fongique Raclures cutanées / follicules pileux / raclures des ongles Conteneur de transport stérile Conditions aérobies, RT, & lt; Trichophyton spp Calcofluor-KOH préparation Microsporum spp Histopathologie Tissu / biopsie Conteneur en formaline, RT, h- h Champignon filamenteux foncé pigmenté Scedosporium / culture fongique Tissu / biopsie / aspirer Conteneur de transport stérile Pseudallescheria spp Calcofluor-KOH préparation Conditions aérobies, RT, & lt ; h Exophiala spp Cladosporium spp Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur en formaline, RT, h- h Phialophora spp Alternaria spp Bipolaris spp Dimorphique Histoplasma capsulatum Culture fongique Tissu / biopsie / aspirate Conteneur de transport stérile Blastomyces dermatitidis Urine Antigen Histoplasma; Blastomyces Urine Conditions aérobies Coccidioides immitis Gobelet stérile; RT & lt; Paracoccidioides brasiliensis Penicillium marneffei Préparation de Calcofluor-KOH Sporothrix schenckii Sérologie fongique Sérum Caillot de Caillot, RT, & lt; h Culture de sang Sang; définit des bouteilles de culture sanguine aérobie, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Bac à formol, RT, h- h Champignons de type levure Candida spp Culture fongique Tissu / biopsie / aspirat Conteneur de transport stérile Cryptococcus neoformans Colorant de préparation Calcofluor-KOH Sang; conditions aérobies Trichosporon spp RT, & lt; h Geotrichum spp Bouteilles d’hémoculture aérobie, RT, & lt; h Malassezia spp Culture de sang Sang; met en bouteille la culture de sang aérobie ou lyse / centrifugation hémoculture, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Bac à formol, RT, h- h Autres champignons Aspergillus spp Culture fongique Tissu / biopsie / aspirat Conteneur de transport stérile Fusarium spp Calcofluor-KOH préparation Conditions aérobies Zygomycètes Sang; setsFusarium seulement RT, & lt; h Bouteilles d’hémoculture aérobie ou lyse / centrifugation hémocultures, RT, & lt; h Histopathologie Tissu / biopsie / aspiration Conteneur en formaline, RT, h- h Abréviations: KOH, hydroxyde de potassium; RT, température ambianteVoir Grand

La culture est rarement pratiquée en dehors des milieux de recherchegLes tiques des xodes ont une large gamme d’hôtes, augmentant ainsi les risques d’acquisition de multiples pathogènes par les hôtes réservoirs. Les patients présentant une maladie documentée transmise par les tiques courent un risque accru d’infection par un autre organisme transmis par les tiques. un diagnostic de maladie de Lyme a démontré une preuve immunosérologique de co-infection avec les espèces Babesia microti, Anaplasma phagocytophilum ou Erlichia; en Europe; Il faut également envisager une co-infection par le virus de l’encéphalite à tiques. h Effectuer une IgM et une IgG WB pendant les premières semaines de la maladie chez un patient ayant une EIE positive. Une IgB WB ne peut être interprétée après qu’un patient présente des symptômes depuis plus d’un mois. durée parce que la probabilité d’un résultat de test faussement positif pour une infection actuelle est élevée chez ces personnes; Par conséquent, chez les patients présentant des symptômes plus longs que des semaines, ne tester qu’une IgG WB http: // wwwcdcgov / lyme / healthcare / clinician_twotierhtml De plus, une IgM IgM positive est considérée comme positive uniquement si les bandes suivantes sont présentes: kDa, kDa et kDa De même, une IgG positive n’est considérée comme positive que si les bandes suivantes sont présentes: kDa, kDa, kDa, kDa, kDa, kDa, kDa, kDa, kDa et kDa. Les laboratoires effectuant ces tests sont fortement encouragés à signaler uniquement la présence Les autres maladies associées à la maladie de Lyme peuvent être diagnostiquées par TAAN TAT – heures ou culture TAT jours à – semaines Spécimens acceptables pour plusieurs érythèmes ou lymphocytome borrélial, cardite de Lyme, arthrite de Lyme et une acrodermatite sont une biopsie de la peau, une biopsie endomyocardique, un liquide synovial ou une biopsie de la peau, et une biopsie de la peau, respectivement Bien que Borrelia puisse être détecté par TAAN dans le sang, la biopsie Par exemple, l’ADN de Borrelia est détecté dans le sang de moins de la moitié des patients au début de la phase aiguë de la maladie, lorsque le diagnostic de maladie de Lyme est limité. l’érythème migrant est présent et si les symptômes de la maladie de Lyme sont présents depuis un mois ou plus, les spirochètes ne peuvent plus être retrouvés dans le sang. De même, le test NAAT des échantillons de LCR est positif chez environ un tiers des patients américains. neuroborréliose, et est encore moins sensible chez les patients atteints d’une maladie neurologique tardive L’utilité de tester le liquide synovial et d’autres types d’échantillons n’est pas bien établie et ne doit être envisagée que dans des circonstances exceptionnelles et une biopsie cutanée n’est généralement pas recommandée. diagnostiqué et traité sur la seule base de l’histoire et des signes cliniques. La communication avec le laboratoire est d’une importance capitale lorsque l’ehrlichiose est suspecte. Afin de s’assurer que les frottis de sang périphérique tachés par Wright seront soigneusement examinés pour les inclusions intracytoplasmiques morulae dans les monocytes ou les neutrophiles ou les bandes k Une nouvelle espèce d’Ehrlichia découverte a été signalée à causer l’ehrlichiose dans le Minnesota et le Wisconsin; Ehrlichia est étroitement apparenté à Ehrlichia muris Sensibilité des titres d’anticorps anti-IFA contre les rickettsies à tiques RMSF, ehrlichiose et anaplasmose dépendent du moment de la collecte des échantillons; l’IFA est estimé être sensible de% à% après l’apparition des symptômes et la sensibilité est augmentée si les échantillons appariés sont testés. Les décisions de traitement des rickettsies transmises par les tiques chez les patients gravement malades ne doivent pas être retardées en attendant la confirmation du diagnostic. La compréhension des signes, des symptômes et de l’épidémiologie de la maladie est cruciale pour guider les demandes de tests et d’interprétation des résultats des tests pour l’ehrlichiose, l’anaplasmose et la fièvre pourprée des montagnes Rocheuses RMSF Mauvais usage des tests spécialisés pour les patients à faible probabilité de maladie. La thérapie antibiotique peut diminuer le développement d’anticorps convalescents dans les anticorps RMSFo Les anticorps IgM développent des semaines après le début des symptômes Les tests de laboratoire pour le diagnostic de la neuroborréliose ont une valeur clinique limitée View LargeLe clinicien doit savoir que les champignons dématiés donc parce qu’ils apparaissent foncé pigmenté Sur les milieux de laboratoire, n’apparaissent pas toujours pigmentés dans les tissus mais plutôt hyalins Pour différencier les espèces dématiées, une histopathologie de la coloration de Fontana Mason doit être réalisée pour détecter les petites quantités de mélanine produites par ces champignons. Il n’est pas rare pour ce groupe de champignons Ceci met en évidence l’importance de corréler les résultats de la culture avec les observations histologiques pour déterminer la pertinence clinique puisque l’observation des éléments fongiques dans les spécimens d’histopathologie est le signe le plus probable d’un envahissement fongique actif

XIII INFECTIONS TICKBORNE

Les tests de microbiologie clinique de valeur dans l’établissement d’une étiologie de diverses maladies transmises par les tiques sont présentés ci-dessous. Tableau XIII – Les espèces de Borrelia sont responsables de la fièvre récurrente et de la borréliose de Lyme; les deux maladies sont transmises par les tiques aux humains La borréliose de Lyme est une maladie multisystémique qui peut affecter la peau, le système nerveux, les articulations et le cœur; Dans la plupart des cas, la maladie de Lyme précoce est diagnostiquée pour des raisons cliniques, y compris la présence d’érythème migrant alors que la maladie de Lyme précoce / disséminée et tardive / persistante est diagnostiquée à deux niveaux. test sérologique EIA suivi d’un Western blot Western blot ne doit pas être réalisé sauf comme test réflexe après une EIA initiale est devenue positive ou équivoque Le transfert d’IgM Western n’est pas cliniquement interprétable après un patient – semaines de symptômes Western blot IgG et IgM basé sur le test des bandes IgG et des bandes IgM Les critères de positivité sont au moins les bandes IgG ou au moins les bandes IgM plus une EIA positive ou équivoque. Un syndrome de Lyme «post-traitement» peut survenir après un traitement antibiotique approprié pour une infection à B burgdorferi. Symptômes persistants durant plus de six mois tels que fatigue, douleurs musculo-squelettiques et dysfonctionnement neurocognitif Les rickettsies transmises par les tiques comprennent la fièvre pourprée des montagnes Rocheuses, l’anaplasmose granulocytotrope humaine, l’ehrlichiose monocytotropique humaine et d’autres causes, y compris celles provoquées par Ehrlichia ewingii Bien que cliniquement similaires, ces maladies sont des maladies épidémiologiquement et étiologiquement distinctes. Le diagnostic des patients atteints de ces infections est difficile au début de leur infection clinique puisque les signes et les symptômes sont souvent non spécifiques ou imitent des maladies virales bénignes en plus de la borréliose de Lyme et des rickettsies, Comme les organismes transmis par les tiques sont rarement rencontrés dans les échantillons cliniques, la plupart des laboratoires de microbiologie clinique n’offrent pas tous les services énumérés dans le tableau ci-dessous. Importance, fièvre récurrente transmise par les tiques, ehrlichiose, L’anaplasmose et la babésiose peuvent toutes être diagnostiquées rapidement en examinant les frottis sanguins périphériques. Cependant, un frottis négatif n’exclut pas nécessairement une maladie transmise par les tiques en raison de la sensibilité souvent faible et variable de l’examen des frottis sanguins périphériques pour ces organismes. culture, l’analyse moléculaire et la majorité des tests sérologiques sont, pour la plupart, envoyés aux laboratoires de référence. En outre, comme la plupart des TAAN pour les maladies énumérées ne sont pas approuvés par la FDA, ces tests ne sont pas universels. et la performance de divers formats d’essai: culture, analyse moléculaire et la plupart des tests sérologiques, le fournisseur doit vérifier auprès du laboratoire la disponibilité des tests, l’approche d’essai optimale, la source d’échantillon appropriée et le temps d’exécution. diagnostic des infections transmises par les tiques: • Les maladies transmises par les tiques sont difficiles à diagnostiquer • Les antécédents de voyage du patient, les sites récents et le risque de piqûre de tique sont importants. • Une consultation avec le laboratoire de microbiologie est normalement requise pour déterminer les spécimens acceptés, l’emplacement des tests. laboratoire, et le délai d’exécution des résultats

XIV SYNDROMES VIRAUX

Cette section couvrira les infections virales les plus fréquentes aux États-Unis, en réalisant qu’il existe une myriade de virus pouvant causer des maladies chez les humains. Les tests de laboratoire de microbiologie clinique utiles pour établir un diagnostic d’infections virales sont décrits ci-dessous. Virus Epstein-Barr EBV, cytomégalovirus CMV, virus varicelle-zona VZV, virus herpès simplex HSV, virus de l’herpès humain- HHV-, parvovirus érythrovirus B, rougeole, oreillons, rubéole, virus BK, virus JC, dengue, virus de l’hépatite A, hépatite Le virus B et le virus de l’hépatite D, le virus de l’hépatite C, les entérovirus, le virus respiratoire syncytial, le virus de la grippe, le virus du Nil occidental et d’autres encéphalites, l’adénovirus, le virus rabique et la chorioméningite lymphocytaire sont spécifiquement mis en évidence. décrit dans les tableaux, en particulier dans le cas des tests sérologiques et moléculaires lorsque les tests recommandés ne sont pas disponibles dans un laboratoire local, il peut généralement être référé à un laboratoire de référence avec une augmentation possible du temps nécessaire pour obtenir des résultats. Des tests IgM spécifiques pour divers agents viraux peuvent être associés à des résultats faussement positifs, en particulier avec des titres élevés d’anticorps IgG. Si la probabilité pré-test d’infection aiguë est faible à modérée, il est recommandé de mesurer les anticorps IgG ou IgG totaux plus IgM à la phase aiguë de la maladie et deux à trois semaines plus tard, la phase de convalescence Les tests de diagnostic moléculaire pour les pathogènes viraux sont des tests développés en laboratoire, offerts par Clinical Laboratory Improvement Amendments Laboratoires de référence certifiés CLIA Bien que ces tests nécessitent l’établissement de caractéristiques de performance avant l’utilisation clinique et des systèmes de qualité appropriés, les performances peuvent varier Dans toute cette section, le terme TAAN fait généralement référence à D’autres techniques spécifiques peuvent être substituées par une validation appropriée. Points clés pour le diagnostic en laboratoire des syndromes viraux: • Les syndromes viraux doivent être considérés en fonction de l’âge du patient, de son statut immunitaire, de son histoire et de nombreuses autres variables. être obtenu et testé pour les agents les plus probables, avec des échantillons supplémentaires conservés congelés en laboratoire pour des tests supplémentaires si nécessaire; il n’est pas rentable de tester largement les échantillons initiaux pour de nombreux virus • La collecte et la manipulation des échantillons sont des éléments essentiels pour obtenir un résultat de test viral fiable; consulter le laboratoire de microbiologie pour déterminer quels échantillons doivent être obtenus et comment les transporter au laboratoire • De nombreux laboratoires n’auront pas de capacités de virologie et des tests seront envoyés, ce qui se traduira par des délais plus longs pour les résultats • Réactivité croisée dans les résultats sérologiques non spécifiques • Les tests d’immunité, l’infection virale antérieure, par exemple, les donneurs de tissus, et les nouvelles infections peuvent avoir des formats différents, même lorsque le même virus est considéré

Un virus de l’immunodéficience humaine VIH

Le VIH – est un virus à ARN dont le génome est constitué de trois gènes principaux codant pour les protéines de la capside gag – p, p, p; la transcriptase inverse, la protéase et l’intégrase pol-p, p, p; et les glycoprotéines d’enveloppe env – pg, gp, gp Les virus VIH sont classés en fonction de la parenté de la séquence génomique en types et groupes, et les clades VIH et les protéines du VIH diffèrent en poids moléculaire VIH- est classé en groupes M, O, non M, non-O N et P, avec M étant le plus commun le VIH – est plus commun que le VIH – aux États-Unis; cette dernière doit être envisagée chez les personnes nées, ayant voyagé, ayant reçu des produits sanguins de ou ayant eu un partenaire sexuel d’Afrique de l’Ouest, ainsi que celles qui ont été exposées de la même manière à des personnes infectées par le VIH dans Les anticorps sont détectables dans l’infection aiguë au VIH, habituellement dans les quatre semaines suivant l’exposition, précédés de positivité par l’antigène p, qui est à son tour précédé de trois à cinq jours par la positivité de l’ARN du VIH. En raison de l’évolution dans le temps de la positivité du test et de la possibilité de séronégativité, le diagnostic en laboratoire de l’infection primaire par le VIH est habituellement basé sur un résultat quantitatif de charge virale VIH-ARN élevé. & gt; copies / ml, ou détection qualitative de l’ARN du VIH et / ou de l’ADN proviral; Tableau XIV- En dehors du cadre de l’infection aiguë par le VIH, cependant, les tests de charge virale VIH doivent être utilisés avec prudence pour le diagnostic de l’infection à VIH en raison de la possibilité de résultats faux positifs. copies / ml; Notamment, parce qu’il y a une – jour après l’infection quand aucun marqueur n’est détectable, tester un autre spécimen deux à quatre semaines plus tard devrait être considéré si l’anticorps initial, l’antigène ou l’ARN Les tests sont négatifs. Le TAAN n’est pas% sensible chez les personnes infectées par le VIH en raison de la suppression virale, naturelle ou thérapeutique, ou d’une collecte / manipulation inappropriée des échantillons. Si le TAAN est utilisé pour diagnostiquer une infection aiguë au VIH, il peut être utile de documenter séroconversion ultérieure au VIH par des tests sérologiques conventionnels

Les tests de troisième génération ont permis de détecter l’IgM du VIH en plus des IgG, permettant un diagnostic précoce de l’infection. Les tests de quatrième génération intègrent la détection de l’antigène p du VIH, permettant un diagnostic plus précoce de l’infection. sont généralement positifs de sept à quatre et sept à sept jours, respectivement, après qu’un virus détectable par l’antigène p de NAATHIV puisse être détecté dans le sérum ou le plasma entre et des jours après l’infection avant que l’anticorps soit détectable; Limitation de l’utilité de l’analyse de l’antigène p seul. Essais combinés d’anticorps anti-VIH et p, c.-à-d. essais de quatrième génération largement utilisés en tant que tests de dépistage initiaux et l’Association des laboratoires de santé publique et les Centers for Disease Control and Prevention Les algorithmes de test associés à leur utilisation ne nécessitent pas de Western Blot. Au lieu de cela, les individus avec des résultats réactifs sont davantage testés avec un immunodosage d’anticorps qui distingue les anticorps anti-VIH des anticorps anti-VIH. Si le test de différenciation est positif, le test de charge virale et généralement aussi la détermination de la CD sont recommandés pour la gestion directe. Une autre approche est un antigène initial du VIH / test de combinaison d’anticorps qui discrimine la détection d’un le tigre de l’anticorps; La réactivité p est ensuite confirmée par TAAN et la réactivité des anticorps par un test de différenciation VIH / VIH Le diagnostic traditionnel de laboratoire de l’infection VIH non-aiguë Le tableau XIV commence par le dépistage des anticorps VIH- / – Lorsque le test de dépistage montre des résultats réactifs, Un test de confirmation par Western blot est effectué. Un test de TAAN ou un second immunodosage d’anticorps utilisant différents constituants antigéniques ou basés sur des principes différents peut être envisagé. Un immunodosage initial d’anticorps VIH positif utilisant un échantillon de liquide buccal est suivi d’un immunodosage sang, sérum ou plasma, dont le résultat positif est suivi d’un TAAN ou de tests d’anticorps supplémentaires pour corroborer l’infection. Un résultat négatif pour le sang, le sérum ou le plasma nécessite un test de suivi comme décrit précédemment le résultat est positif, le patient est considéré comme infecté par le VIH- Si négatif, test pour le VIH- antibo Le test de transfert Western est illisible, c’est-à-dire en raison de la réactivité de fond de la bandelette, du test avec une immunofluorescence indirecte spécifique de l’anticorps anti-VIH. Selon l’Association des laboratoires de santé publique et les centres de contrôle et de prévention des maladies, un test de transfert d’anticorps anti-VIH Western Blot est interprété comme positif si au moins l’un des tests suivants: des bandes sont présentes: p, gp et gp / gp Si une seule de ces bandes est présente, le résultat est indéterminé et des tests supplémentaires supplémentaires avec un test d’immunofluorescence indirecte spécifique de l’anticorps anti-VIH, une EIA pour les anticorps anti-VIH seul, et un dosage qualitatif de l’ARN-VIH et / ou de l’ADN proviral doit être envisagé. Les causes des transferts Western indéterminés comprennent l’évolution des profils d’anticorps, la contamination des échantillons, les anticorps. déclin avec une défaillance du système immunitaire, infection tardive, réactivité non spécifique due à des composants protéiques viraux ou cellulaires, autres infections, syphilis, autres rétrovirus, certains parasites, conditions immunomodulatrices, par exemple, grossesse et infection par des groupes N, O ou P VIH – ou VIH – Patients à risque élevé ayant des résultats sérologiques de dépistage réactifs et des transferts Western indéterminés mais des tests supplémentaires négatifs doivent être envisagés pour un nouveau test deux à quatre semaines plus tard. Si cela ne résout pas le problème, des tests supplémentaires peuvent être envisagés. Le Western Blot Assay est moins sensible que les EIA de troisième ou quatrième génération pendant la séroconversion jusqu’à trois semaines après un test de quatrième génération positif avant un test Western blot positif. Jusqu’à un tiers des donneurs de sang sains non infectés par le VIH ont un tache HIV / Western indéterminée. les tests, ils ne devraient pas être classés comme le premier test pour les immunodosages VIH-Line incorporant des recombinants spécifiques du VIH et du VIH. Les protéines t et / ou les peptides synthétiques comparés aux protéines purifiées séparées par électrophorèse utilisées dans Western blot sont des alternatives aux tests Western blot. Des tests de résistance sont recommandés chez les patients présentant une infection VIH aiguë ou chronique avant le début du traitement, y compris chez les femmes infectées par le VIH. échec virologique au cours de la polychimiothérapie et suppression sous-optimale de la charge virale après le début du traitement

B Virus d’Epstein-Barr

Le virus d’Epstein-Barr est une cause de mononucléose et de maladie lymphoproliférative chez les patients immunodéprimés. Un nombre élevé de globules blancs avec un pourcentage accru de lymphocytes atypiques est commun dans la mononucléose associée à l’EBV. Les anticorps hétérophiles deviennent habituellement détectables entre le sixième et le dixième jour suivant l’apparition des symptômes. au cours de la deuxième ou troisième semaine de la maladie et, par la suite, diminuer progressivement sur une année ou plus. Des résultats faussement positifs peuvent être observés chez les patients atteints de leucémie, carcinome pancréatique, hépatite virale, infection à CMV, etc. % des patients, et sont particulièrement fréquents chez les enfants de moins de ans. Lorsque les résultats rapides du test Monospot ou hétérophile sont négatifs, des tests de laboratoire supplémentaires peuvent être envisagés pour différencier l’infection par EBV d’une maladie de type mononucléose causée par CMV, adénovirus, VIH, Toxoplasma. gondii, etc Dans cette situation, les anticorps anti-EBV pour IgG et IgM La présence de VCA IgM avec ou sans anticorps anti-VCA IgG en l’absence d’anticorps anti-EBNA indique une infection primaire récente par EBV La présence d’anticorps EBNA indique une infection plus de quelques semaines après le début de l’infection. Les anticorps dirigés contre l’EBNA se développent un à deux mois ou plus après l’infection primaire et sont détectables à vie. Plus de% de la population adulte normale a des anticorps de classe IgG contre les antigènes VCA et EBNA, bien qu’approximativement % -% des patients qui ont été infectés par EBV ne développent pas d’anticorps dirigés contre l’antigène EBNA

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus d’Epstein-Barr Problèmes de transport des échantillons optimaux; Temps de transport optimal Test d’anticorps hétérophiles ou tube de caillot de sérum Monospot, RT, & lt; h IgG et IgM à l’antigène de capside viral, et des anticorps dirigés contre l’antigène nucléaire d’Epstein-Barr tube de sérum Clot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h EBV Quantification de l’ADN charge virale Sang total, lymphocytes du sang périphérique, EDTA plasmatique, RT, & lt; h Détection de l’ADN du liquide céphalorachidien EBV, liquide céphalorachidien qualitatif Tube stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Test d’anticorps hétérophiles ou tube de caillot de sérum Monospot, RT, & lt; h IgG et IgM à l’antigène de capside viral, et des anticorps dirigés contre l’antigène nucléaire d’Epstein-Barr tube de sérum Clot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h EBV Quantification de l’ADN charge virale Sang total, lymphocytes du sang périphérique, EDTA plasmatique, RT, & lt; h Détection de l’ADN du liquide céphalorachidien EBV, liquide céphalorachidien qualitatif Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: EBV, virus d’Epstein-Barr; IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; RT, température ambianteView LargeEBV est associé à une maladie lymphoproliférative chez des patients présentant une immunodéficience congénitale ou acquise, y compris des patients présentant une immunodéficience combinée sévère, des receveurs de greffe de cellules souches ou de sang périphérique et des patients infectés par le VIH. le sang peut être présent chez les patients avant le développement de la maladie lymphoproliférative associée à l’EBV; ces niveaux diminuent généralement avec une thérapie efficace. Les tissus des patients atteints d’une maladie lymphoproliférative associée à l’EBV peuvent présenter des lésions monoclonales, oligoclonales ou polyclonales. Le diagnostic de maladie lymphoproliférative associée à l’EBV nécessite la démonstration de l’ADN, de l’ARN ou des protéines EBV. ADN EBV dans le LCR des patients atteints d’un lymphome du système nerveux central lié au syndrome d’immunodéficience acquise, mais l’ADN EBV peut également être présent dans le liquide céphalo-rachidien avec d’autres anomalies, par exemple: toxoplasmose du système nerveux central, abcès pyogéniques et donc non spécifique. peut indiquer une infection du système nerveux central, une contamination sanguine ou un transfert d’anticorps à travers la barrière hémato-encéphalique. Calcul du LCR à l’index d’anticorps sériques peut être utile

C Cytomégalovirus

Chez les personnes immunocompétentes suspectées d’avoir une infection aiguë à CMV, il est recommandé de tester les anticorps spécifiques du CMV en tant que test diagnostique de première ligne. Tableau XIV- Chez l’hôte immunocompétent, la présence d’anticorps IgM indique une infection récente; Cependant, des résultats faussement positifs pour les IgM anti-CMV peuvent survenir chez des patients infectés par l’EBV ou avec des systèmes immunitaires activés dus à d’autres causes. La présence d’anticorps IgG seule indique une exposition antérieure au CMV

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du cytomégalovirus CMV Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Comptage direct d’antigénémie de cellules colorées; la méthode n’est plus considérée optimale Tube de sang de sang total avec héparine, EDTA ou citrate anticoagulant RT, & lt; h Charge virale de quantification d’ADN de CMV Plasma, tube anticoagulant d’EDTA de sang total, RT, & lt; h Liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile, RT, & lt; h Détection de l’ADN du CMV, liquide céphalorachidien qualitatif, urine, tissus, échantillons respiratoires, liquides corporels Conteneur stérile, RT, & lt; Conteneur stérile d’urine de culture, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Comptage direct d’antigénémie de cellules colorées; la méthode n’est plus considérée optimale Tube de sang de sang total avec héparine, EDTA ou citrate anticoagulant RT, & lt; h Charge virale de quantification d’ADN de CMV Plasma, tube anticoagulant d’EDTA de sang total, RT, & lt; h Liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile, RT, & lt; h Détection de l’ADN du CMV, liquide céphalorachidien qualitatif, urine, tissus, échantillons respiratoires, liquides corporels Conteneur stérile, RT, & lt; Conteneur stérile d’urine de culture, RT, & lt; h Abréviation: RT, température ambianteView LargeLes receveurs de greffes de cellules souches du sang périphérique ou périphérique, la charge virale CMV par TAAN ou l’antigénémie pratiquée par un nombre réduit de laboratoires car les NAAT gagnent en faveur du traitement préventif, pour diagnostiquer les signes et les symptômes associés au CMV et pour suivre la réponse à la thérapie antivirale Le matériel de référence standard SRM est disponible auprès de l’Institut national de normalisation et de technologie NIST pour la mesure de la charge virale du CMV SRM, qui consiste en un chromosome artificiel bactérien contenant le génome de la souche Towne du CMV. pour l’attribution du nombre de copies génomiques amplifiables de CMV / volume, par exemple, des copies / microlitreCytomegalovirus peuvent être cultivées à partir de cellules mononucléaires du sang périphérique et d’autres échantillons cliniques. Cependant, l’isolement est laborieux et peut prendre plusieurs jours; le temps d’attente peut être raccourci à – jours avec l’utilisation du test de flacon shell En plus d’un temps de réponse long, les tests de culture ont une faible sensibilité car la charge virale est généralement élevée et le CMV est excrété dans l’urine des nouveau-nés. L’antigène du cytomégalovirus peut être démontré par des tests immunohistochimiques ou d’hybridation in situ de tissus fixés au formol et inclus en paraffine. L’ADN du cytomégalovirus, détecté à l’aide de TAAN dans divers échantillons cliniques, peut être utilisé pour le diagnostic de l’infection à CMV congénitale. être utile dans le diagnostic de la maladie à CMV Chez les patients immunocompromis à CMV, il existe un risque d’apparition de résistance aux antiviraux. Divers tests peuvent être utilisés pour évaluer la résistance aux antiviraux; Le plus souvent, le séquençage du gène de la phosphotransférase UL avec ou sans gène de l’ADN polymérase UL est utilisé dans de telles situations. Les tests basés sur le séquençage sont effectués sur des échantillons directement prélevés sur des échantillons cliniques, à condition qu’ils contiennent une quantité suffisante d’ADN de CMV. en culture cellulaire, la résistance au ganciclovir apparaît le plus souvent en raison de mutations ponctuelles ou de délétions en UL avec le foscarnet et le cidofovir non affectés par des mutations à trois codons, les mutations ponctuelles ou les délétions UL étant les plus fréquentes si les mutations UL sont choisies par le ganciclovir ou le cidofovir. est généralement une résistance croisée au ganciclovir et au cidofovir, mais pas au foscarnet; mais si des mutations sont sélectionnées par foscarnet, il n’y a généralement pas de résistance croisée au ganciclovir ou au cidofovir. Des ANAT peuvent être utilisés pour détecter l’ADN du CMV dans le LCR des patients suspectés d’infection du CMV, mais des résultats faussement positifs peuvent survenir chez les patients méningite bactérienne chez qui l’ADN du CMV dans le sang traverse la barrière hémato-encéphalique enflammée et contamine le liquide céphalorachidien La détection d’anticorps dans le liquide céphalorachidien peut indiquer une infection du système nerveux central, une contamination sanguine ou un transfert d’anticorps à travers la barrière hémato-encéphalique. l’indice d’anticorps anti-CMV sérique peut être utile

D Virus de la varicelle et du zona

La présence d’IgG et d’IgM de VZV indique typiquement une infection récente par le VZV; cependant, ces résultats peuvent également être observés chez les patients récemment immunisés contre le VZV. Un IgG positif du VZV avec un résultat négatif du VZV IgM indique une exposition antérieure au VZV et / ou une réponse à la vaccination. Un résultat IgG négatif couplé à un résultat IgM négatif indique l’absence de l’exposition préalable au VZV et aucune immunité, mais n’exclut pas l’infection par le VZV, car l’échantillon peut avoir été prélevé avant l’apparition d’anticorps détectables. Les résultats négatifs d’une infection VZV présumée devraient être suivis en testant un nouveau sérum en deux à trois semaines. le test le plus sensible et le plus spécifique pour le diagnostic des lésions cutanées associées au VZV est le TAAN. Tableau XIV- Un frottis de transport de culture est vigoureusement frotté sur la base de la lésion cutanée suspecte; la vésicule peut être décollée pour exposer la base Une méthode moins sensible pour le diagnostic est la détection des antigènes viraux par coloration directe par immunofluorescence des prélèvements de lésions La culture VZV n’est pas recommandée car ce virus est difficile à cultiver dans les lignées cellulaires de routine. isoler à moins d’utiliser un essai de flacon de coquille Les lésions cutanées suspectées associées au VZV doivent être cliniquement différenciées de la variole comme décrit dans l’algorithme développé par les Centers for Disease Control and Prevention http: // wwwbtcdcgov / agent / smallpox / diagnosis / riskalgorithm / indexasp; des informations sur les tests de laboratoire pour la variole sont disponibles sur http: // wwwbtcdcgov / agent / smallpox / lab-testing

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus de la varicelle et du zona Échantillons optimaux Problèmes de transport RT; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h NAAT Raclage de la base de la lésion cutanée recueillie à l’aide d’un écouvillon Milieu de transport viral RT, & lt; h Liquide céphalo-rachidien, tube stérile RT, & lt; h Test d’immunofluorescence directe Fluide de la vésicule sur la lame Placer dans un récipient stérile, RT, & lt; h Procédures diagnostiques Échantillons optimaux Problèmes de transport RT; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h NAAT Raclage de la base de la lésion cutanée recueillie à l’aide d’un écouvillon Milieu de transport viral RT, & lt; h Liquide céphalo-rachidien, tube stérile RT, & lt; h Test d’immunofluorescence directe Fluide de la vésicule sur la lame Placer dans un récipient stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambiante M ou M milieu acceptable; Ne pas utiliser d’écouvillon à base d’alginate de calcium, d’écouvillon avec tige de bois ou d’écouvillon de transport contenant du gelLes tests NAAT de LargeVZV peuvent être effectués sur le LCR pour diagnostiquer une infection à VZV du système nerveux central ou une synthèse intrathécale d’anticorps. processus infectieux à médiation immunitaire

E virus de l’herpès simplex

La présence d’anticorps IgG spécifiques de l’antigène glycoprotéine G du type HSV ou indiquant une exposition antérieure au sérotype correspondant du virus Les résultats d’IgG positifs ne différencient pas l’infection active passée, sauf si la séroconversion est déterminée en testant, en parallèle, aiguë et convalescente échantillons de phase Une augmentation de quatre fois des résultats d’IgG peut également suggérer une exposition récente; Cependant, la plupart des tests commerciaux ne donnent plus un résultat titré qui peut être utilisé quantitativement. La présence d’anticorps IgM contre le HSV suggère une infection primaire active avec ce virus. L’ANAT est le test le plus sensible, spécifique et rapide pour le diagnostic de lésions cutanées ou muqueuses. et doit détecter et distinguer les types de VHS et Tableau XIV- Un tampon de transport de culture virale est vigoureusement frotté sur la base de la peau suspecte ou de la lésion de la muqueuse; la vésicule peut être décollée pour exposer la base Les lésions âgées, séchées et croûteuses sont moins susceptibles de donner des résultats positifs La culture et les tests d’immunofluorescence directe sont moins sensibles que les TAAN

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus de l’herpès simplex Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h NAAT Raclage de la base de la lésion dermique ou muqueuse recueillie à l’aide d’un écouvillon Place dans le milieu de transport viral RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Test d’immunofluorescence directe Fluide de la vésicule sur la lame Placer dans un récipient stérile RT, & lt; h Culture Raclage de la base de la lésion dermique ou muqueuse recueillie à l’aide d’un écouvillon Placer dans un milieu de transport viral ou sur de la glace humide, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h NAAT Raclage de la base de la lésion dermique ou muqueuse recueillie à l’aide d’un écouvillon Place dans le milieu de transport viral RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Test d’immunofluorescence directe Fluide de la vésicule sur la lame Placer dans un récipient stérile RT, & lt; h Culture Raclage de la base de la lésion dermique ou muqueuse recueillie à l’aide d’un écouvillon Placer dans un milieu de transport viral ou sur de la glace humide, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambiante M ou M milieu acceptable; N’utilisez pas d’écouvillon à pointe d’alginate de calcium, d’écouvillon en bois ou d’écouvillon de transport contenant du gelView Les tests NAAT de grande taille effectués sur le LCR sont utilisés pour diagnostiquer la maladie du système nerveux central du VHS . type est le plus souvent associé à l’encéphalite et le type avec la méningite La culture virale du liquide céphalo-rachidien est insensible au diagnostic de la maladie du système nerveux central du VHS

F Virus de l’herpès humain

La séroconversion IgG, la mise en évidence d’IgM anti-HHV ou une multiplication par quatre des anticorps IgG des sérums appariés peuvent indiquer une infection récente par le virus HHV-, provoquant une infection primaire ou réactivation chez les patients immunodéprimés. En raison de la nature omniprésente de HHV-, la plupart des gens ont été exposés au virus à l’âge de deux ans. Par conséquent, un seul résultat sérologique HHV-IgG peut ne pas être cliniquement pertinent. des adultes asymptomatiques peuvent être IgM positifs à tout moment Le test moléculaire le plus couramment utilisé pour le diagnostic de HHV- est NAAT aucun FDA-cleared, dont certains formats différencient les variants A et B Tableau XIV- TAAN ne différencie pas la réplication du virus latent La quantification de l’ADN HHV- peut être utile à cet égard, ainsi que dans la surveillance de la réponse à la thérapie antivirale HHV- peut être éliminé par intermittence par des hôtes nocompromisés La détection de HHV- dans le sang, les liquides organiques et même les tissus ne permet donc pas d’établir définitivement un diagnostic de maladie causée par le HHV- Le HHV intégré au chromosome, qui entraîne des taux élevés de HHV dans le sang total, peut conduire à un diagnostic erroné. infection active HHV- peut être cultivé à partir de cellules mononucléées du sang périphérique et d’autres échantillons cliniques Cependant, l’isolement viral est intensif en main-d’œuvre, qui peut prendre plusieurs jours; le temps de détection peut être raccourci à – jours avec le test de culture en flacon shell En plus d’un temps de traitement long, les tests en culture souffrent d’une mauvaise sensibilité et ne différencient pas entre les variants A et B HHV- antigènes peuvent être démontrés immunohistochimiques ou in vitro. tests d’hybridation in situ dans des tissus fixés au formol et inclus en paraffine

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire de l’herpès humain – Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; Sérum sérique NAAT: tube de caillot RT, & lt; h Plasma Plasma ou sang total: tube EDTA, RT, & lt; h Sang total Cellules mononucléaires du sang périphérique Salive Conteneur stérile, RT, & lt; h Liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; Sérum sérique NAAT: tube de caillot RT, & lt; h Plasma Plasma ou sang total: tube EDTA, RT, & lt; h Sang total Cellules mononucléaires du sang périphérique Salive Conteneur stérile, RT, & lt; h Liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambianteVoir Grand

G Parvovirus Erythrovirus B

Chez les personnes immunocompétentes atteintes d’érythème infectieux ou d’arthralgie / arthrite, la recherche d’anticorps spécifiques du parvovirus érythrovirus B est recommandée comme première méthode de diagnostic en laboratoire pour l’infection par le parvovirus B. Tableau XIV- La présence d’anticorps IgM suggère une infection récente. jours après l’infection et peuvent persister pendant cinq mois, et parfois même plus longtemps Les IgG et IgM atteignent des titres de pointe en un mois Les anticorps IgG peuvent persister pendant des années La présence d’anticorps IgG seul indique une exposition passée et suggère une immunité; ce test peut être utile chez les femmes au premier trimestre de la grossesse. Les tests sérologiques peuvent être négatifs chez l’hôte immunodéprimé malgré une exposition antérieure au virus.

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic de l’érythrovirus B parvovirus Spécimens optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Histopathologie de la moelle osseuse Moelle osseuse Récipient stérile, RT, & lt; h Contenant de formaline, RT, h- h Serologie Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Sérum sérum NAAT: Tube de caillot, RT, & lt; h Plasma ou sang total Plasma ou sang total: tube EDTA, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Histopathologie de la moelle osseuse Moelle osseuse Récipient stérile, RT, & lt; h Contenant de formaline, RT, h- h Serologie Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Sérum sérum NAAT: Tube de caillot, RT, & lt; h Plasma ou sang total Plasma ou sang total: tube EDTA, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, room temperatureView LargeParvovirus B Les dosages ADN peuvent être utilisés pour le diagnostic de l’infection par parvovirus B se présentant comme une crise aplasique transitoire ou une anémie chronique chez les patients immunodéprimés. NAAT est la technique non invasive la plus sensible pour le diagnostic de l’anémie Bien que les tests actuels soient validés en laboratoire et non approuvés par la FDA, une mise en garde concernant le TAAN pour le diagnostic de l’anémie par parvovirus B est que l’ADN du parvovirus B a été détecté anecdotiquement pendant de longues périodes dans le sérum, même chez des individus sains. pronoblastes géants dans la moelle osseuse est suggestive de l’infection par le parvovirus B, bien que ces cellules ne sont pas toujours détectés

H Rougeole Virus de la Rubeole

Les personnes immunisées contre la rougeole devraient donner un résultat positif pour les anticorps IgG contre le virus Les personnes immunisées ont des résultats négatifs en IgG et IgM Une infection récente par le virus de la rougeole est généralement indiquée par un anticorps IgM positif en l’absence d’IgG IgM. positif le jour de l’apparition des éruptions cutanées; cependant, dans les premières heures après le début de l’éruption, jusqu’à 100% des IgM peuvent être faussement négatifs. Si l’IgM aiguë est négative, un deuxième échantillon de sérum, prélevé quelques heures après le début de l’éruption, doit être détecté. un mois ou plus après le début de l’éruption Les IgM peuvent être positives chez les individus récemment vaccinés contre le virus de la rougeole. Un diagnostic sérologique de rougeole aiguë nécessite la mise en évidence d’une augmentation de quatre fois du titre d’anticorps IgG. être obtenu le plus tôt possible après l’apparition de l’éruption, et le deuxième spécimen étant recueilli quelques jours plus tard; les deux devraient ensuite être testés simultanément par la même méthode. Les critères pour documenter une augmentation du titre dépendent du test spécifique utilisé.

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic de la rouille de la rougeole Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; Conteneur stérile d’urine de culture, RT, & lt; h Ecouvillon oropharyngien ou nasopharyngé, un aspirateur nasal Milieu de transport viral, RT ou sur glace humide, & lt; h EDTA sanguin, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h NAAT Écouvillon oropharyngé, liquide oral Conteneur stérile, RT, & lt; h Conteneur stérile d’urine, RT, & lt; h Tube EDTA sanguin, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; Conteneur stérile d’urine de culture, RT, & lt; h Ecouvillon oropharyngien ou nasopharyngé, un aspirateur nasal Milieu de transport viral, RT ou sur glace humide, & lt; h EDTA sanguin, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h NAAT Écouvillon oropharyngé, liquide oral Conteneur stérile, RT, & lt; h Conteneur stérile d’urine, RT, & lt; h Tube EDTA sanguin, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambiante Placer l’écouvillon dans un milieu de transport viral, un milieu de culture cellulaire ou une autre solution isotonique stérile, p.ex., saline View Large La mesure des anticorps spécifiques de la rougeole dans le LCR est utilisée pour le diagnostic de la panencéphalite sclérosante subaiguë. les anticorps anti-rubéole sont très élevés dans le liquide céphalo-rachidien des patients SSPE par rapport à ceux qui n’en ont pas. Les virus peuvent être isolés des écouvillons de la gorge ou du nasopharynx ou de l’urine. Les échantillons doivent être prélevés tôt après l’éruption. ] Placer l’écouvillon dans un milieu de transport viral, un milieu de culture cellulaire ou une autre solution isotonique stérile, par exemple une solution saline.

Je contracte le virus

Plusieurs types de tests sont utilisés pour le diagnostic des oreillons. Tableau XIV- Les critères de laboratoire pour le diagnostic des oreillons incluent un test sérologique positif pour les anticorps IgM des oreillons, une élévation quadruple des taux sériques d’anticorps IgG des oreillons entre les sérums en phase aiguë et convalescente. l’isolement du virus des oreillons à partir d’échantillons cliniques ou la détection de l’ARN des oreillons dans un échantillon clinique

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic des oreillons Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Canal parotidien de la culture de Stensen / swaba buccal Conteneur stérile, RT mais meilleur sur la glace humide, & lt; h Ecouvillon oropharyngé ou nasopharyngé Urine Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT mais meilleur sur la glace humide, & lt; h NAAT Canal de la glande parotide / swaba buccal Milieu de transport viral, RT, & lt; h Ecouvillon oropharyngien ou rhino-pharyngien Milieu de transport viral, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Canal parotidien de la culture de Stensen / swaba buccal Conteneur stérile, RT mais meilleur sur la glace humide, & lt; h Ecouvillon oropharyngé ou nasopharyngé Urine Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT mais meilleur sur la glace humide, & lt; h NAAT Canal de la glande parotide / swaba buccal Milieu de transport viral, RT, & lt; h Ecouvillon oropharyngien ou rhino-pharyngien Milieu de transport viral, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, chambre temperaturea Massage parotidienne pendant quelques secondes, puis écouvillon parotidien Stensen conduit à l’aide d’un tampon de transport de culture virale Placer l’écouvillon dans un milieu de transport viral, milieu de culture cellulaire ou autre solution isotonique stérile, par exemple, salineView LargeSera pour les tests de phase aiguë IgG jours après l’apparition des symptômes, c’est-à-dire au moment du diagnostic; Les sérums convalescents doivent être collectés environ deux semaines après l’apparition des symptômes. Les anticorps IgM deviennent généralement détectables au cours des premiers jours de la maladie et atteignent un pic environ une semaine après le début des symptômes. réponse IgM transitoire Si l’IgM aiguë est négative, un deuxième échantillon doit être prélevé pour le test IgM – semaines après l’apparition des symptômesParmi les cas suspects préalablement immunisés, la détection du virus ourlien est une méthode particulièrement importante pour confirmer le cas. Le virus des oreillons peut également être détecté par des techniques moléculaires sans tests approuvés par la FDA L’ARN viral des oreillons peut être détecté avant le début de la parotidite jusqu’à cinq à neuf jours après le début de la détection de la paratuberculose. l’anticorps dans le liquide céphalo-rachidien peut indiquer une infection du système nerveux central, une contamination sanguine ou un transfert d’anticorps dans le sang du sang. n barrière Le calcul du CSF en fonction de l’indice d’anticorps sérique du virus des oreillons peut être utile

J Virus de la rubéole

La sérologie est la méthode la plus courante pour confirmer le diagnostic de la rubéole. Tableau XIV- La présence d’anticorps anti-rubéoleux dans un seul sérum est une preuve d’immunité L’infection rubéoleuse aiguë peut être confirmée par sérologie par une augmentation de quatre fois du titre d’anticorps IgG. Sérum aigu et convalescent ou présence de sérum IgM anti-rubéole Si le test est réalisé, le sérum doit être prélevé le plus tôt possible dans les jours suivant l’apparition de la maladie et dans les jours suivants. Résultats d’IgM, car des faux positifs peuvent survenir La rubéole n’est plus endémique aux États-Unis; par conséquent, les tests IgM ne doivent être effectués que chez les patients présentant un tableau clinique évocateur d’une rubéole aiguë. Le dépistage prénatal de l’immunité contre la rubéole ne doit être effectué que par un test IgG.

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire de la procédure de diagnostic de la rubéole Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Procédure de diagnostic Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Abréviation: RT, température ambianteView Large

K BK Virus

Le virus BK provoque une néphropathie allogreffe chez les transplantés rénaux dont le diagnostic définitif nécessite une biopsie d’allogreffe rénale avec hybridation in situ pour le virus BK. Le virus BK peut également provoquer une cystite hémorragique, en particulier chez les receveurs de greffe de cellules souches. La cytologie de l’urine ou le TAAN quantitatif peut être utilisé comme test de dépistage, suivi par le test de la charge virale BK par le TAAN, si le test NAAT sur l’urine est positif. Le virus BK peut être plus sensible que les cellules infectées par le virus des cellules leurres urinaires libérées par les tubules ou la détection de l’épithélium urinaire; L’ADN du virus BK peut être présent plus tôt dans l’urine que les cellules leurres. Cependant, l’excrétion urinaire du virus BK est fréquente; En cas de test de dépistage, seuls des niveaux élevés, c’est-à-dire supérieurs à un seuil établi en laboratoire et corrélé avec la maladie doivent être considérés comme significatifs. Les tests urinaires pour le virus BK exposent le laboratoire à des risques de contamination croisée. conduire à un report entre les échantillons et des résultats faussement positifs

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus BK Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Cytologie urinaire Urine ‘mL d’urine en mL bouteille de collecte en plastique transparent contenant des mL de solution de carbowax% Solution de fixation de Saccomanno ou autre fixatif% alcool éthylique en volume égal à l’urine, RT, & lt; h Charge virale quantitative du virus BK TAAT Tube plasma EDTA, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum, RT, & lt; h Conteneur stérile d’urine, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Cytologie urinaire Urine ‘mL d’urine en mL bouteille de collecte en plastique transparent contenant des mL de solution de carbowax% Solution de fixation de Saccomanno ou autre fixatif% alcool éthylique en volume égal à l’urine, RT, & lt; h Charge virale quantitative du virus BK TAAT Tube plasma EDTA, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum, RT, & lt; h Conteneur stérile d’urine, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambianteVoir Grand

L JC Virus

Le virus JC est l’agent étiologique de la leucoencéphalopathie multifocale progressive, une maladie démyélinisante souvent mortelle du système nerveux central qui survient chez les hôtes immunodéprimés. L’examen histologique du tissu de biopsie cérébrale révèle des modifications pathologiques caractéristiques. L’hybridation in situ du virus JC peut être réalisée sur le tissu cérébral. de l’ADN du virus JC par NAAT dans les échantillons de patients atteints de leucoencéphalopathie multifocale progressive présumée a largement remplacé le besoin de biopsie tissulaire pour le diagnostic de laboratoire Tableau XIV-

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire de la procédure de diagnostic du virus JC Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Temps de transport optimal NAAT Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédure de diagnostic Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Temps de transport optimal NAAT Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambianteVoir Grand

M Virus de la Dengue

La dengue est une maladie fébrile transmise par les moustiques Chez les voyageurs de certaines régions, le chikungunya et la fièvre jaune doivent être pris en compte dans le diagnostic différentiel. Le diagnostic de dengue nécessite une confirmation en laboratoire par culture, TAAN ou dépistage des anticorps spécifiques de la dengue. les tests représentent la méthode la plus courante pour le diagnostic de l’infection par la dengue Un échantillon de sérum en phase aiguë doit être prélevé dans les cinq jours suivant l’apparition de la fièvre. Les patients au stade précoce de l’infection par le virus de la dengue peuvent ne pas avoir d’anticorps IgG détectables; Les anticorps IgG prennent généralement au moins six jours après le début des symptômes Les anticorps IgG contre la dengue peuvent persister pendant des décennies Si un résultat négatif est signalé chez un patient pour lequel la dengue est fortement suspectée, un second sérum devrait être prélevé La détection d’IgM de dengue peut indiquer une infection récente, la séroconversion des IgG de dengue doit également être démontrée pour confirmer le diagnostic Les tests d’anticorps anti-dengue peuvent détecter des anticorps dirigés contre d’autres flavivirus, y compris West Nile et St Louis virus de l’encéphalite Des tests moléculaires pour le virus de la dengue sont disponibles sur demande spéciale du Centre de contrôle et de prévention des maladies et de laboratoires de référence sélectionnés

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic de la dengue Problèmes de transport des échantillons optimaux; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum de culture, RT, & lt; h Tube de Caillot de Sérum NAAT, RT, & lt; h Tube EDTA au plasma, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum de culture, RT, & lt; h Tube de Caillot de Sérum NAAT, RT, & lt; h Tube EDTA au plasma, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambianteVoir Grand

N Virus de l’hépatite A

Le diagnostic d’infection aiguë par le virus de l’hépatite A est confirmé par la détection d’anticorps IgM spécifiques de l’hépatite A Tableau XIV- La présence d’anticorps totaux spécifiques du virus de l’hépatite A, IgM et IgG combinés chez un patient asymptomatique avec des tests hépatiques normaux ou immunité contre cette infection virale à partir de la vaccination Actuellement, il n’existe aucun test de laboratoire disponible dans le commerce pour détecter uniquement les anticorps IgG spécifiques de l’hépatite A

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus de l’hépatite A Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Tube de caillot de sérum IgM de l’hépatite A, RT, & lt; h Anticorps totaux contre l’hépatite A Tube EDTA au plasma, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Tube de caillot de sérum IgM de l’hépatite A, RT, & lt; h Anticorps totaux contre l’hépatite A Tube EDTA au plasma, RT, & lt; h Abréviation: RT, température ambianteView Large

O Virus de l’hépatite B, D et C

L’antigène de surface de l’hépatite B peut être détecté en présence d’une infection aiguë ou chronique par le virus de l’hépatite B ; elle indique que la personne est contagieuse. En cas d’infection aiguë, son apparition précède les symptômes cliniques de quatre semaines et reste détectable pendant une à six semaines. Les tests de détection des hépatites B et D sont principalement sérologiques et moléculaires. volumes de sang minimum requis, car certaines plateformes moléculaires nécessitent plus de sang que d’autres

anti-HDV IgG Hépatite D antigène Virus de l’hépatite B quantification de l’ADN charge virale Abréviations: IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; La présence d’anticorps de surface de l’hépatite B indique la guérison et l’immunité contre l’hépatite B, suite à une infection naturelle ou à la vaccination. Chez la plupart des patients présentant une hépatite B auto-limitée, l’antigène de surface de l’hépatite B et les anticorps ne sont pas Une «fenêtre» sérologique survient lorsque l’antigène de surface de l’hépatite B disparaît et que l’anticorps de surface de l’hépatite B est indétectable. Pendant cette «fenêtre», des anticorps IgM anti-hépatite B sont détectés pendant une infection aiguë ou récente par le virus de l’hépatite B. période, l’infection peut être diagnostiquée en détectant les anticorps IgM de l’hépatite B, qui peuvent rester détectables jusqu’à six mois. Les anticorps totaux de l’hépatite B apparaissent au début des symptômes de l’hépatite B aiguë et persistent toute la vie; La présence d’anticorps IgM spécifiques du virus de l’hépatite B, d’IgG et d’IgG spécifiques du virus de l’hépatite B ou d’anticorps IgG anti-hépatite B spécifiques à un virus de l’hépatite B est définie par la persistance de l’antigène de surface de l’hépatite B depuis au moins des semaines Chez les patients atteints d’hépatite B chronique, la présence d’antigène de l’hépatite B dans le sérum ou le plasma est un marqueur des taux de réplication virale élevés dans le foie. L’antigène de l’hépatite B habituellement associée à une amélioration de l’hépatite sous-jacente et à une réduction du risque de carcinome hépatocellulaire et de cirrhose. En variante, la disparition de l’antigène de l’hépatite B peut signifier l’émergence d’un virus précoré mutant; De fortes concentrations d’ADN HBsAg et HBV, en l’absence d’antigène de l’hépatite B et la présence d’anticorps contre l’hépatite B, suggèrent la présence d’un virus précoré mutant. L’ADN viral de l’hépatite B est présent dans le sérum ou le plasma. La quantification de l’ADN viral de l’hépatite B par PCR ou ADN ramifié peut être incluse dans l’évaluation initiale et la prise en charge de l’infection chronique par l’hépatite B, en particulier pour décider du début du traitement et surveiller la réponse du patient au traitement. La détection des anticorps de surface de l’hépatite B en l’absence d’anticorps anti-hépatite B a été revue et inclut des tests pour déterminer le génotype viral, la détection des mutations génotypiques de résistance aux médicaments. immunité à médiation de l’immunité acquise par l’infection naturelle dans laquelle l’hépatite B surface Les anticorps anti-hépatite B présents dans le commerce donnent des résultats positifs qualitatifs pour des taux d’anticorps de ≥ mUI / mL dans le sérum ou le plasma, indiquant le niveau d’anticorps protecteur de l’immunité post-vaccinale Résultats d’anticorps de surface de l’hépatite B sont utilisés pour surveiller l’adéquation du traitement par immunoglobulines contre l’hépatite B chez les receveurs de greffe recevant un tel traitement pendant la période post-transplantation.La surinfection hépatite D aiguë d’un patient atteint d’hépatite B chronique, d’antigène hépatite D, d’IgM spécifique de l’hépatite D et d’anticorps totaux Tableau XIV- Dans la co-infection hépatique aiguë B et D, les mêmes marqueurs sérologiques (antigène de l’hépatite D, IgM spécifique de l’hépatite D et anticorps totaux) sont présents, de même que les anticorps IgM de l’hépatite B. Le diagnostic de VHC commence généralement par un dépistage. test pour les anticorps IgG spécifiques du VHC en utilisant EIA ou un immunodosage chimiluminescent CIA Antibodi Les personnes dont les résultats du test de dépistage sont négatifs n’ont pas besoin de subir d’autres tests de dépistage du VHC. Tableau XIV – Les personnes dont les résultats du test de dépistage sont positifs doivent subir un test de confirmation ou un test de dépistage de l’ARN du VHC. par des méthodes d’essais moléculaires Les rapports signal-seuil, calculés en divisant la valeur de densité optique de l’échantillon testé par la valeur de densité optique du seuil d’essai, constituent une alternative aux tests supplémentaires. http: // wwwcdcgov / hépatite / HCV / LabTestinghtm L’ARN du virus de l’hépatite C peut être détecté par TAAN peu après l’infection ainsi que dans l’infection chronique. NAAT pour le VHC peut être réalisée qualitativement par PCR à transcription inverse ou amplification par transcription ou quantitativement par PCR à transcription inverse ou ADN ramifié. et pendant le traitement, la quantification de l’ARN du VHC par PCR ou par des méthodes d’analyse d’ADN ramifié est nécessaire pour surveiller la réponse virologique rapide et précoce à thérapie antivirale, tandis que la détection qualitative ou quantitative de l’ARN du VHC est utilisée pour déterminer la fin de la thérapie et la réponse virologique soutenue à la thérapie

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du VHC par le virus de l’hépatite C Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal IgG anti-HCV anti-HCV écran sérum Clot tube, RT, & lt; h Confirmation d’anticorps IgG anti-HCV par immunoblot recombinant anti-HCV RIBA Plasma EDTA, RT, & lt; h détection de l’ARN du VHC, quantification qualitative de l’ARN du VHC charge virale génotypage du VHC Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal IgG anti-HCV anti-HCV écran sérum Clot tube, RT, & lt; h Confirmation d’anticorps IgG anti-HCV par immunoblot recombinant anti-HCV RIBA Plasma EDTA, RT, & lt; h Détection de l’ARN du VHC, quantification de l’ARN du VHC qualitatif charge virale génotypage du VHC Abréviations: IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; RT, room temperatureView LargeL’analyse immunoblot recombinante RIBA présente une sensibilité similaire à celle des tests de dépistage, mais est plus ancienne que celle des tests de dépistage. Elle était auparavant utilisée comme test de confirmation chez les patients ayant un test de dépistage positif du VHC. Résultats du RIBA positif ≥ Deux bandes présentes indiquent une infection chronique ou résolue par le VHC, alors que celles dont une seule bande est détectée sont considérées comme indéterminées. Le génotypage du virus de l’hépatite C est utilisé pour guider le choix et le choix. Un polymorphisme génomique humain interleukine-B IL-B génotype CC dans une région de promoteur de l’interféron gamma, est associée à une augmentation de la probabilité de réponse virale soutenue chez les personnes atteintes du virus de l’hépatite C chronique l’infection subissant un traitement avec l’interféron pégylé et la ribavirine, et a une forte valeur prédictive pour la résolution spontanée de l’infection.Les Centers for Disease Control and Prevention a récemment recommandé que les adultes nés pendant et recevoir des tests ponctuels pour le virus de l’hépatite C

P Entérovirus et Parechovirus

Les entérovirus qui provoquent le plus souvent la méningite comprennent certains sérotypes et entérovirus d’échovirus et de coxsackie et le TAAN du LCR est plus sensible que la culture pour le diagnostic d’infection entérovirale du système nerveux central. Tableau XIV- Le plasma ou le sérum est utile pour le diagnostic du sepsis du nouveau-né à l’enterovirus, mais les tests sont moins fiables en dehors de la période néonatale Dans le bon scénario clinique, la récupération de l’entérovirus de la gorge ou des selles peut fournir des preuves étiologiques circonstancielles d’infection du système nerveux central

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des entérovirus et des parechovirus Procédures de diagnostic Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Temps de transport optimal NAAT Cerebrospinal fluida Tube stérile, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum, RT, & lt; h Le plasma plasma est un tube EDTA moins fiable, RT, & lt; h Conteneur stérile d’urine, RT, & lt; h Culture Throat Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Tabouret Conteneur stérile, RT, & lt; h Le plasma plasma est un tube EDTA moins fiable, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Temps de transport optimal NAAT Cerebrospinal fluida Tube stérile, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum, RT, & lt; h Le plasma plasma est un tube EDTA moins fiable, RT, & lt; h Conteneur stérile d’urine, RT, & lt; h Culture Throat Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Tabouret Conteneur stérile, RT, & lt; h Le plasma plasma est un tube EDTA moins fiable, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, room temperaturea Un produit commercial approuvé par la FDA est disponible pour des tests PCR rapides pour les entérovirus dans CSFView LargeSerologic évaluation implique l’évaluation des titres aigus et convalescents, et ne sont généralement pas utiles dans la pratique clinique en temps réel.Parechovirus ont des présentations cliniques similaires aux entérovirus, mais sont classé comme un genre différent et nécessite un laboratoire TAAN spécifique validé uniquement, pas de tests approuvés par la FDA pour la détectionUn produit commercialisé par la FDA est disponible pour un test PCR rapide pour les entérovirus dans le LCR

Q Virus respiratoire syncytial

Le virus respiratoire syncytial provoque la bronchiolite et / ou la pneumonie et est plus fréquent chez les nourrissons et les jeunes enfants, bien qu’il puisse se manifester chez les personnes âgées et causer une maladie grave chez les immunodéprimés. Il est idéalement détecté par les tests TAAN des sécrétions obtenues par lavage, aspiration ou écouvillonnage le nasopharynx Tableau XIV- Il existe plusieurs plates-formes TAAN certifiées par la FDA La culture prend plus de temps et est moins sensible

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du VRS du virus respiratoire syncytial Spécimens optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal NAATa Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Détection d’antigène colorant d’anticorps fluorescent direct ou méthode rapide de détection d’antigène d’immunodétermination Aspiration nasopharyngée / lavage, gorge ou écouvillon nasopharyngé, spécimen de respiration inférieure Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Culture Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT ou idéalement sur de la glace humide, & lt; h Serologie Sérum IgM et IgG Sérum, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal NAATa Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Détection d’antigène colorant d’anticorps fluorescent direct ou méthode rapide de détection d’antigène d’immunodétermination Aspiration nasopharyngée / lavage, gorge ou écouvillon nasopharyngé, spécimen de respiration inférieure Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Culture Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT ou idéalement sur de la glace humide, & lt; h Serologie Sérum IgM et IgG Sérum, RT, & lt; h Abréviations: IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; La présence d’IgG indique généralement l’exposition passée et l’immunité La présence d’anticorps de classe IgM ou une augmentation du taux d’IgG entre les sérums aigus et convalescents suggère une infection récente.

R Infection par le virus de la grippe

Un diagnostic rapide de l’infection par le virus de la grippe ≤ heures après l’apparition des symptômes est nécessaire pour faciliter l’administration précoce du traitement antiviral. Le virus peut être rapidement détecté par TAAN ou détection directe d’antigène par écouvillonnage nasopharyngé. les tests de dépistage peuvent mal fonctionner pendant la saison grippale, en particulier pour la détection de souches pandémiques HN et HN associées au porc, et les tests négatifs peuvent être confirmés par TAAN ou culture. Pendant les saisons de faible prévalence de la grippe, les tests faussement positifs sont plus probables. Procédures de dépistage La performance des tests de détection de la grippe varie en fonction du test et des souches circulantes. Le TAAN est maintenant considéré comme l’étalon-or pour la détection du virus de la grippe dans les échantillons cliniques.

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus de l’influenza A et B Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Détection rapide de l’antigène Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Culture Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT ou idéalement sur de la glace humide, & lt; h Sérum Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h NAATa Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal Détection rapide de l’antigène Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Culture Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT ou idéalement sur de la glace humide, & lt; h Sérum Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h NAATa Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, room temperaturea Des produits commerciaux sont disponibles pour des tests rapides de TAAN sur les virus respiratoiresVoir l’évaluation LargeSerologic implique l’évaluation des titres aigus et convalescents, mais n’est généralement pas utile dans la pratique clinique en temps réel

S Virus du Nil occidental

Le virus du Nil occidental et le virus de l’encéphalite équine, Western Equine, Saint Louis et California provoquent des infections du système nerveux central. Le diagnostic en laboratoire du virus du Nil occidental est généralement effectué en détectant des anticorps IgM spécifiques du virus dans le sérum. sérum pendant ≥ mois et résultats faussement positifs après une vaccination récente contre la fièvre jaune ou une infection naturelle par d’autres flavivirus, p. ex. dengue, encéphalite de Saint Louis Aiguë – jours après l’apparition des symptômes et convalescente – semaines plus tard sérum pour sérologie IgG Le virus du Nil occidental est généralement présent chez les individus plus âgés, notamment ceux du sous-continent indien qui ont vraisemblablement été exposés aux flavivirus au cours de leur vie. La probabilité d’infection par le virus West Nile est donc faible. dans le plasma ou le sérum doit être interprété ous

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire du virus du Nil occidental et des équidés de l’Est, des équidés de l’Ouest, de Saint Louis et de l’encéphalite de Californie Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h NAAT Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum, RT, & lt; h Tube EDTA au plasma, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérum de transport optimal Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h NAAT Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Tube de caillot de sérum, RT, & lt; h Tube EDTA au plasma, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; Le diagnostic sérologique de l’infection du système nerveux central du virus du Nil occidental est basé sur l’évaluation du LCR à l’index d’anticorps sériques ou la détection d’IgM du virus du Nil occidental dans le liquide céphalo-rachidien. contamination par le sang ou transfert d’anticorps à travers la barrière hémato-encéphaliqueWest Nile virus NAAT est insensible chez les hôtes immunocompétents, mais plus sensible chez les hôtes immunodéprimés La virémie chute généralement à des niveaux indétectables par TAAN au moment de l’apparition des symptômes Test de TAAN du virus du Nil occidental est insensible à la maladie du système nerveux central La culture virale peut être disponible dans des laboratoires spécialisés mais est également insensible. L’infection par le virus de l’encéphalite de Saint Louis et de Californie peut être diagnostiquée sérologiquement en suivant la même stratégie utilisée pour le virus du Nil occidental.

T Adénovirus

Chez les individus immunodéprimés, les adénovirus provoquent généralement des maladies respiratoires légères et auto-limitatives, la plupart des cas étant diagnostiqués seuls. Parfois, les infections adénovirales chez les hôtes immunocompétents peuvent être mortelles, en particulier chez les enfants asthmatiques. Chez les immunodéprimés, les adénovirus peuvent causer une pneumonie disséminée. Tableau XIV- La culture virale a un long délai de rotation, mais est réduite si l’on utilise la technologie du flacon coque La charge virale plasmatique évaluée par le TAAN quantitatif peut être utile comme marqueur de thérapie préventive, pour diagnostiquer les signes et les symptômes associés aux adénovirus, et pour surveiller la réponse à la thérapie antivirale chez certaines populations immunodéprimées

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic des adénovirus Positions optimales Problèmes de transport; Temps de transport optimal NAAT Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, prélèvement des voies respiratoires inférieures, selles, écouvillon conjonctival, plasma, liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Détection rapide d’antigènes Ecouvillon nasopharyngé, spécimen respiratoire Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Culture Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures, selles, liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Détection des antigènes Types d’adénovirus et selles Conteneur stérile, RT, & lt; h Sérum Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Temps de transport optimal NAAT Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, prélèvement des voies respiratoires inférieures, selles, écouvillon conjonctival, plasma, liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Détection rapide d’antigènes Ecouvillon nasopharyngé, spécimen respiratoire Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Culture Aspiration nasopharyngée / lavage, écouvillonnage de la gorge ou du nasopharynx, spécimen des voies respiratoires inférieures, selles, liquide céphalo-rachidien Conteneur stérile ou milieu de transport viral, RT, & lt; h Détection des antigènes Types d’adénovirus et selles Conteneur stérile, RT, & lt; h Sérum Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambianteView LargeSerologic tests repose sur la démonstration des anticorps aux antigènes spécifiques de groupe, et nécessite souvent une analyse des sérums aigus et convalescents diagnostic sérologique de l’infection du système nerveux central est basé sur le CSF à l’anticorps sérique, quadruplé en aiguë à convalescent Titre d’IgG, ou une seule IgM positive La détection d’anticorps dans le LCR peut indiquer une infection du système nerveux central, une contamination sanguine ou un transfert d’anticorps à travers la barrière hémato-encéphalique

Virus de la rage U

Le virus de la rage infecte le système nerveux central et est le plus souvent transmis par la piqûre d’un animal enragé Les services de santé publique doivent être consultés immédiatement en cas de suspicion de rage Aucun test unique n’est suffisant pour diagnostiquer la rage ante-mortem. La salive, le sérum, le liquide céphalorachidien et les biopsies cutanées des follicules pileux de la nuque peuvent être testés par culture et le sérum et le liquide céphalo-rachidien peuvent être testés pour des anticorps anti-virus de la rage. antigène dans les nerfs cutanés à la base des follicules pileux L’évaluation histopathologique et le test d’immunofluorescence directe du matériel de biopsie cérébrale sont utiles, si disponibles

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire de la procédure de diagnostic du virus rabique Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Tube stérile de salive de temps de transport optimal de TAAT, RT, & lt; h Anticorps fluorescent direct Biopsie de la peau de Nuchal, cerveau Conteneur stérile, RT, & lt; h Sérum Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédure de diagnostic Problèmes de transport d’échantillons optimaux; Tube stérile de salive de temps de transport optimal de TAAT, RT, & lt; h Anticorps fluorescent direct Biopsie de la peau de Nuchal, cerveau Conteneur stérile, RT, & lt; h Sérum Sérum Tube de caillot, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: TAAN, test d’amplification de l’acide nucléique; RT, température ambianteView Large Les tests sérologiques peuvent être utilisés pour documenter la séroconversion post-vaccination chez les immunodéprimés, s’il y a un écart significatif par rapport à un calendrier prophylactique ou si un individu a initié un traitement international avec un vaccin non-cellulaire.

V Virus de la chorioméningite lymphocytaire

Le virus de la chorioméningite lymphocytaire est un virus transmis par les rongeurs qui peut provoquer une méningoencéphalite et peut menacer le pronostic vital chez les personnes immunodéprimées. Le diagnostic sérologique repose sur une augmentation de quatre fois du titre d’IgG aiguë ou convalescente ou d’une seule IgM positive. dans le LCR peut indiquer une infection du système nerveux central, une contamination sanguine ou un transfert d’anticorps à travers la barrière hémato-encéphalique; Le CSF à l’index d’anticorps de sérum peut être utile dans l’interprétation des résultats d’anticorps de CSF

Tableau XIV – Diagnostic en laboratoire des procédures de diagnostic du virus de la chorioméningite lymphocytaire Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérologie de temps de transport optimal IgG, tube de caillot de sérum IgM, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Procédures de diagnostic Échantillons optimaux Problèmes de transport; Sérologie de temps de transport optimal IgG, tube de caillot de sérum IgM, RT, & lt; h Liquide céphalorachidien Tube stérile, RT, & lt; h Abréviations: IgG, immunoglobuline G; IgM, immunoglobuline M; RT, température ambianteVoir Grand

XV INFECTIONS PARASITE DE SANG ET DE TISSUS

Les méthodes de laboratoire qui détectent les antigènes parasitaires et / ou l’ADN offrent une alternative intéressante aux techniques morphologiques et sérologiques traditionnelles. Par exemple, un simple test de carte immunochromatographique rapide pour la détection de Plasmodium a récemment été approuvé par la FDA Il peut être utilisé dans les établissements de soins actifs tels que les services d’urgence ou les cliniques externes pour établir un diagnostic de paludisme rapidement en attendant les résultats des frottis sanguins confirmatifs. Ce test est suffisamment sensible chez les patients typiques atteints de paludisme symptomatique. “Fièvre et frissons” mais perd sa sensibilité si la parasitémie est très faible ou si l’infection est due à des espèces non falciparum Ceci est particulièrement important dans les contextes non endémiques comme les Etats-Unis où les patients présentent souvent une faible parasitémie. Prévention CDC et un certain nombre de laboratoires de référence aux États-Unis a Le Canada utilise des méthodes de détection des acides nucléiques extrêmement sensibles telles que les tests PCR en temps réel pour certains parasites sanguins et tissulaires, dont Plasmodium, Babesia, Toxoplasma et les agents de l’encéphalite amibienne. Les cliniciens doivent consulter leur laboratoire de microbiologie pour déterminer si leur laboratoire de référence Les tests moléculaires peuvent être particulièrement utiles chez les patients présentant de très faibles parasitémies ou dans des organismes spécifiquement identifiables qui ne peuvent être différenciés au microscope. Cependant, l’ADN peut persister pendant des jours ou des semaines après un traitement efficace et la détection ne correspond pas nécessairement à la présence de En outre, la restriction actuelle au laboratoire de référence signifie que le délai entre la collecte des échantillons et la réception des résultats peut être plus long que souhaité pour des soins optimaux aux patients. Dans les situations où l’infection est potentiellement mortelle, un traitement empirique doit être envisagé. fr Points clés pour le diagnostic en laboratoire des parasites sanguins et tissulaires: • La microscopie est la pierre angulaire de l’identification en laboratoire, mais elle est hautement subjective et dépend de l’expérience et de la formation des technologues. • La collecte et le transport des échantillons sont essentiels. La sérologie montre une réactivité croisée significative entre les helminthes, y compris les filaires • Il existe un nombre limité de méthodes de détection d’antigènes disponibles pour les parasites sanguins et tissulaires aux États-Unis. • Les analyseurs hématologiques automatisés peuvent ne pas détecter les parasites paludisme ou babésiose; • Les TAAN ne sont pas utiles pour détecter une faible parasitémie ou pour identifier spécifiquement des organismes qui ne peuvent pas être différenciés au microscope. • Les TAAN ne doivent pas être utilisés pour surveiller la réponse au traitement, car l’ADN peut être détectable pendant des jours ou des semaines après le succès. traitement • La détection d’acide nucléique des parasites sanguins et tissulaires n’est actuellement disponible que dans des laboratoires spécialisés et le délai d’exécution peut être prolongé. Tableau XV- présente un aperçu général de l’approche du diagnostic des infections parasitaires hématogènes et tissulaires Les points importants sont en caractères gras. A et B fournissent des informations plus détaillées sur le diagnostic des infections parasitaires qui intéressent particulièrement les praticiens en Amérique du Nord babésiose et la trypanosomiase américaine ou dans lequel un diagnostic rapide et précis est crucial en raison de la nature potentiellement mortelle de l’infection paludisme et babésiose. tous les tests, il est im Il est important de noter que les résultats sont aussi fiables que l’expérience, les ressources et l’expertise du laboratoire effectuant les tests. En général, les grands laboratoires de santé publique tels que les CDC et l’OMS sont plus susceptibles que les laboratoires commerciaux Les communications directes par téléphone ou par courrier électronique accélèrent parfois le traitement des échantillons et les rapports de résultats provenant des laboratoires de santé publique, en particulier lorsqu’il y a un risque de perte de données. une situation clinique urgente Le site Web DPDx du CDC http://www.dpdcdcgov/dpdx/HTML/ DiagnosticProcedureshtm fournit une liste des tests diagnostiques actuellement disponibles pour les infections parasitaires disponibles auprès des CDC. Le CDC offre également un service de consultation précieux accessible via le DPDx. site web pour le laboratoire et le clinicien La disponibilité de shippi rapide les méthodes FedEx, UPS, etc. et e-mail ou autre communication électronique permettent de rendre compte des résultats des laboratoires spécialisés, y compris en Europe et en Asie, dans des délais étonnamment courts. en raison de la réglementation douanière ou aérienne ou d’autres problèmes de livraison

La sérologie ne différencie pas filariose filariose, onchocercose due à Onchocerca volvulus Microscopie de «peau cutanée» après incubation en solution saline à ° C Les «coupures cutanées» doivent provenir des zones proches des nodules et être «rasoir» sans sang visible. l’examen de la biopsie cutanée ou de l’onchocercome nodulaire réséqué permet d’identifier les microfilaires et / ou les adultes Sérologie disponible auprès des laboratoires de référence; ne fait pas la différence entre les leishmanioses filaires, cutanées dues à diverses espèces de Leishmania Examen microscopique de frottis colorés par Giemsa d’empreintes tactiles de biopsie ou d’aspiration du bord d’attaque de l’ulcère; L’histopathologie des biopsies ulcéreuses de pointe est moins sensible que les frottis d’empreinte et les analyses d’isoenzymes sont disponibles au CDC pour la spéciation, ce qui peut être important pour les considérations de traitement La sérologie n’est pas utile pour les maladies cutanées Leishmaniose viscérale due à diverses espèces de Leishmania Examen microscopique de l’aspiration / biopsie de la moelle osseuse colorée au Giemsa, aspiration de la rate; culture peut être disponible en utilisant des milieux spéciaux NNN et autres Contact laboratoire pour la disponibilité de milieux spéciaux Sérologie rK positive à la fois sensible et spécifique pour le diagnostic de la leishmaniose viscérale dans diverses régions endémiques du monde Sérologie du CDC ou laboratoire de référence Paludisme en raison de Plasmodium falciparum, P ovale, P vivax, P. malariae, P omestiei Microscopie de Giemsa épaissi et mince ensembles de films sanguins obtenus au cours des épisodes fébriles; antigène HR-, aldolase, tests de détection de pLDH BinaxNow est approuvé par la FDA aux États-Unis Antigen tests de sensibilité manque de parasitémie et de paludisme non à falciparum et ne différencie pas toutes les espèces NAAT de certains laboratoires de référence détectera et différenciera toutes les espèces Toxocariase viscérale larva migrans Sérologie Histopathologie Toxoplasmose due à Toxoplasma gondii Sérologie IFA, EIA, dosage fluorescent lié aux enzymes du CDC ou laboratoire de référence pour la détection des IgM et des IgG; IgG positifs observés chez jusqu’à% à% de la population américaine en raison d’une exposition antérieure Les tests d’avidité IgG et les titres en série peuvent distinguer entre infection récente et antécédents. Des kystes et des tachyzoïtes peuvent être observés chez des patients immunodéprimés, par exemple lavage broncho-alvéolaire, biopsie cérébrale. Des sérums peuvent être observés dans des coupes histopathologiques de biopsies musculaires. Histopathologie Trypanosomiase, maladie du sommeil causée par Trypanosoma brucei gambiense Afrique de l’Ouest ou T b rhodesiense Microscopie de l’Afrique de l’Est de Giemsa sanguin épais et mince ou préparation de la couche leucocyto-plaquettaire La parasitémie est souvent faible, nécessitant des examens répétés Le LCR centrifugé peut être examiné mais les organismes sont rarement vus Aspirateurs des chancres et ganglions lymphatiques Il y a un risque d’infection de l’organisateur ms dans les prélèvements sanguins Les cellules Morula des plasmocytes Mott avec de grands globules d’anticorps éosinophiles peuvent être observées dans le LCR et la biopsie cérébrale Test d’agglutination sur carte pour la trypanosomiase CATT est disponible en milieu endémique pour la détection de l’infection Tb gambiense Unité, Institut de Médecine Tropicale Prince Léopold, Anvers, Belgique Téléphone: – Fax: – E-mail: info @ itgbe http: // wwwitgbe / itg / Trypanosomiase, Maladie de Chagas américaine due à Trypanosoma cruzi Microscopie des frottis sanguins épais et minces colorés au Giemsa Les anticorps IgG peuvent persister pendant des décennies et leur présence est considérée comme une preuve d’infection chronique Sérologie disponible pour les tests de donneur et de diagnostic Un test approuvé par la FDA est disponible pour le dépistage des donneurs de sang et est différent du test Utilisé à des fins de diagnostic La culture de sang peut être disponible en utilisant des médias spéciaux NNN et d’autres Contactez le laboratoire pour la disponibilité Il existe un risque d’infection par des organismes vivants dans les échantillons de sang [,,] Abréviations: HRP, protéine riche en histidine; IFA, dosage par immunofluorescence; NIH, National Institutes of Health; TAAN, test d’amplification d’acide nucléique; NNN, milieu Novy-MacNeal-Nicolle; PCR, amplification en chaîne par polymérase “CDC” se réfère à la Division des maladies parasitaires au Centre pour le contrôle et la prévention des maladies, Atlanta GA, – Téléphone central pour le CDC: – et web: http: // wwwcdcgov / ou http: // wwwdpdcdcgov / dpdx / b “Laboratoires de référence” désigne tout laboratoire effectuant des tests ésotériques qui ne sont généralement pas effectués dans les laboratoires hospitaliers de routine; des exemples incluent Laboratoire de sérologie Toxoplasma http: // wwwpamforg / sérologie /; -, ARUP -, FOCUS Diagnostics -, et Mayo Medical Laboratories – Tous ont leurs propres sites WebVoir grand

Une Babesia et le paludisme

La babésiose est principalement causée par Babesia microti aux États-Unis et B divergens en Europe Plus récemment, un petit nombre d’infections en Californie et à Washington ont été attribuées à B duncani, alors qu’une souche non désignée d’espèce MO- a été détectée dans un cas mortel. Missouri Le paludisme est causé par Plasmodium falciparum, P vivax, P ovale, P malariae et P knowlesi; ce dernier est principalement un parasite simien en Asie du Sud-Est qui a récemment été reconnu chez un nombre croissant de patients humains. Le tableau XV résume les tests de laboratoire disponibles pour ces agents.

mia Ceci est mieux déterminé en utilisant le film mince Quantification peut également être effectuée en utilisant le film épais, mais cette méthode est moins précise Quantification peut être utilisée pour guider les décisions de traitement initial et suivre les progrès du patient pendant le traitementUne alternative aux films sanguins colorés au Giemsa pour l’examen morphologique est la méthode quantitative QBC Buffy Coat Ce test détecte les parasites colorées par fluorescence dans les globules rouges et nécessite un équipement spécialisé Il acquiert une efficacité maximale pour le laboratoire si plusieurs échantillons sont traités en même temps, ce qui est rarement le cas dans les laboratoires américains. nécessite la préparation d’un frottis sanguin mince si un échantillon de QBC est positif, puisque l’identification spécifique et le taux de parasitémie devront encore être déterminés par cette dernière méthode. Pour ces raisons, la méthode QBC est rarement utilisée aux Etats-Unis. la méthode conventionnelle pour le diagnostic du paludisme, il nécessite considérable temps et expertise Tests rapides de détection d’antigènes Les TDR pour le paludisme offrent des alternatives rapides et rentables et peuvent être utilisés pour le dépistage lorsque des technologues qualifiés ne sont pas disponibles. Le test de diagnostic rapide BinaxNow a récemment été approuvé par la FDA. Ce TDR utilise des anticorps monoclonaux pour détecter l’antigène HRP de P falciparum et une aldolase commune à toutes les espèces de TDR Positifs Plasmodium doit être confirmée par l’examen des frottis de sang épais et minces qui sont également nécessaire pour déterminer quelle espèce autre que P falciparum si le test est positif à l’aldolase mais HRP négatif est présent et pour déterminer le taux de parasitémie Ce TDR est un peu moins sensible qu’un film sanguin épais et peut être faussement négatif dans les cas à très faible taux de la parasitémie Cependant, la sensibilité est comparable au frottis sanguin dans les symptômes En outre, les TDR peuvent être faussement positifs pendant plusieurs jours après l’éradication des parasites intacts, car des antigènes peuvent encore être détectés. Par conséquent, le test ne doit pas être utilisé pour suivre les patients après un traitement adéquat. ne pas être considéré comme un substitut aux frottis sanguins mais plutôt comme un substitut dans des situations où des prélèvements sanguins fiables ne seront pas disponibles en dehors des heures de laboratoire en l’absence de personnel qualifié ou lorsque la situation clinique est critique et qu’un diagnostic immédiat est requis Le sérodiagnostic du TDR doit être suivi le plus tôt possible par des frottis de sang épais et de bonne qualité. La sérologie joue un rôle mineur dans le diagnostic de babésiose aiguë et de paludisme, car les anticorps peuvent ne pas apparaître précocement et les titres peuvent être trop faibles. le statut de l’infection L’utilisation principale de la détection d’anticorps est pour des études épidémiologiques et comme évidence L’immunofluorescence indirecte L’IFA est le test commercial le plus facilement disponible pour Babesia Focus Diagnostics, Cypress CA et d’autres laboratoires de référence. Titres d’IgM ≥: et titres d’IgG ≥: indiquent une infection aiguë, de même qu’une augmentation du nombre d’IgG Les titres de: -: avec IgM négative et aucune augmentation de titre dans les échantillons en série suggèrent une infection ou une exposition antérieure. Les preuves sont insuffisantes pour le diagnostic de B divergens, B duncani ou MO-infections. Les sérologies de Plasmodium spp sont disponibles sur CDCRapid. Ces méthodes ont une sensibilité comparable à celle du film sanguin épais et ne nécessitent aucune expertise parasitologique spécialisée. Les TAAN peuvent être utiles dans le diagnostic précis des crises aiguës. infection si les frottis sanguins sont négatifs ou difficiles à obtenir et dans la différenciation du mala Enfin, le TAAN peut fournir une confirmation diagnostique dans les cas traités empiriquement sans diagnostic préalable en laboratoire par détection de l’acide nucléique résiduel. L’ADN résiduel peut être détecté des jours voire des semaines ou des mois chez les personnes aspléniques après éradication des parasites intacts, Les TAAN ne doivent pas être utilisés pour surveiller la réponse au traitement Lorsqu’un TAAN est positif pour les parasites Plasmodium ou Babesia, les frottis sanguins fins doivent toujours être examinés pour déterminer le pourcentage de parasitémie. Il est important de souligner que les demandes de diagnostic de paludisme et de babésiose doivent être considérées comme STAT. et les tests effectués aussi rapidement que possible Les tests TAAN peuvent être rapides mais limités au laboratoire de référence, et le délai d’exécution total sera trop long pour permettre l’instauration rapide d’un traitement antipaludique. Dans ce cas, l’utilisation principale des TAAN est de confirmer infection, aide à l’identification des espèces et différenciation du paludisme un de Babesia

B Trypanosomiase américaine ou maladie de Chagas causée par Trypanosoma cruzi

La trypanosomose américaine peut comprendre des phases aiguës, latentes et chroniques, et la méthode diagnostique optimale diffère à chaque stade. La méthode standard pour le diagnostic de la trypanosomiase américaine pendant la phase aiguë de l’infection est la microscopie du sang épais et mince coloré au Giemsa. Comme dans le cas des frottis de sang pour le paludisme et Babesia, une quantité minimale de matériel de coloration des ressources et des microscopes de haute qualité, ainsi que des technologues compétents et expérimentés, doivent être disponibles pour obtenir des films de couche leucocytaire, car les trypanosomes extracellulaires seront présents à l’heure actuelle. Précision et efficacité maximales Sur les préparations colorées, les formes motrices trypomastigotes adoptent généralement une forme en «C» et peuvent être différenciées des trypomastigotes apparentés de T brucei par la présence chez T cruzi d’un grand kinétoplaste postérieur. En comparaison, le kinétoplaste de T brucei trypomastigotes est beaucoup plus petit Bien sûr, ces infections peuvent également être différenciées probablement Les organismes motiles peuvent également être observés dans des préparations fraîches de sang anticoagulé ou de couche leucocytaire bien que la plupart des laboratoires américains ne connaissent pas cette méthode. Malheureusement, l’infection est rarement diagnostiquée au stade aigu puisque seulement% -% des personnes infectées présentent des symptômes. cette période

Examen Culture en NNN ou autres milieux appropriés avec examen microscopique subséquent pour les trypanosomes mobiles Contacter le laboratoire pour la disponibilité de milieux spéciaux Sang ou couche leuco-plaquettaire anticoagulé, aspirats tissulaires et biopsies tissulaires Les spécimens frais doivent être ensemencés dans un milieu de culture dès que possible, de préférence h Sérologie mL du sérum du sang coagulé Le plasma est également acceptable pour le test du donneur Ortho. Le sérum ou le plasma doit être séparé du sang dans les heures qui suivent. Conserver le sérum réfrigéré ou congelé s’il n’est pas testé dans – h pour préserver les anticorps. Éviter l’utilisation de sang hyperlipémique ou hémolysé d Procédures de diagnostic Considérations optimales pour le transport des échantillons TATa Microscopie estimée de Giemsa sanguin périphérique épais et mince dans des préparations fraîches et colorées Goutte de sang d’un doigt ou d’une aiguille de ponction veineuse directement sur des lames de verre Si le temps de transport est plus long, les frottis sanguins doivent être faits au chevet du patient, mais le sang peut être réfrigéré – h OU Concentré de la couche leucocytaire du sang veineux anticoagulé dans un frottis mince à tube EDTA ou préparation fraîche et humide pour les organismes mobiles Les films de sang épais sèchent lentement et doivent être protégés contre les bavures ou les déversements accidentels et la poussière Examen microscopique des prélèvements de tissus / biopsies par Giemsa / hématoxyline & amp; éosine H & E taches Taches de l’aspiration de ganglions lymphatiques agrandis ou de biopsies tissulaires des ganglions lymphatiques, des lésions cutanées, du coeur, du tractus gastro-intestinal ou d’un autre organe Aspirer le liquide aspiré frais dès que possible, de préférence dans l’heure h Les tissus peuvent nécessiter une fixation avant la coloration et l’examen. Culture en NNN ou autre milieu approprié avec examen microscopique subséquent pour les trypanosomes mobiles Contacter le laboratoire pour la disponibilité de milieux spéciaux Sang ou couche leuco-plaquettaire anticoagulé, pansements tissulaires et biopsies tissulaires. inoculé dans le milieu de culture le plus tôt possible, de préférence à l’intérieur de la collection pour la préservation de la viabilité des organismes – d Sérologie mL de sérum de sang coagulé Le plasma est également acceptable pour le test donneur Ortho Sérum ou plasma doit être séparé du sang dans les réfrigérée ou congelée si elle n’est pas testée en -h pour préserver les anticorps et prévenir croissance artérielle Éviter l’utilisation de sang hyperlipémique ou hémolysé d Abréviations: GI, gastro-intestinal; TAT, délai d’exécution Délai d’exécution au sein du laboratoire; La microscopie est moins utile aux stades latents et chroniques de l’infection lorsque les taux de parasitémie sont très faibles. Le diagnostic de ces stades peut être établi sérologiquement ou par examen microscopique des prélèvements tissulaires ou des biopsies. La forme intracellulaire de l’amastigote non mobile de T cruzi prédomine pendant cette phase de l’infection. La culture dans du milieu NNN de Novy-MacNeal-Nicolle facilement préparé ou un milieu similaire de n’importe quel échantillon de sang ou de tissu approprié pendant les étapes aiguës et chroniques ajoutera à la sensibilité du diagnostic de laboratoire. Pour assurer la disponibilité de milieux spéciaux Il faut souligner que les trypanosomes vivants sont hautement infectieux et que les échantillons doivent être manipulés avec précaution en utilisant les «précautions standard» pour la manipulation du sang et des liquides organiques.Sérologie par des kits ELISA immuno-enzymatiques disponibles dans le commerce. pendant les stades latents et chroniques Les résultats positifs d’ELISA sont considérés comme une preuve d’infection active et excluraient les donneurs potentiels de sang / tissu testés positifs en tant que donneurs, car il a été démontré que l’infection était transmise par La FDA a approuvé deux tests commerciaux pour le dépistage des donneurs de sang ou d’organes et un test commercial différent pour les tests de diagnostic des patients. Chaque test ne peut pas être utilisé à des fins non approuvées, même s’il sont supposés détecter les mêmes anticorps Un test ELISA ortho-clinique, Raritan, NJ et une méthode automatisée Abbott Prism Chagas, Abbott Park, IL ont été approuvés pour le dépistage des donneurs de sang, organes, cellules et tissus alors qu’un test ELISA différent Hemagen Diagnostics, Columbia, Md est approuvé pour les tests de diagnostic Donor scre Les tests positifs peuvent être testés par un test complémentaire approuvé par la FDA. ABBOTT ESA Chagas et / ou soumis à un laboratoire de référence pour un test de confirmation par radioimmunoprécipitation RIPA Le test Hemagen mesure les IgG et ne nécessite pas de test de confirmation Les deux ELISA ne fournissent que des tests qualitatifs positifs ou négatifs résultats sans information concernant le titre d’anticorps

Remarques

BioMeriuex, Pfizer, Hardy et d’autres Elle a reçu des royalties pour travailler sur l’alerte aux maladies infectieuses et reçoit des paiements pour l’enseignement à Stanford JMM a reçu des redevances de l’American Society of Microbiology pour la Le MPW a reçu des royalties de UpToDate et des honoraires de Rempex, Accelerate Diagnostics et PDL Biopharma pour des activités non liées à ce travail. Son institution a reçu un paiement pour ses consultations avec Pfizer et a reçu des subventions / En attente de subventions de JMI Labs, BD Diagnostics, Siemens et Biomerieux qui sont tous en dehors du travail soumis SSR est employé par la clinique Clevland et son institution a reçu des subventions / subventions en attente de Nanosphere, bioMerieux, Forest Laboratories et Procared Elle a reçu un paiement pour des conférences / Bureaux de conférenciers de l’University of Texas Health Scien Ce Centre, Northeast Ohio Infectious Diseases Group, Réseau de microbiologie Cinicinnati, South Central Association pour la microbiologie clinique et bioMerieux Elle a également reçu un paiement pour le voyage / hébergement du College of American Pathologists et de l’American Society for Microbiology Toutes les activités sont en dehors du travail soumis PHG a reçu un paiement de BeaconLBS pour des consultations et de SEACM, Alere, First Coast ID conférence, American Society for Microbiology, Infectious Disease Society pour l’Amérique, Eastern Pennsylvania Branch de l’American Society for Microbiology pour des conférences / bureaux de conférenciers Il a reçu des redevances de American La société de microbiologie et son institution ont reçu des paiements de divers cabinets d’avocats pour son témoignage d’expert et des subventions / subventions en attente de NIH Toutes les activités sont en dehors du travail soumis. RBT a reçu un paiement de l’IDSA pour le voyage aux réunions à l’appui de cette activité. subventions / subventions en attente Nanosphere, Inc et Cepheid sont tous les deux en dehors du travail soumis PB est employé par BD Diagnostics qui est en dehors du travail soumis KCC sert sur les conseils consultatifs scientifiques de Quidel Biosciences, Inc et NanoMR, Inc et son institution a des subventions / subventions en attente de Nanosphere , Inc, Biofire, Inc et AdvanDx Elle a reçu des paiements pour des conférences / conférenciers de la branche NYC de ASM et des redevances de McGraw-Hill Toutes les activités sont en dehors du travail soumis SCK a reçu un paiement de Meridian Bioscience pour le développement de présentations éducatives en dehors du travail soumis WMD a reçu un paiement de l’IDSA pour voyager à des réunions à l’appui de cette activité Il est employé par bioMerieux, Inc, qui est en dehors du travail soumis BRD est employé par Beaumont Health System et a reçu un paiement pour des conférences / ateliers et voyages / hébergement de l’American Society of Microbiology pour des activités en dehors du travail soumis JDS est employé par Dar Centre médical Hitchcock de tmouth et École de médecine Geisel, qui n’a aucun lien avec le travail soumis Pour des activités en dehors du travail soumis, KCC siège au conseil de ThermoFischer, son institution a reçu des subventions / subventions en attente de BD Diagnostics, Biofire et Hologic. paiement reçu pour des conférences / bureaux de conférenciers pour BD Diagnostics et Hologic JWS a reçu un paiement de l’IDSA pour le voyage aux réunions à l’appui de cette activité Il a également reçu un soutien pour des conférences / conférenciers en dehors des travaux soumis: Bellarmine University, Becton Dickinson et Great Basin Corp Il a également reçu un paiement pour ses consultations à l’Hôpital Juif, Louisville, KY et Floyd Memorial Hospital, New Albany, IN et les redevances de Taylor Francis et son institution a reçu des subventions / en attente de subventions du NIH, tout en dehors du travail soumis. En dehors du travail soumis, BAF a reçu un paiement pour des conférences / bureaux de conférenciers et des voyages / hébergements de l’American Society of Microbiology et des frais de voyage et d’hébergement d’Elsevier RP est employé par Mayo Clinic et son institution a des subventions / subventions en attente de: Pfizer, Pradama, Pocared, Astellas, Tornier, NIH Elle et son institution ont des brevets et reçoit des redevances de Bordetella pertussis / parapertussis PCR et a reçu des paiements de voyage / hébergement de ASM, IDSA, ISAAR et APCCMI et pour son rôle en tant qu’éditeur du Journal of Clinical Microbiology Toutes les activités sont en dehors du travail soumis. Diagnostics en dehors des travaux soumis L’institution BSP a reçu un paiement du College of American Pathologists pour des conférences / bureaux de conférenciers et des voyages / hébergements qui sont en dehors du travail soumis Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels Conflits d’intérêts qui les éditeurs considèrent pertinents au contenu du manuscrit ont été divulgués